DrugBank
DrugBank е сеопфатна, слободно достапна, интернет база на податоци што содржи информации за лекови и цели на одредени лекови. Исто како биоинформатичките и хеминформатичките ресурси, DrugBank комбинира податоци за детална лекови (односно хемискa, фармаколошкa и фармацевтскa) со сеопфатна цел на лековита (т.е. низа, структура и пат на крвоток) и информации за нејзината улога. DrugBank користела содржина од Википедија. Википедија, исто така, честопати се поврзува со DrugBank.
 | |
| Содржина | |
|---|---|
| Опис | база на податоци (лекови/дрога) |
| Заведени видови податоци | Хемиски структури, лекови за мали молекули, биотехнолошки лекови, цели на лекови, транспортери на лекови, низа на наркотични лекови, СНП на лекови, метаболити на лекови, описи на лекови, здруженија на болести, дозирни податоци, интеракции со храна и лекови, несакани реакции на лекови, фармакологија, механизми на дејствување , метаболизам на лекови, хемиска синтеза, податоци за патенти и цени, хемиски својства, номенклатура, синоними, хемиска таксономија, спектар на лекови NMR, спектар на лекови GC-MS, спектар на лекови LC-MS |
| Контакт | |
| Истраж. центар | Универзитетот Алберта |
| Лабораторија | Доктор Давид Висхарт |
| Пристап | |
| Мреж. место | drugbank.ca |
| URL за преземање | drugbank.ca/downloads |
| Алатки | |
| Разно | |
Најновото издание на базата на податоци (верзија 5.0) содржи 9591 записи за лекови вклучувајќи 2037 ситно-молекуларни лекови одобрени од ФДА, 241лекови одобрени од ФДА кои се биотехнички (белковини / пептидни), 96 нутриционистички лекови и над 6000 експериментални лекови. Покрај тоа, 4270 секвенци кои не се редундантни белковини (т.е. целни / ензими / транспортерни / носителни) секвенци се поврзани со овие записи на лекови. Секој запис на DrugCard содржи повеќе од 200 полиња со податоци со половина од информациите кои се посветени на податоците за лекови / хемикалии, а другата половина посветена на податоците за целта на лекот или податоци за белковините.
Четири дополнителни бази на податоци, HMDB, T3DB, SMPDB и FooDB се исто така дел од генералниот опфат на метаболички/хеминиформатски бази на податоци. HMDB содржи еквивалентни информации за повеќе од 40 000 човечки метаболити, T3DB содржи информации за 3100 вообичаени токсини и загадувачи на животната средина, SMPDB содржи дијаграми на патеки за скоро 700 човечки метаболички патеки и патеки на болести, додека FooDB содржи еквивалентни информации за 28,000 компоненти за храна и додатоци на храна.
Историја на верзиите
уредиПрвата верзија на DrugBank беше објавена во 2006 година. Оваа рана објавена верзија содржеше релативно скромни информации за 841 ситно молекуларни лекови одобрени од ФДА и 113 биотехнолошки лекови. Исто така, вклучуваше 2133 информации за цели на лекови. Втората верзија на DrugBank беше објавена во 2009 година.[1] Оваа значително била проширена и подобрена верзија на базата на податоци која опфаќала 1344 одобрени лекови за ситни молекули и 123 лекови за биотехника, како и 3037 уникатни цели на лековите. Верзијата 2.0 исто така, за првпат вклучуваше повлечени лекови и недозволена лекови, широките интеракции на храна-лекови и лекови-лекови, како и параметрите ADMET (апсорпција, дистрибуција, метаболизам, екскреција и токсичност). Верзијата 3.0 беше објавена во 2011 година.[2] Оваа верзија содржи 1424 одобрени ситно молекуларни лекови и 132 биотехнолошки лекови, како и повеќе од 4000 уникатни цели за лекови. Верзијата 3.0 исто така вклучуваше податоци за транспортер на лекови, податоци за патека на лекови, цени на лековите, патенти и податоци за производство, како и податоци за повеќе од 5000 експериментални лекови. Верзијата 4.0 беше објавена во 2014 година.[3] Оваа верзија вклучуваше 1558 молекуларни лекови одобрени од ФДА, 155 лекови/лекови за биотехника и 4200 уникатни цели на одредени лекови. Верзијата 4.0 исто така опфати широки информации за метаболити на лекови(структури и реакции), таксономија на лекови, спектар на лекови, постојани врски со лекови и информации за синтеза на. Табела 1 дава поцелосно статистичко резиме на историјата и развојот на „DrugBank“.
| Category | 1.0 | 2.0 | 3.0 | 4.0 |
|---|---|---|---|---|
| бр. на податочни полиња од DrugCard | 88 | 108 | 148 | 208 |
| бр. на видови пребарувања | 8 | 12 | 16 | 18 |
| бр. на илустирани илоги на лекови | 0 | 0 | 168 | 232 |
| бр. на лекови со метаболизирачки ензимски податоц | 0 | 0 | 762 | 1.037 |
| бр. на метаболити на лекови со структури | 0 | 0 | 0 | 1.239 |
| бр. на реакции на метаболизам на лекови | 0 | 0 | 0 | 1.308 |
| бр.на илустрирани патеки на метаболизам на лекови | 0 | 0 | 0 | 53 |
| бр. на лекови со податоци за транспортер на лекови | 0 | 0 | 516 | 623 |
| бр. на лекови со информации за класификација на таксономијата | 0 | 0 | 0 | 6.713 |
| бр. на ефекти на лекови поврзани со СНП | 0 | 0 | 113 | 201 |
| бр. на лекови со податоци за патенти / цени / производител | 0 | 0 | 1.208 | 1.450 |
| бр. на храна-лекови интеракции | 0 | 714 | 1.039 | 1.180 |
| бр. на лекови-лекови интеракции | 0 | 13,242 | 13,795 | 14,150 |
| бр. на параметрите ADMET (Caco-2, LogS) | 0 | 276 | 890 | 6.667 |
| бр. на QSAR параметри од лекови | 5 | 6 | 14 | 23 |
| бр. на лекови со постојани податоци за врзување на лекови | 0 | 0 | 0 | 791 |
| бр. на лекови со спектар на NMR | 0 | 0 | 0 | 306 |
| бр. на лекови со спектар на МС | 0 | 0 | 0 | 384 |
| бр. на лекови со информации за хемиска синтеза | 0 | 38 | 38 | 1.285 |
| бр. на лекови одобрени од ФДА за ситни молекули | 841 | 1.344 | 1.424 | 1.558 |
| бр. на биотехнолошки лекови | 113 | 123 | 132 | 155 |
| бр. на нутриционистички лекови | 61 | 69 | 82 | 87 |
| бр. на повлечени лекови | 0 | 57 | 68 | 78 |
| бр. на забранета лекови | 0 | 188 | 189 | 190 |
| бр. на експериментални лекови | 2.894 | 3.116 | 5.210 | 6.009 |
| бр. на експериментални и ФДА ситно молекуларни лекови | 3.796 | 4.774 | 6.684 | 7.561 |
| бр. на експериментални ФДА лекови (сите видови) | 3.909 | 4.897 | 6.816 | 7.713 |
| бр. на цел на лекови(уникатни) | 2.133 | 3.037 | 4.326 | 4.115 |
| бр. на ензими / носители на одобрени лекови(уникатни) | 0 | 0 | 164 | 245 |
| бр. на сите ензими / носители на лекови (уникатни) | 0 | 0 | 169 | 253 |
| бр. на надворешни врски со бази на податоци | 12 | 18 | 31 | 33 |
Опсег и пристап
уредиСите податоци во DrugBank се не-комерцијални или се добиени од не-комерцијален извор. Таа е слободно достапна и достапна за секого. Покрај тоа, скоро секоја ставка на податоци е целосно следлива и експлицитно се упатува на оригиналниот извор. Податоците за DrugBank се достапни преку јавен веб-интерфејс и преземања.
Корисниците можат да ја побараат DrugBank на неколку начини:
- Поддржани се едноставни пребарувања за текст за целата текстуална компонента на базата на податоци. Со кликнување на копчето "Browse", се создава табеларна синопса за содржината на DrugBank. Овој преглед им овозможува на корисниците случајно да се движат низ базата на податоци или повторно да ги сортираат нејзините содржини.
- Со кликнување на даденото копче DrugCard се појавува целокупната содржина на податоци за соодветниот лек. Комплетно објаснување за сите полиња и извори на DrugCard е дадено.
- Копчето PharmaBrowse им овозможува на корисниците да пребаруваат преку лекови, групирани според нивната индикација. Ова е особено корисно за фармацевтите и лекарите, но исто така и за фармацевтските истражувачи кои бараат потенцијални лекови.
- Копчето ChemQuery им овозможува на корисниците да нацртаат (користејќи аплети ChemAxon ) или да напишат (како низа SMILES ) хемиско соединение и да пребаруваат DrugBank за хемикалии слични или идентични со барањето соединение (Слика 3).
- Копчето TextQuery поддржува пософистицирано пребарување на текст (делумни совпаѓања на зборови,фонт, промашувања и слично) на текстот на DrugBank.
- Копчето SeqSearch им овозможува на корисниците да вршат BLAST (белковински) пребарувања за секвенци на 18.000 секвенци содржани во DrugBank. Поддржани се и единечни и повеќекратни секвенци (т.е. целосен протеом ).
- Копчето Екстрактор на податоци отвора алатка за пребарување на релациони лесни за употреба, која им овозможува на корисниците да избираат или пребаруваат различни комбинации на вторични полиња. Екстрасорот за податоци е најсофистицираната алатка за пребарување на DrugBank.
Корисниците можат да преземат избрани компоненти на текст и податоци за низа од DrugBank и да ги следат најновите вести за DrugBank преку редовни извори на вести преку своето мрежно место, како и преку Twitter и Facebook.
Поврзано
уредиНаводи
уреди- ↑ Wishart, DS; Knox C; Guo AC; и др. (Jan 2008). „DrugBank: a knowledgebase for drugs, drug actions and drug targets“. Nucleic Acids Research. 36 (Database issue): D901–906. doi:10.1093/nar/gkm958. PMC 2238889. PMID 18048412.
- ↑ Knox, C; Law, V; Jewison, T; Liu, P; Ly, S; Frolkis, A; Pon, A; Banco, K; Mak, C (Jan 2011). „DrugBank 3.0: a comprehensive resource for 'omics' research on drugs“. Nucleic Acids Research. 39 (Database issue): D1035–41. doi:10.1093/nar/gkq1126. PMC 3013709. PMID 21059682.
- ↑ Law, V; Knox, C; Djoumbou, Y; Jewison, T; Guo, AC; Liu, Y; Maciejewski, A; Arndt, D; Wilson, M (Jan 2014). „DrugBank 5.0: shedding new light on drug metabolism“. Nucleic Acids Research. 42 (Database issue): D1091-7. doi:10.1093/nar/gkt1068. PMC 3965102. PMID 24203711.