Википедија

Предвидување на структурата на белковините: Разлика помеѓу преработките

Интерактивен преглед на историјата
[проверена преработка][проверена преработка]
← Постаро уредувањеПоново уредување →
Избришана содржина Додадена содржина
НагледноВикитекст
с →‎top: Јазична исправка, replaced: веб опслуж → опслуж
с Јазично подобрување, replaced: фамилија → семејство (11), Фамилија → Семејство (2), фамилии → семејства (4), Фамилии → Семејства (2), мејствота →
Ред 21:
Петелки се региони од полипептидната верига, кои: 1) се наоѓаат помеѓу α завојниците и β плочите, 2) имаат различни должини и тродимензионални конфигурации и 3) се наоѓаат на површината на структурата.
 
Петелките на шнолите кои прават целосен пресврт во полипептидниот синџир поврзуваат две антипаралелни β-нишки и можат да бидат само две аминокиселини во должина. Петелките стапуваат во интеракција со околната водена средина и другите белковини. Бидејќи аминокиселините во петелките не се просторно ограничени, како аминокиселините во јадрото, и немаат ефект врз аранжманот на секундарните структури во јадрото, кај нив можат да настанат повеќе супституции, вметнувања и бришења. Така, во порамнувањето на секвенците, присуството на овие особини може да биде показател за присуство на петелка. Позициите на [[интрон]]ите во геномската [[ДНК]] понекогаш одговараат на локациите на петелките во кодираниот протеин. Петелките, исто така, имаат тенденција да содржат поларни и наелектризирани аминокиселини и тие често се дел од активните места на [[ензим]]ите. Деталниот преглед на структурите на петелките покажал дека тие припаѓаат на различни фамилиисемејства.
 
=== Навои ===
Ред 38:
'''Склоп''' е тип на архитектура која има сочувана структура и на петелките.
 
'''Блок''' е сочувана шема на аминокиселинска секвенца во фамилијасемејство на белковини. Шемата вклучува серија на можни совпаѓања на секоја позиција во претставените секвенци, но нема вметнати или избришани позиции (вметнувања или бришења) во шемата или во секвенците. Спротивно на тоа, секвенциските профили се тип на бодувачка матрица која претставува сличен сет на шеми кои вклучуваат вметнувања и бришења.
 
'''Класа''' е термин кој се користи за класификација на белковинските домени според нивната содржина на секундарни структури и организацијата. Левит и Чотиа (1976) првично навеле четири класи, а подоцна биле додадени уште неколку други во SCOP базата на податоци. CATH базата на податоци наведува три класи: доминантно-α, доминантно-β и α–β класи, со тоа што α–β класата ги вклучува α/β и α+β структурите.
Ред 46:
'''[[Белковински домен|Домен]]''' (во контекст на секвенци) е сегмент од полипептидниот синџир кој може да се склопи во тродимензионална структура без оглед на присуството на други сегменти од синџирот. Посебните домени на даден протеин може да стапуваат екстензивно во интеракција или може да бидат споени преку краток дел од полипептидниот синџир. Протеин со неколку домени (мултидоменски протеин) може да ги користи овие домени за функционални интеракции со различни молекули.
 
'''[[БелковинскаБелковинско фамилијасемејство|ФамилијаСемејство]]''' (во контекст на секвенци) е група на белковини со слична биохемиска функција, кои се повеќе од 50% идентични кога се порамнети. Една белковинскабелковинско фамилијасемејство содржи белковини со иста функција во различни организми (ортологни секвенци), но исто така може да вклучува и белковини во склоп на истиот организам (паралогни секвенци) добиени со генска дупликација и преуредувања. ФамилиитеСемејствата може понатаму да се поделат на [[Белковинско потсемејство|потсемејства]] или да се групираат во натсемејства врз основа на соодветни повисоки или пониски нивоа на сличност во секвенците. Базата на податоци SCOP има 1296 фамилиисемејства, а базата на податоци CATH (верзија 1.7 бета) има 1846 фамилиисемејства.
 
Кога секвенците на белковините со истата функција се испитуваат подетално, за некои се наоѓаа дека имаат голема секвенциска сличност. Според горенаведените критериуми тие се членови на истаисто фамилијасемејство. Сепак, некои имаат многу мала, дури незначајна, секвенциска сличност со другите членови на истатаистото фамилијасемејство. Во такви случаи, фамилијарниотсемејниот однос помеѓу двата далечни членови на истатаистото фамилијасемејство А и Ц може да се демонстрира со наоѓање на дополнителен член на семејството, на пример Б, кој има значителна сличност и со А и со Ц. Така, Б обезбедува врска помеѓу А и Ц.
 
Со 50% идентична секвенца, белковините имаат иста тродимензионална структура, а идентичните атоми во порамнувањето на секвенците би се поклопиле за приближно 1 Å во структурниот модел. На тој начин, ако структурата на еден член од фамилијатасемејството е позната, може да се направи веродостојно предвидување на структурата на втор член на истата фамилијасемејство. Што е поголема идентичноста во секвенцата, тоа е поверодостојно предвидувањето на структурата.
 
'''ФамилијаСемејство''' (во контекст на структура) е, како што се користи во FSSP базата на податоци (од анг. Families of Structurally Similar Proteins - ФамилииСемејства на структурно слични белковини) и на DALI/FSSP мрежното место, две структури кои имаат значително ниво на структурна сличност, но не мора да имаат значителна сличност во секвенците.
 
'''Склопот''' е сличен на структурниот мотив, вклучува поголема комбинација на единици на секундарната структура во истата конфигурација. На тој начин, белковините кои го споделуваат истиот склоп имаат иста комбинација на секундарни структури кои се поврзани со слични петелки. Еден пример е [[Розманов склоп|Розмановиот склоп]], кој се состои од неколку наизменични α-завојници и паралелни β-нишки. Во базите на податоци SCOP, CATH и FSSP, познатите белковински структури се класифицирани во хиерархиски нивоа на структурна комплексност, каде склопот е основното ниво на класификација.
Ред 58:
'''Хомологен домен''' (во контекст на секвенци) е продолжен секвенциски образец, кој најчесто се детектира со методите за порамнување на секвенците. Тој сигнализира заедничко еволутивно потекло на порамнетите секвенци. Хомологниот домен генерално е подолг од мотивите. Доменот може да ја содржи целата дадена белковинска секвенца или само дел од секвенцата. Некои домени се комплексни и се состојат од неколку помали хомологни домени кои се здружиле за да формираат поголем во текот на еволуцијата. Домен кој ја покрива целата секвенца се нарекува хомеоморфен домен од страна на PIR (од анг. Protein Information Resource - Белковински информативен ресурс).
 
'''Модул''' е регион на сочувани аминокиселински обрасци кои содржат еден или повеќе мотиви, а се смета за основна единица на структура или функција. Присуството на модул, исто така, се користи за класификација на белковините во фамилиисемејства.
 
'''Мотив''' (во контекст на секвенца) е сочуван образец на аминокиселини кој се наоѓа во два или повеќе протеина. Во каталогот [[PROSITE]], мотив е аминокиселински образец кој се наоѓа во група на белковини кои имаат слична биохемиска активност, а кој често е сместен во близина на активното место на протеинот. Примери за бази на податоци за секвенциски мотиви се каталогот PROSITE и базата на податоци Stanford Motifs Database.<ref>{{Наведено списание|last=Huang|first=JY.|last2=Brutlag|first2=DL.|date=Jan 2001|title=The EMOTIF database|journal=Nucleic Acids Res|volume=29|issue=1|pages=202–04|doi=10.1093/nar/29.1.202|pmc=29837|pmid=11125091}}</ref>
Ред 70:
'''[[Примарна структура на белковините|Примарна структура]]''' е линеарната аминокиселинска секвенца на протеинот, која од хемиска гледна точка е полипептидна низа составена од аминокиселини врзани со пептидни врски.
 
'''Профил''' (во контекст на секвенца) е бодувачка матрица која претставува повеќекратно порамнување на секвенците на фамилијасемејство на белковини. Профилот обично се добива од добро сочуван регион во повеќекратното порамнување. Профилот е во форма на матрица, каде секоја колона претставува позиција во порамнувањето, а секој ред е една од аминокиселините. Матриксните вредности ја даваат веројатноста за секоја аминокиселина на соодветната позиција во порамнувањето. Профилот се поместува по должината на целната секвенца за да ги лоцира најдобро бодуваните региони со алгоритам за динамичко програмирање. Секвенциски профил може, исто така, да биде претставен со [[скриен модел на Марков]] (анг. HMM, Hidden Markov Model).
 
'''Профил''' (во контекст на структура) е бодувачка матрица која претставува кои аминокиселини треба добро да се вклопат и кои треба да се вклопат лошо во секвенциски позиции на позната белковинска структура. Колоните на профилот претставуваат секвенциски позиции во структурата, а редовите на профилот ги претставуваат 20-те аминокиселини. Како и со секвенцискиот профил, структурниот профил се поместува по целната секвенца за да го пронајде највисокиот можен бод за порамнување, со алгоритам за динамичко програмирање. Празнините може да бидат вклучени и добиваат казнени бодови. Резултирачката оцена дава индикација за тоа дали целниот протеин може да има таква структура или не.
Ред 78:
[[Секундарна структура на белковините|'''Секундарна структура''']] се интеракциите кои се одвиваат помеѓу C, O, и NH групите на аминокиселините во полипептидниот синџир за да формираат α-завојници, β-плочи, свиоци, петелки и други форми, и кои го олеснуваат склопувањето во тродимензионална структура.
 
[[Белковинско натсемејство|'''Натсемејство''']] е група на белковински семејства кои имаат мала но детектибилна сличност во секвенците. Припадниците на едно натсемејство имаат заедничко еволутивно потекло. Белковини со неколку идентитети во порамнувањето на секвенците, но со заеднички број на структурни и функционални карактеристики се класифицирани во истото натсемејство. На ниво на тродимензионална структура, белковините од исто натсемејство споделуваат заеднички структурни карактеристики, како што е заеднички склоп, но може да имаат разлики во бројот и распоредот на секундарните структури. PIR ресурсот го користи терминот хомеоморфни натсемејства за оние натсемејства кои се составени од секвенци кои можат да бидат порамнети од крај до крај, што претставува споделување на единечен секвенциски хомологен домен, регион на сличност кој се протега низ целото порамнување. Овој домен, исто така, може да содржи помали хомологни домени кои се споделуваат со други белковински семејства и натсемејства. Иако дадена белковинска секвенца може да содржи домени кои се наоѓаат во неколку натсемејства, што укажува на комплексна еволутивна историја, секвенците ќе бидат доделени само на една хомеоморфно натсемејство врз основа на присуството на сличност низ повеќекратното порамнување на секвенци. Порамнувањето кај натсемејстватенатсемејствата може да вклучува региони кои не се порамнуваат ниту во средината ниту на краевите на порамнувањето. Спротивно на тоа, секвенците во рамките на истаисто фамилијасемејство добро се порамнуваат по целата должина.
 
'''Суперсекундарна структура''' е термин кој има слично значење со терминот структурен мотив.<ref name="Mount"/>
Преземено од „https://mk.wikipedia.org/wiki/Предвидување_на_структурата_на_белковините“