Википедија

ДНК гликозилаза

ДНК гликозилазите се фамилија од ензими кои се вклучени во поправка на ексцизија на базата, што се класифицирани под EК број EC 3.2.2. Поправка на базна ексцизија е механизам со кој оштетените бази во ДНК се отстранувани и заменувани. ДНК гликозилазите го катализираат првиот чекор од овој процес. Тие ја отстрануваат оштетената азотна база додека го оставаат непроменет столбот на шеќер-фосфат, создавајќи апуринска/апиримидинска локација, вообичаено наречена АП-локација. Ова се постигнува со превртување на оштетената основа надвор од двојната спирала проследено со расцепување на N-гликозидната врска.

Гликозилазите за прв пат ги откриле кај бактериите и оттогаш биле пронајдени во сите кралства на животот. Покрај нивната улога во поправката на ексцизијата на базата, ензимите на ДНК гликозилазата биле вмешани во репресијата на замолчувањето на гените кај A. thaliana, N. tabacum и други растенија кои биле со активна деметилација. Остатоците од 5-метилцитозин биле отсечени и исто така заменети со неметилирани цитозини со тоа им овозможувале пристап до структурата на хроматин на ензимите и протеините неопходни за транскрипција и последователен превод.[1]

Монофункционални наспроти бифункционални гликозилази

уреди

Овде има две главни класи на гликозилази: една монофункционална и друга бифункционална. Монофункционалните гликозилази имале само гликозилазна активност, додека бифункционалните гликозилази, исто така, поседувале активност на АП лиаза што им овозможувало да ја пресечат фосфодиестерската врска на ДНК, создавајќи прекин на една жичка без потреба од АП ендонуклеаза. β-Елиминацијата на AP-локација со гликозилаза-лиаза дава 3' α, β-незаситен алдехид во непосредна близина на 5' фосфат, кој се разликувал од производот на расцепување на AP ендонуклеазата.[2] Некои гликозилаза-лиази можеле дополнително да вршат δ-елиминација, што го претворало 3' алдехидот во 3' фосфат.

Биохемиски механизам

уреди

Првата кристалографија на ДНК гликозилаза била добиена за E. coli Nth.[3] Оваа структура открила дека ензимот ја превртувал оштетената основа од двојната спирала во џебот на активното место за да биде акцизирана. Оттогаш било откриено дека други гликозилази ја следеле истата општа парадигма, вклучувајќи го и човечкиот UNG што е прикажан на сликата подолу. За да се расцепи N-гликозидната врска, монофункционалните гликозилази користеле активирана молекула на вода за да можат да го нападнат јаглеродот 1 од подлогата. Наместо тоа, бифункционалните гликозилази користеле амински остаток како нуклеофил за да го нападнат истиот јаглерод, минувајќи низ посредник на Шифова база.

Видови гликозилази

уреди

Кристалните структури на многу гликозилази се веќе решени. Врз основа на структурната сличност, гликозилазите се групирани во четири суперфамилии. Фамилиите UDG и AAG содржеле мали, компактни гликозилази, додека семејствата MutM/Fpg и HhH-GPD содржеле поголеми ензими со повеќе домени.[2]

Широкиот спектар на гликозилази еволуирале за да ги препознаат различните оштетени бази. Табелата подолу ги сумирала својствата на познатите гликозилази во вообичаено проучуваните модел организми.

Гликозилази во бактерии, квасец и луѓе [4][5]
Ешерихија коли B. cereus Квасец ( S. cerevisiae ) Човечки Тип Супстрати
АлкА АлкЕ Маг1 MPG (N-метилпурин ДНК гликозилаза) монофункционални 3-meA (3-алкиладенин), хипоксантин
UDG Ung1 УНГ монофункционални урацил
Fpg Ogg1 h OGG1 бифункционални 8-оксоГ (8-оксогванин), ФапиГ
Nth Ntg1 h NTH1 бифункционални Tg, hoU, hoC, уреа, FapyG(2,6-диамино-4-хидрокси-5-формимидопиримидин)
Ntg2
Неи Отсутен hNEIL1 бифункционални Tg, hoU, hoC, уреа, FapyG, FapyA(4,6-диамино-5-формамидопиримидин)
hNEIL2 АП-страница, hoU
hNEIL3 непознат
MutY Отсутен hMYH монофункционални А: 8-оксоГ
Отсутен Отсутен hSMUG1 монофункционални U, hoU (5-хидроксиурацил), hmU (5-хидроксиметилурацил), fU (5-формилурацил)
Отсутен Отсутен ТДГ монофункционални Т:Г погрешно спарување
Отсутен Отсутен MBD4 монофункционални Т:Г погрешно спарување
AlkC AlkC Отсутен Отсутен монофункционални Алкилпурин
АлкД АлкД Отсутен Отсутен монофункционални Алкилпурин

ДНК гликозилазите можеле да се групираат во следните категории базирани на нивниот супстрат(и):

Урацил ДНК гликозилази

уреди
 
Структура на ензимот за поправка на база-екцизија урацил-ДНК гликозилаза. Остатокот од урацил е прикажан со жолта боја.

Во молекуларната биологија, семејството на протеини, Урацил-ДНК гликозилазата (UDG) бил ензим кој ги враќал мутациите во ДНК. Најчестата мутација бил деаминација на цитозин во урацил. UDG ги поправал овие мутации. UDG бил клучен во поправката на ДНК, без него овие мутации можеле да доведат до рак.[6]

Овој запис претставувал различни урацил-ДНК гликозилази и сродни ДНК гликозилази (ЕК Архивирано на 25 септември 2019 г.), како што се урацил-ДНК гликозилаза,[7] термофилна урацил-ДНК гликозилаза,[8] ДНК гликозилаза специфична за неусогласеност на G:T/U (Шолја)[9] и едножична селективна монофункционална урацил-ДНК гликозилаза (SMUG1).[10]

Урацил ДНК гликозилазите го отстранувале урацилот од ДНК, што можело да настане или со спонтана деаминација на цитозин или со погрешно инкорпорирање на dU наспроти dA за време на репликацијата на ДНК. Прототипниот член на ова семејство бил E. coli UDG, кој бил меѓу првите откриени гликозилази. Четири различни активности на урацил-ДНК гликозилаза биле идентификувани во клетките на цицачите, вклучувајќи ги UNG, SMUG1, TDG и MBD4. Тие се разликувале во специфичноста на супстратот и субклеточната локализација. SMUG1 претпочитала едноверижна ДНК како супстрат, но исто така го отстранувала U од двоверижна ДНК. Покрај немодифицираниот урацил, SMUG1 можело да акцизира 5-хидроксиурацил, 5-хидроксиметилурацил и 5-формилурацил кои носеле оксидирана група на прстенот C5.[11] TDG и MBD4 биле строго специфични за двоверижна ДНК. TDG можел да го отстрани тимин гликолот кога е присутен наспроти гванин, како и деривати на U со модификации на јаглерод 5. Тековните докази сугерирале дека, во човечките клетки, TDG и SMUG1 се главните ензими одговорни за поправка на погрешно спарување на U:G што биле предизвикани од спонтана деаминација на цитозин, додека урацилот што се појавувал во ДНК преку погрешната инкорпорација на dU главно се справува со UNG. Се сметало дека MBD4 ги коригирал несовпаѓањата на T:G кои произлегувале од деаминација на 5-метилцитозин до тимин во местата на CpG.[12] Глувците со мутант MBD4 се развивале нормално и не покажувале зголемена подложност на рак или намалено преживување. Но, тие добивале повеќе КТ мутации во секвенците на CpG во епителните клетки на тенкото црево.[13]

Структурата на човечкиот UNG во комплекс со ДНК открила дека, како и другите гликозилази, го превртувала целниот нуклеотид надвор од двојната спирала и во џебот на активното место.[14] UDG претрпувала конформациска промена од „отворена“ неврзана состојба во „затворена“ состојба врзана за ДНК.[15]

Историја

уреди

Линдал била првата што забележала поправка на урацил во ДНК. UDG бил прочистен од Escherichia coli, и ова ја хидролизирало N-гликозидната врска што ја поврзувала базата со деоксирибозниот шеќер на ДНК-рбетот.[6]

Функција

уреди

UDG имал функција да ги отстрани мутациите во ДНК, поконкретно отстранување на урацил.

Структура

уреди

Овие протеини имале 3-слојна алфа/бета/алфа структура. Полипептидната топологија на UDG е онаа на класичен алфа/бета протеин. Структурата се состоела првенствено од централен, четири верижен, целосно паралелен бета лист, кој бил опкружен од двете страни со вкупно осум алфа спирали и се нарекувал паралелен двојно намотан бета лист.[7]

Механизам

уреди

Урацил-ДНК гликозилазите се ензими за поправка на ДНК кои ги отсекувале остатоците од урацил од ДНК со расцепување на N-гликозидната врска, иницирајќи ја патеката за поправка на базната ексцизија. Урацилот во ДНК можел да настане или преку деаминација на цитозин за да формира мутагени U:G погрешни парови, или преку инкорпорирање на dUMP со ДНК полимераза за да формира парови U:A.[16] Овие аберантни остатоци од урацил се генотоксични.[17]

Локализација

уреди

Во еукариотските клетки, активноста на UNG се наоѓала и во јадрото и во митохондриите. Човечкиот UNG1 протеин се транспортирал и до митохондриите и до јадрото.[18]

Конзервација

уреди

Редоследот на урацил-ДНК гликозилазата бил исклучително добро зачуван[19] кај бактериите и еукариотите, како и кај вирусите на херпес. Подалечно поврзаните урацил-ДНК гликозилази биле исто така пронајдени во вирусите на покс.[20] Се чинело дека N-терминалните 77 аминокиселини на UNG1 биле потребни за митохондријална локализација, но присуството на митохондријален транзитен пептид не е директно докажано. Најконзервираниот регион со N-терминал содржел остаток од аспарагинска киселина што е предложено, врз основа на структури на рендгенски зраци[21] за да дејствува како општа основа во каталитичкиот механизам.

Семејство

уреди

Постоеле две UDG семејства, именувани Семејство 1 и Семејство 2. Семејство 1 била активна против урацил во ssDNA и dsDNA. Семејство 2 акцизен урацил од несовпаѓање со гванин.[6]

Гликозилази на оксидирани бази

уреди
 
8-oxoG (син) во базен пар на Hoogsteen со dA (анти)

Различни гликозилази еволуирале за да можат да ги препознаат оксидираните бази, кои вообичаено биле формирани од реактивни видови кислород генерирани за време на клеточниот метаболизам. Најзастапените лезии формирани кај остатоците од гванин биле 2,6-диамино-4-хидрокси-5-формамидопиримидин (FapyG) и 8-оксогуанин. Поради погрешното поврзување со аденинот за време на репликацијата, 8-oxoG бил многу мутаген, што резултирало со G-T трансверзии. Поправката на оваа лезија била иницирана од бифункционалната ДНК гликозилаза OGG1, која препознала 8-oxoG спарена со C. MYH препознала аденин погрешно поврзан со 8-oxoG, но го отсекува А, оставајќи го 8-oxoG недопрен. Глувците со нокаут OGG1 не покажувале зголемена инциденца на тумор, но акумулирале 8-oxoG во црниот дроб како што старееле.[22] Сличен фенотип бил забележан со инактивирање на MYH, но истовремената инактивација и на MYH и на OGG1 предизвикувала акумулација на 8-oxoG во повеќе ткива, вклучувајќи ги белите дробови и тенкото црево.[23] Кај луѓето, мутациите во MYH биле поврзани со зголемен ризик од развој на полипи на дебелото црево и рак на дебелото црево. Покрај OGG1 и MYH, човечките клетки содржат три дополнителни ДНК гликозилази, NEIL1, NEIL2 и NEIL3. Овие се хомологни на бактериските Nei, а нивното присуство веројатно ги објаснува благите фенотипови на глувците со нокаут OGG1 и MYH.

Гликозилази на алкилирани бази

уреди

Оваа група вклучувала E. coli AlkA и сродни протеини во повисоките еукариоти. Овие гликозилази биле монофункционални и препознавале метилирани бази, како што е 3-метиладенин.

АлкА

уреди

AlkA се однесува на 3-метиладенин ДНК гликозилаза II.[24]

Патологија

уреди
  • ДНК гликозилазите вклучени во поправка на базната ексцизија (BER) може да бидат поврзани со ризикот од рак кај носителите на мутации на BRCA1 и BRCA2.[25]

Епигенетски недостатоци кај ракот

уреди

Епигенетските измени (епимутации) во гените на ДНК гликозилазата неодамна почнале да се оценуваат кај неколку видови на рак, во споредба со бројните претходни студии за епимутации во гените кои дејствувале на други патишта за поправка на ДНК (како MLH1 во поправка на несовпаѓање и MGMT во директен пресврт) . Два примери на епимутации во гените на ДНК гликозилаза кои се јавувале кај ракот се сумирани подолу.

MBD4

уреди
 
Хидролиза на цитозин во урацил

MBD4 (метил-CpG-врзувачки домен протеин 4) била гликозилаза употребена во почетниот чекор на поправка на базната ексцизија. MBD4 протеинот преференцијално се врзувла за целосно метилирани CpG мест.[26] Овие изменети бази произлегле од честа хидролиза на цитозин во урацил (види слика) и хидролиза на 5-метилцитозин во тимин, создавајќи G:U и G:T базни парови[27] Ако несоодветните урацили или тимини во овие базни парови не биле остранети пред репликацијата на ДНК, тие можеле да предизвикаат транзициски мутаци. MBD4 конкретно го катализира отстранувањето на T и U спарени со гванин (G) во CpG местата[28] Ова е важна функција за поправка бидејќи околу 1/3 од сите интрагени мутации со еден базен пар кај човечките канцери се јавувале во CpG динуклеотидите и се резултат на транзициите од G:C во A:T.[28][29] Овие транзиции ги сочинуваат најчестите мутации кај човечкиот рак. На пример, скоро 50% од соматските мутации на туморскиот супресорен ген p53 кај ракот на дебело црево се G:C во A:T транзиции во CpG местата.[28] Така, намалувањето на изразувањето на MBD4 може да предизвика зголемување на канцерогените мутации.

Експресијата на MBD4 била намалена кај скоро сите колоректални неоплазми поради епигенетика на ракот на промотерскиот регион на MBD4.[30] Исто така MBD4 е дефицитарен поради мутација кај околу 4% од колоректалните карциноми,[31]

Поголемиот дел од хистолошки нормалните полиња околу неопластични израстоци (аденоми и карциноми на дебелото црево) во дебелото црево, исто така, покажувале намалена експресија на MBD4 mRNA (дефект на полето) во споредба со хистолошки нормалното ткиво од индивидуи кои никогаш немале неоплазма на колонот.[30] Ова откритие сугерирало дека епигенетското замолчување на MBD4 е ран чекор во колоректалната карциногенеза.

Кај кинеската популација која била евалуирана, полиморфизмот MBD4 Glu346Lys бил поврзан со околу 50% намален ризик од рак на грлото на матката, што сугерирало дека промените во MBD4 се важни кај овој рак.[32]

НИЛ1

уреди

Nei-like (NEIL) 1 е ДНК гликозилаза од семејството Nei (која исто така содржела NEIL2 и NEIL3).[33] NEIL1 е компонента на комплексот за репликација на ДНК, кој е потребен за надзор на оксидираните бази пред репликацијата, и се чинело дека делува како „фаќач“ за да ја забави репликацијата додека NEIL1 не може да дејствува како гликозилаза и да ја отстрани оксидативно оштетената база.[33]

NEIL1 протеинот препознава (цели) и отстранува одредени оксидативно-оштетени бази и потоа го засекува абазичното место преку β,δ елиминација, оставајќи 3' и 5' фосфатни краеви. NEIL1 препознава оксидирани пиримидини, формамидопиримидини, остатоци од тимин оксидирани во метил групата и двата стереоизомери на тимин гликол.[34] Најдобрите супстрати за човечкиот NEIL1 се чини дека биле лезиите на хидантоин, гванидинохидантоин и спироиминодихидантоин кои се дополнителни продукти на оксидација на 8-oxoG. NEIL1 бил исто така способен да отстранува лезии од едноверижна ДНК, како и од меурчиња и чаталести ДНК структури. Недостатокот на NEIL1 предизвикувал зголемена мутагенеза на местото на парот 8-oxo-Gua:C, при што повеќето мутации се G:C до T:A трансверзии.[35]

Студијата во 2004 година покажала дека 46% од примарните карциноми на желудник имале намалена експресија на NEIL1 информациска РНК, иако механизмот на редукција не бил познат.[36] Оваа студија исто така покажала дека 4% од ракот на желудникот имале мутации во генот NEIL1. Авторите сугерирале дека ниската активност на NEIL1 што произлегувала од намалената експресија и/или мутација на генот NEIL1 често била вклучена во гастричната карциногенеза.

Извршен е скрининг на 145 гени за поправка на ДНК за аберантна метилација на промотер на ткивата на сквамозниот карцином на главата и вратот (HNSCC) од 20 пациенти и од примероците на мукозата на главата и вратот од 5 пациенти кои не се канцерогени.[37] Овој екран покажал дека генот NEIL1 има значително зголемена хиперметилација, а од 145 оценети гени за поправка на ДНК, NEIL1 имал најзначајно различна фреквенција на метилација. Понатаму, хиперметилацијата кореспондира со намалување на изразувањето на NEIL1 mRNA. Понатамошната работа со 135 тумори и 38 нормални ткива, исто така, покажала дека 71% од примероците на ткиво на HNSCC имале покачена метилација на промоторот NEIL1.[37]

Кога биле евалуирани 8 гени за поправка на ДНК кај тумори на неситноклеточен карцином на белите дробови (NSCLC), 42% биле хиперметилирани во промотерскиот регион NEIL1.[38] Ова било најчестата абнормалност за поправка на ДНК пронајдена меѓу 8-те тестирани гени за поправка на ДНК. NEIL1 бил, исто така, еден од шесте гени за поправка на ДНК за кои било откриено дека се хиперметилирани во нивните промоторни региони кај колоректалниот карцином.[39]

Наводи

уреди
UDG
 
Епстин Бар вирусен урацидил-ДНК гликолиза во комплекс со уги од пбс-2
Назнаки
СимболUDG
PfamPF03167
InterProIPR005122
PROSITEPDOC00121
SCOP1udg
SUPERFAMILY1udg
CDDcd09593
  1. ↑ Aguis, F.; Kapoor, A; Zhu, J-K (2006). „Role of the Arabidopsis DNA glycosylase/lyase ROS1 in active DNA demethylation“. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 103 (31): 11796–11801. Bibcode:2006PNAS..10311796A. doi:10.1073/pnas.0603563103. PMC 1544249. PMID 16864782.
  2. ↑ 2,0 2,1 „DNA glycosylase recognition and catalysis“. Current Opinion in Structural Biology. 14 (1): 43–9. February 2004. doi:10.1016/j.sbi.2004.01.003. PMID 15102448.
  3. ↑ „Atomic structure of the DNA repair [4Fe-4S] enzyme endonuclease III“. Science. 258 (5081): 434–40. October 1992. Bibcode:1992Sci...258..434K. doi:10.1126/science.1411536. PMID 1411536.
  4. ↑ „Human DNA glycosylases involved in the repair of oxidatively damaged DNA“. Biol. Pharm. Bull. 27 (4): 480–5. April 2004. doi:10.1248/bpb.27.480. PMID 15056851.
  5. ↑ „Biochemical characterization and DNA repair pathway interactions of Mag1-mediated base excision repair in Schizosaccharomyces pombe“. Nucleic Acids Res. 33 (3): 1123–31. 2005. doi:10.1093/nar/gki259. PMC 549418. PMID 15722486.
  6. ↑ 6,0 6,1 6,2 Pearl LH (2000). „Structure and function in the uracil-DNA glycosylase superfamily“. Mutat Res. 460 (3–4): 165–81. doi:10.1016/S0921-8777(00)00025-2. PMID 10946227.
  7. ↑ 7,0 7,1 „Crystal structure and mutational analysis of human uracil-DNA glycosylase: structural basis for specificity and catalysis“. Cell. 80 (6): 869–78. March 1995. doi:10.1016/0092-8674(95)90290-2. PMID 7697717.
  8. ↑ „Thermostable uracil-DNA glycosylase from Thermotoga maritima a member of a novel class of DNA repair enzymes“. Curr. Biol. 9 (10): 531–4. May 1999. doi:10.1016/S0960-9822(99)80237-1. PMID 10339434.
  9. ↑ „Crystal structure of a G:T/U mismatch-specific DNA glycosylase: mismatch recognition by complementary-strand interactions“. Cell. 92 (1): 117–29. January 1998. doi:10.1016/S0092-8674(00)80904-6. PMID 9489705.
  10. ↑ „The cap-binding protein complex in uninfected and poliovirus-infected HeLa cells“. J. Biol. Chem. 262 (28): 13599–606. October 1987. doi:10.1016/S0021-9258(19)76470-9. PMID 2820976.
  11. ↑ „Mutational analysis of the damage-recognition and catalytic mechanism of human SMUG1 DNA glycosylase“. Nucleic Acids Res. 32 (17): 5291–5302. 2004. doi:10.1093/nar/gkh859. PMC 521670. PMID 15466595.
  12. ↑ Wu, Peiying; Qiu, Chen; Sohail, Anjum; Zhang, Xing; Bhagwat, Ashok S.; Cheng, Xiaodong (2003-02-14). „Mismatch repair in methylated DNA. Structure and activity of the mismatch-specific thymine glycosylase domain of methyl-CpG-binding protein MBD4“. The Journal of Biological Chemistry. 278 (7): 5285–5291. doi:10.1074/jbc.M210884200. ISSN 0021-9258. PMC 2764232. PMID 12456671.
  13. ↑ Wong E; Yang K; Kuraguchi M; Werling U; Avdievich E; Fan K; Fazzari M; Jin B; Brown M.C; и др. (1995). „Mbd4 inactivation increases C→T transition mutations and promotes gastrointestinal tumor formation“. PNAS. 99 (23): 14937–14942. doi:10.1073/pnas.232579299. PMC 137523. PMID 12417741.
  14. ↑ „Crystal structure and mutational analysis of human uracil-DNA glycosylase“. Cell. 80 (6): 869–878. 1995. doi:10.1016/0092-8674(95)90290-2. PMID 7697717.
  15. ↑ Slupphaug G, Mol CD, Kavli B, Arvai AS, Krokan HE, Tainer JA. (1996). A nucleotide-flipping mechanism from the structure of human uracil–DNA glycosylase bound to DNA. 384: 87-92.
  16. ↑ „Uracil in DNA--general mutagen, but normal intermediate in acquired immunity“. DNA Repair (Amst.). 6 (4): 505–16. April 2007. doi:10.1016/j.dnarep.2006.10.014. PMID 17116429.
  17. ↑ Hagen L; Peña-Diaz J; Kavli B; Otterlei M; Slupphaug G; Krokan HE (August 2006). „Genomic uracil and human disease“. Exp. Cell Res. 312 (14): 2666–72. doi:10.1016/j.yexcr.2006.06.015. PMID 16860315.
  18. ↑ „Nuclear and mitochondrial forms of human uracil-DNA glycosylase are encoded by the same gene“. Nucleic Acids Res. 21 (11): 2579–84. June 1993. doi:10.1093/nar/21.11.2579. PMC 309584. PMID 8332455.
  19. ↑ „Molecular cloning of human uracil-DNA glycosylase, a highly conserved DNA repair enzyme“. EMBO J. 8 (10): 3121–5. October 1989. doi:10.1002/j.1460-2075.1989.tb08464.x. PMC 401392. PMID 2555154.
  20. ↑ „Identification of a poxvirus gene encoding a uracil DNA glycosylase“. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 90 (10): 4518–22. May 1993. Bibcode:1993PNAS...90.4518U. doi:10.1073/pnas.90.10.4518. PMC 46543. PMID 8389453.
  21. ↑ „The structural basis of specific base-excision repair by uracil-DNA glycosylase“. Nature. 373 (6514): 487–93. February 1995. Bibcode:1995Natur.373..487S. doi:10.1038/373487a0. PMID 7845459.
  22. ↑ Klungland A; Rosewell I; Hollenbach S; Larsen E; Daly G; Epe A; Seeberg E; Lindahl T; Barnes D. E.; и др. (1999). „Accumulation of premutagenic DNA lesions in mice defective in removal of oxidative base damage“. PNAS. 96 (23): 13300–13305. Bibcode:1999PNAS...9613300K. doi:10.1073/pnas.96.23.13300. PMC 23942. PMID 10557315.
  23. ↑ Russo, Maria Teresa; De Luca, Gabriele; Degan, Paolo; Parlanti, Eleonora; Dogliotti, Eugenia; Barnes, Deborah E.; Lindahl, Tomas; Yang, Hanjing; Miller, Jeffrey H.; и др. (2004). „Accumulation of the Oxidative Base Lesion 8-Hydroxyguanine in DNA of Tumor-Prone Mice Defective in Both the Myh and Ogg1 DNA Glycosylases“. Cancer Res. 64 (13): 4411–4414. doi:10.1158/0008-5472.can-04-0355. PMID 15231648.
  24. ↑ „Structure-function studies of an unusual 3-methyladenine DNA glycosylase II (AlkA) from Deinococcus radiodurans“. Acta Crystallogr D. 68 (6): 703–12. 2012. doi:10.1107/S090744491200947X. PMID 22683793.
  25. ↑ Osorio, A; Milne, R. L.; Kuchenbaecker, K; Vaclová, T; Pita, G; Alonso, R; Peterlongo, P; Blanco, I; de la Hoya, M (2014). „DNA Glycosylases Involved in Base Excision Repair May Be Associated with Cancer Risk in BRCA1 and BRCA2 Mutation Carriers“. PLOS Genetics. 10 (4): e1004256. doi:10.1371/journal.pgen.1004256. PMC 3974638. PMID 24698998.CS1-одржување: display-автори (link)
  26. ↑ Walavalkar, Ninad (2014). „Solution structure and intramolecular exchange of methyl-cytosine binding domain protein 4 (MBD4) on DNA suggests a mechanism to scan for mCpG/TpG mismatches“. Nucleic Acids Research. 42 (17): 11218–11232. doi:10.1093/nar/gku782. PMC 4176167. PMID 25183517.
  27. ↑ „Role of base excision repair in maintaining the genetic and epigenetic integrity of CpG sites“. DNA Repair. 32: 33–42. Aug 2015. doi:10.1016/j.dnarep.2015.04.011. PMC 4903958. PMID 26021671.
  28. ↑ 28,0 28,1 28,2 „MBD4 and TDG: multifaceted DNA glycosylases with ever expanding biological roles“. Mutation Research. 743–744: 12–25. 2013. doi:10.1016/j.mrfmmm.2012.11.001. PMC 3661743. PMID 23195996.
  29. ↑ „The CpG dinucleotide and human genetic disease“. Human Genetics. 78 (2): 151–5. Feb 1988. doi:10.1007/bf00278187. PMID 3338800.
  30. ↑ 30,0 30,1 „Epigenetic downregulation of the DNA repair gene MED1/MBD4 in colorectal and ovarian cancer“. Cancer Biology & Therapy. 8 (1): 94–100. Jan 2009. doi:10.4161/cbt.8.1.7469. PMC 2683899. PMID 19127118.
  31. ↑ „Involvement of MBD4 inactivation in mismatch repair-deficient tumorigenesis“ (PDF). Oncotarget. 6 (40): 42892–904. Oct 2015. doi:10.18632/oncotarget.5740. PMC 4767479. PMID 26503472.
  32. ↑ „The MBD4 Glu346Lys polymorphism is associated with the risk of cervical cancer in a Chinese population“. Int. J. Gynecol. Cancer. 22 (9): 1552–6. 2012. doi:10.1097/IGC.0b013e31826e22e4. PMID 23027038.
  33. ↑ 33,0 33,1 „Prereplicative repair of oxidized bases in the human genome is mediated by NEIL1 DNA glycosylase together with replication proteins“. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 110 (33): E3090–9. 2013. Bibcode:2013PNAS..110E3090H. doi:10.1073/pnas.1304231110. PMC 3746843. PMID 23898192.
  34. ↑ „Variant base excision repair proteins: contributors to genomic instability“. Seminars in Cancer Biology. 20 (5): 320–8. Oct 2010. doi:10.1016/j.semcancer.2010.10.010. PMC 3254599. PMID 20955798.
  35. ↑ „Effects of base excision repair proteins on mutagenesis by 8-oxo-7,8-dihydroguanine (8-hydroxyguanine) paired with cytosine and adenine“. DNA Repair (Amst.). 9 (5): 542–50. 2010. doi:10.1016/j.dnarep.2010.02.004. PMID 20197241. |hdl-access= бара |hdl= (help)
  36. ↑ „Inactivating mutations of the human base excision repair gene NEIL1 in gastric cancer“. Carcinogenesis. 25 (12): 2311–7. 2004. doi:10.1093/carcin/bgh267. PMID 15319300.
  37. ↑ 37,0 37,1 „Epigenetic screen of human DNA repair genes identifies aberrant promoter methylation of NEIL1 in head and neck squamous cell carcinoma“. Oncogene. 31 (49): 5108–16. 2012. doi:10.1038/onc.2011.660. PMID 22286769.
  38. ↑ „A critical re-assessment of DNA repair gene promoter methylation in non-small cell lung carcinoma“. Scientific Reports. 4: 4186. 2014. Bibcode:2014NatSR...4E4186D. doi:10.1038/srep04186. PMC 3935198. PMID 24569633.
  39. ↑ „DNA methylation changes in genes frequently mutated in sporadic colorectal cancer and in the DNA repair and Wnt/β-catenin signaling pathway genes“. Epigenomics. 6 (2): 179–91. Apr 2014. doi:10.2217/epi.14.7. PMID 24811787.
Преземено од „https://mk.wikipedia.org/w/index.php?title=ДНК_гликозилаза&oldid=5274248“