CATH база на податоци
CATH базата на податоци за структурна класификација на белковините е бесплатен, јавно достапен онлајн ресурс кој дава информации за еволутивните односи на белковинските домени. Оваа база на податоци била создадена во средината на 1990-тите години од страна на професор Кристин Орегно и соработниците, вклучувајќи ги Џенет Торнтон и Дејвид Џоунс,[1] а продолжува да биде развивана од страна на групата на Орегно при Лондонскиот универзитетски колеџ. CATH има многу сличности со SCOP базата на податоци, сепак постојат многу области во кои деталната класификација драстично се разликува меѓу нив.[2][3][4][5]
 | |
|---|---|
| Содржина | |
| Опис | Класификација на белковински структури |
| Контакт | |
| Истраж. центар | Лондонски универзитетски колеџ |
| Лабораторија | Институт за структурна и молекуларна биологија |
| Воведена | 1997 |
| Пристап | |
| Мреж. место | cathdb.info |
| URL за преземање | cathdb.info/download |
| Алатки | |
| Разно | |
| Честота на објавување | CATH-B се објавува дневно. Официјалните објавувања се еднаш годишно. |
| Верзија | 4.1 |
Хиерархиска организација уреди
Експериментално-добиените тридимензионални структури на белковините се земаат од PDB (Protein Data Bank). Потоа се идентификуваат белковинските домени во рамките на еден полипептиден синџир со користење на комбинација од автоматизирани методи и мануелна инспекција.
Домените потоа се класифицираат во рамките на CATH структурната хиерархија: на нивото на класа (C), домените се класифицираат според нивната содржина на елементите на вторичната структура во групите исклучиво-алфа, исклучиво-бета, мешавина од алфа и бета и мала содржина на вторична структура; на нивото на архитектурата (A), домените се класифицираат според аранжманот на вторичните структури во тридимензионален простор; на нивото на топологија/склоп (T), се користат информациите за тоа како елементите на вторичната структура се поврзани и организирани; на нивото на хомологно натсемејство (H), домените се класифицираат ако постои добар доказ дека се еволутивно сродни,[1] т.е. хомологни.
| # | Ниво | Опис |
|---|---|---|
| 1 | Класа | Севкупната содржина на вторични структури на доменот (Еквивалентно на нивото Класа во SCOP) |
| 2 | Архитектура | Голема структурна сличност, но нема докази за хомологија (Еквивалентно на нивото Склоп во SCOP) |
| 3 | Топологија/склоп | Групирање на топологии кои споделуваат одредени структурни одлики |
| 4 | Хомологно натсемејство | Поседуваат докажана еволутивна сродност (Еквивалентно на нивото Натсемејство во SCOP) |
Објавувања уреди
Тимот на CATH има за цел да обезбеди официјални објавувања на CATH класификацијата на секои 12 месеци.
Најновата верзија на CATH-Gene3D (v4.1), била објавена во јули 2016 година и се состои од:
Наводи уреди
- ↑ 1,0 1,1 Orengo, CA; Michie, AD; Jones, S; Jones, DT; Swindells, MB; Thornton, JM (1997). „CATH – a hierarchic classification of protein domain structures“. Structure. 5 (8): 1093–1109. doi:10.1016/S0969-2126(97)00260-8. ISSN 0969-2126. PMID 9309224.
- ↑ „CATH: Protein Structure Classification Database at UCL“. Cathdb.info. Посетено на 2017-03-09.
- ↑ „CATH“. Cathdb.info. Посетено на 2017-03-09.
- ↑ „CATH Database (@CATHDatabase)“. Twitter. Посетено на 2017-03-09.
- ↑ Pearl, F. M. G. (2003). „The CATH database: an extended protein family resource for structural and functional genomics“. Nucleic Acids Research. 31 (1): 452–455. doi:10.1093/nar/gkg062. ISSN 1362-4962.
- ↑ 6,0 6,1 6,2 6,3 Dawson, Natalie L.; Lewis, Tony E.; Das, Sayoni; Lees, Jonathan G.; Lee, David; Ashford, Paul; Orengo, Christine A.; Sillitoe, Ian (2017-01-04). „CATH: an expanded resource to predict protein function through structure and sequence“. Nucleic Acids Research. 45 (Database issue): D289–D295. doi:10.1093/nar/gkw1098. ISSN 0305-1048. PMC 5210570. PMID 27899584.CS1-одржување: PMC-формат (link)