Jmol

Jmol
	Тридимензионално структурно претставување на стрептавидин со Jmol
Програмери	Развојна екипа на Jmol
Првично издание	2001; пред 23 години
Развојна состојба	Активен
Прог. јазик	Јава
Опер. систем	повеќеплатформски
Подлога	Системи со Јава и прелистувачи без Јава
Јазици	Каталонски, кинески, чешки, дански, холандски, англиски,француски, германски, унгарски, индонезиски, италијански, корејски, португалски, шпански, турски, украински
Вид	Молекуларно моделирање
Лиценца	LGPL 2.0
Мреж. место	jmol.org

Jmol — компјутерски софтвер за молекуларно моделирање на хемиските структури во 3-димензии.^[2] Jmol дава 3D претстава на молекула и може да се користи како образовна програма,^[3] или пак како истражувачка програма на пр., во хемијата и биохемијата. Напишана е во програмскиот Јава, па може да работи на оперативниот систем Виндоус, Мекинтош, Линукс и Уникс, доколку на истите и инсталиран пакетот Јава. Станува збор за слободен софтвер објавен под лиценцата GNU Lesser General Public License (LGPL) верзија 2.0. Постојат самостојна апликација и развоен софтверски пакет, кои можат да бидат надоградени со други Јава апликации, како што се Биоклипс и Таверна.

Позната одлика на програмот е што може да биде вграден во мрежни странициза да ги прикаже молекулите на најразлични начини. На пример, молекулите може да се претставуваат како моделите топче и стап, просторен модел, јамчест дијаграмитн.^[4] Jmol поддржува широк спектар на хемиски податочни формати, вклучувајќи Protein Data Bank (pdb), Crystallographic Information File (cif), MDL Molfile (mol), и Chemical Markup Language (CML). Постои исто така и самостојна верзија JavaScript во (HTML5), JSmol, која може да се користи на компјутери без Јава.^[5]

Програмата Jmol, меѓу другите можности, нуди алтернатива на приклучокот Chime,^[3] кој повеќе активно не се развива. Иако Jmol има многу особенсоти кои му недостасуваат на Chime, не ги содржи сите способности на, особено, модот Sculpt. Chime побарува приклучна инсталација и Интернет Експлорер 6.0 или Фајерфокс 2.0 на Микрософт Виндоус, или Нетскејп Кумуникатор 4.8 на Мекинтош 9. Jmol побарува инсталација на Јава и може да се користи на бројни оперативни системи. На пример, Jmol е целосно функционален на Фајрфокс, Интернет Експлорер, Опера, Гугл Хром и Сафари.

Снимки

Кристалана структура на H/ACA кутија на RNP од Pyrococcus furiosus.
Означување на два солени моста во хемоглобинот (хемо-групата како стапчиња долу десно).
Дел од презапишувачкиот фактор TFIIIA кои образуваат три постепени цинкови мотиви налик на прсти, надоврзани на дел од ДНК.
Еубактериски рибозом 70S од Thermus thermophilus.