Клубот бил основан во 1908 година во центарот на Солун. Првото име на клубот било Македоникос. Во 1911 година клубот бил преименуван во Ираклис. Ираклис за првпат победил во Солунска Фудбалска Лига во 1914 година, а за вторпат во 1915 година. Клубот исто така има освоено 5 ЕПСМ Лиги (пред 1959 година).[1] Во 1976 година Ираклис освои Грчкиот Куп. Во финалето Ираклис победи Олимпиакос.[2] Во 1985 година Ираклис освои Балканскиот Куп. Во финалето Ираклис го победил романскиот клуб Арџеш Питешт со 4-1 во Солун и загубил 3-1 во Питешт.[3]
