Хаплогрупа на човечка митохондријална ДНК

Во човечката генетика, хаплогрупата на човечка митохондријална ДНК е хаплогрупа која е дефинирана со разлики во човечката митохондријална ДНК. Хаплогрупите се користат за претставување на главните гранки на митохондријалното филогенетско дрво. Разбирањето на еволутивниот пат на женската лоза им помогнала на популационите генетичари да го следат мајчинското наследство на современите луѓе назад до човечкото потекло во Африка и последователното ширење низ светот.

Имињата на хаплогрупите (не само митохондријалните ДНК хаплогрупи) се наредени според буквите од А до З. Како што се именувани хаплогрупите според редоследот на нивното откритие, азбучниот редослед нема никакво значење во однос на вистинските генетски врски.

Брзината со која митохондријалната ДНК мутирала е позната како митохондријален молекуларен часовник. Тоа е област на тековно истражување со една студија која известува за една мутација на 8000 години.^[2]

Филогенијата

mtDNA хаплогрупа дрво и карта на дистрибуција.^[3] Броевите се етикети на хаплогрупи, пријавени според номенклатурата http://www.phylotree.org/,^[4] и ја даваат локацијата на една од мутациите што води до изведениот хаплотип. (Прикажан е само маркер за дефинирање на една гранка, по можност од областа за кодирање.) Главните географски карактеристики на дистрибуцијата на хаплогрупата се означени со боја.

Патот на дисперзија на човечките mtDNA хаплогрупи

Ова филогенетско дрво е базирано на Ван Овен (2009).^[4] Во јуни 2022 година, била предложена алтернативна филогенија за хаплогрупата L.^[5]

L ( митохондриска Ева)
- L0
- L1-6
  - L1
  - L2-6
    - L5
    - L2'3'4'6
      - L2
      - L3'4'6
        L6
        
        L3'4
        L4
        
        L3
        Н
        N1: Јас
        
        N2: В
        
        N9: Y
        
        А
        
        С
        
        X
        
        Р
        R0 (FMKA pre-HV)
        HV: ( H, V )
        
        пред-ЈТ или R2'JT
        ЈТ: ( Ј, Т )
        
        R9: Ф
        
        R11'B: Б
        
        П
        
        U (поранешен ОК )
        U8: К
        
        О
        
        М
        М9: Е
        
        М12'Г: Г
        
        M29'Q: П
        
        Д
        
        M8: CZ ( C, Z )

Главните mtDNA хаплогрупи

Проценета светска карта на миграции на луѓе врз основа на mtDNA хаплогрупи.

Макро-хаплогрупа Л

Макро-хаплогрупата L е најбазалната од човечките mtDNA хаплогрупи, од која потекнувале сите други хаплогрупи (конкретно, од хаплогрупата L3). Најмногу ја имало во Африка.

Хаплогрупа L0
L1-7
- Хаплогрупа L1
- L2-7
  - L3'4'6
    - Хаплогрупа L2
    - L346
      - L34
        Хаплогрупа L3
        
        Хаплогрупа L4
      - Хаплогрупа L6
  - L5'7
    - Хаплогрупа L5
    - Хаплогрупа L7

Макро-хаплогрупа М

Макро-хаплогрупата М била пронајдена најмногу во Азија и Америка. Нејзини потомци биле хаплогрупата М, хаплогрупата C, хаплогрупата Z, хаплогрупата D, хаплогрупата E, хаплогрупата G и хаплогрупата Q.

Макро-хаплогрупата Н

Макро-хаплогрупата N била пронајдена најмногу во Австралија, Америка и делови од Азија. Нејзини потомци биле хаплогрупата N, хаплогрупата O, хаплогрупата A, хаплогрупата S, хаплогрупата I, хаплогрупата W, хаплогрупата X и хаплогрупата Y, како што и макро-хаплогрупата R.

Макро-хаплогрупата Р

Макро-хаплогрупата R била пронајдена најмногу во Европа, Северна Африка, Тихиот Океан и делови од Азија и Америка. Нејзини потомци биле хаплогрупата R, хаплогрупата B, хаплогрупата F, хаплогрупата H, хаплогрупата V, хаплогрупата J, хаплогрупата T, хаплогрупата U и хаплогрупата K.

Хронологија

Хаплогрупа	Est. време на потекло ( kya ) ^[6]	Можно место на потекло
Л	200	Африка
L1-6	170	Источна Африка
L2-6	150	Источна Африка
L0	150	Источна Африка
L1	140	Централна Африка
L3-6	130
L5	120
L2	90
L3	70	Источна Африка
Н	70	Источна Африка или Западна Азија
М	60	Источна Африка, Западна Азија или Јужна Азија
Р	60	Јужна Азија или Југоисточна Азија
У	55	Североисточна Африка или Индија (Јужна Азија)
RT'JT	55	среден Исток
ЈТ	50	среден Исток
U8	50	Западна Азија
R9	47
Б4	44
Ф	43
U4'9	42	Средна Азија
U5	35	Западна Азија
U6	35	Северна Африка
Ј	35
X	30
К	30
U5a	27
HV	27	Блискиот Исток
J1a	27	Блискиот Исток
Т	27	Месопотамија
К1	27
Јас	26
J1	24	Блискиот Исток
В	20
U4	20	Средна Азија
X2	20
Х	20	Западна Азија
U5a1	18	Европа
J1b	11
В	14
X2а	13	Северна Америка
Н1	12
H3	12
X1	10

Географска дистрибуција

Еден труд од 2004 година сугерирал дека најчестите хаплогрупи кај модерното западно-азиско, северноафриканско и европско население биле: H, J, K, N1, T, U4, U5, V, X и W.^[7]

Африкански хаплогрупи биле: L0, L1, L2, L3, L4, L5, L6, T, U5a.

Австралиски хаплогрупи биле: M42a, M42c, M14, M15, Q, S, O, N, P. (Реф. 1, 2, 3, 4, 5, 6).

Азиски хаплогрупи биле: F, C, W, M, D, N, K, U, T, A, B, C, Z, U многу варијанти на броеви за секој дел.

Поврзано

Наводи

↑ Rishishwar L, Jordan IK (2017). „Implications of human evolution and admixture for mitochondrial replacement therapy“. BMC Genomics. 18 (1): 140. doi:10.1186/s12864-017-3539-3. PMC 5299762. PMID 28178941.
↑ Loogvali, Eva-Liis; Kivisild, Toomas; Margus, Tõnu; Villems, Richard (2009), O'Rourke, Dennis (уред.), „Explaining the Imperfection of the Molecular Clock of Hominid Mitochondria“, PLOS ONE, 4 (12): e8260, Bibcode:2009PLoSO...4.8260L, doi:10.1371/journal.pone.0008260, PMC 2794369, PMID 20041137
↑ Kivisild T (2015). „Maternal ancestry and population history from whole mitochondrial genomes“. Investig Genet. 6: 3. doi:10.1186/s13323-015-0022-2. PMC 4367903. PMID 25798216.
↑ ^4,0 ^4,1 „Updated comprehensive phylogenetic tree of global human mitochondrial DNA variation“. Human Mutation. 30 (2): E386–94. February 2009. doi:10.1002/humu.20921. PMID 18853457.
↑ „African mitochondrial haplogroup L7: a 100,000-year-old maternal human lineage discovered through reassessment and new sequencing“. Nature. 12 (1): 10747. 2022. Bibcode:2022NatSR..1210747M. doi:10.1038/s41598-022-13856-0. PMC 9232647 Проверете ја вредноста |pmc= (help). PMID 35750688 Проверете ја вредноста |pmid= (help).
↑ „Correcting for Purifying Selection: An Improved Human Mitochondrial Molecular Clock Supplementary“ (PDF). 2009: 82–83 [89]. Архивирано од изворникот (PDF) на 2009-12-29. Наводот journal бара |journal= (help)
↑ Villems, Richard; Usanga, Esien; Mikerezi, Ilia; Gölge, Mukaddes; Claustres, Mireille; Michalodimitrakis, Emmanuel N.; Pappa, Kalliopi I.; Anagnou, Nicholas P.; Chaventré, André (November 1, 2004). „Disuniting Uniformity: A Pied Cladistic Canvas of mtDNA Haplogroup H in Eurasia“. Molecular Biology and Evolution. 21 (11): 2012–2021. doi:10.1093/molbev/msh209. PMID 15254257 – преку academic.oup.com.

Надворешни врски

Митохондријални филогенетски дрвја
- PhyloTree.org на Манис ван Овен
- PhyloD3 – D3.js-базирано филогенетско дрво засновано на PhyloTree Архивирано на 29 октомври 2020 г.
Скелет на митохондријална хаплогрупа
- Мотивите на митохондријалната хаплогрупа на Винсент Маколеј
- Список на mtDNA хаплогрупи проекти
MitoTool: веб-сервер за анализа и пронаоѓање варијации на секвенцата на човечка митохондријална ДНК Архивирано на 19 јуни 2016 г.
HaploGrep: одредување на хаплогрупата на mtDNA врз основа на PhyloTree.org
HaploFind - брз автоматско доделување на хаплогрупа за човечка митохондријална ДНК Архивирано на 5 октомври 2020 г.

[pmid28178941-1] Rishishwar L, Jordan IK (2017). „Implications of human evolution and admixture for mitochondrial replacement therapy“. BMC Genomics. 18 (1): 140. doi:10.1186/s12864-017-3539-3. PMC 5299762. PMID 28178941.

[2] Loogvali, Eva-Liis; Kivisild, Toomas; Margus, Tõnu; Villems, Richard (2009), O'Rourke, Dennis (уред.), „Explaining the Imperfection of the Molecular Clock of Hominid Mitochondria“, PLOS ONE, 4 (12): e8260, Bibcode:2009PLoSO...4.8260L, doi:10.1371/journal.pone.0008260, PMC 2794369, PMID 20041137

[pmid25798216-3] Kivisild T (2015). „Maternal ancestry and population history from whole mitochondrial genomes“. Investig Genet. 6: 3. doi:10.1186/s13323-015-0022-2. PMC 4367903. PMID 25798216.

[vanOven2009-4] 4,0 ^4,1 „Updated comprehensive phylogenetic tree of global human mitochondrial DNA variation“. Human Mutation. 30 (2): E386–94. February 2009. doi:10.1002/humu.20921. PMID 18853457.

[5] „African mitochondrial haplogroup L7: a 100,000-year-old maternal human lineage discovered through reassessment and new sequencing“. Nature. 12 (1): 10747. 2022. Bibcode:2022NatSR..1210747M. doi:10.1038/s41598-022-13856-0. PMC 9232647 Проверете ја вредноста |pmc= (help). PMID 35750688 Проверете ја вредноста |pmid= (help).

[soares_supplementary-6] „Correcting for Purifying Selection: An Improved Human Mitochondrial Molecular Clock Supplementary“ (PDF). 2009: 82–83 [89]. Архивирано од изворникот (PDF) на 2009-12-29. Наводот journal бара |journal= (help)

[7] Villems, Richard; Usanga, Esien; Mikerezi, Ilia; Gölge, Mukaddes; Claustres, Mireille; Michalodimitrakis, Emmanuel N.; Pappa, Kalliopi I.; Anagnou, Nicholas P.; Chaventré, André (November 1, 2004). „Disuniting Uniformity: A Pied Cladistic Canvas of mtDNA Haplogroup H in Eurasia“. Molecular Biology and Evolution. 21 (11): 2012–2021. doi:10.1093/molbev/msh209. PMID 15254257 – преку academic.oup.com.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]

[6]

[7]