B3 домен
B3 ДНК-врзувачкиот домен (DBD) е високо сочуван домен, кој се наоѓа исклучиво во транскрипционите фактори кај васкуларните растенија (≥40 видови) (Pfam PF02362), во комбинација со други домени (InterPro: IPR003340). Овој домен се состои од 100-120 аминокиселински остатоци, вклучувајќи седум бета нишки и два алфа-завојницаа, кои формираат ДНК-врзувачки псевдоцилиндричен (анг. pseudobarrel) белковински склоп (SCOP 117343 Архивирано на 8 декември 2015 г.). Тој стапува во интеракција со големиот жлеб на ДНК молекулата.[1]
| B3 ДНК врзувачки домен | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 B3 ДНК врзувачки домен од RAV1 | |||||||||
| Назнаки | |||||||||
| Симбол | B3_домен | ||||||||
| Pfam | PF02362 | ||||||||
| InterPro | IPR003340 | ||||||||
| PROSITE | PS50863 | ||||||||
| SCOP | 1wid | ||||||||
| SUPERFAMILY | 1wid | ||||||||
| CDD | cd10017 | ||||||||
| |||||||||
Б3 фамилии
уредиВо Arabidopsis thaliana, постојат три главни фамилии на транскрипциони фактори кои го содржат B3 доменот:[2]
- ARF (од анг. Auxin Response Factors - фактори на одговор на ауксин)
- ABI3 (од анг. ABscisic acid Insensitive3 - фактор кој не е осетлив на апсцисинска киселина)
- RAV (од анг. Related to ABI3/VP1 - фактор кој е сроден со ABI3/VP1)
| белковина | ARF1-B3 | ABI3-B3 | RAV1-B3 |
|---|---|---|---|
| B3 структура изведена од | молекуларен модел[1] | молекуларен модел[1] | NMR[1] |
| B3 низа на препознавање | TGTCTC[3][4] | CATGCA[5][6] | CACCTG[7] |
PDB: 1WID [1] и PDB: 1YEL [8] се единствените познати NMR структури (со фаза раствор) на B3 ДНК-врзувачкиот домен.
Сродни белковини
уредиN-терминалниот домен на рестрикционата ендонуклеаза EcoRII и C-терминалниот домен на рестрикционата ендонуклеаза BfiI поседуваат сличен ДНК-врзувачки псевдоцилиндричен (анг. pseudobarrel) белковински склоп.[9][10]
Поврзано
уредиНаводи
уреди- ↑ 1,0 1,1 1,2 1,3 1,4 „Solution Structure of the B3 DNA Binding Domain of the Arabidopsis Cold-Responsive Transcription Factor RAV1“. Plant Cell. 16 (12): 3448–59. 2004. doi:10.1105/tpc.104.026112. PMC 535885. PMID 15548737.
- ↑ „Arabidopsis transcription factors: genome-wide comparative analysis among eukaryotes“. Science. 290 (5499): 2105–10. 2000. doi:10.1126/science.290.5499.2105. PMID 11118137.
- ↑ „ARF1, a transcription factor that binds to auxin response elements“. Science. 276 (5320): 1865–8. 1997. doi:10.1126/science.276.5320.1865. PMID 9188533.
- ↑ „The Roles of Auxin Response Factor Domains in Auxin-Responsive Transcription“. Plant Cell. 15 (2): 533–43. 2003. doi:10.1105/tpc.008417. PMC 141219. PMID 12566590.
- ↑ „The conserved B3 domain of VIVIPAROUS1 has a cooperative DNA binding activity“. Plant Cell. 9 (5): 799–807. 1997. doi:10.1105/tpc.9.5.799. PMC 156957. PMID 9165754.
- ↑ „Transactivation of the Brassica napus napin promoter by ABI3 requires interaction of the conserved B2 and B3 domains of ABI3 with different cis-elements: B2 mediates activation through an ABRE, whereas B3 interacts with an RY/G-box“. Plant J. 24 (1): 57–66. 2000. doi:10.1046/j.1365-313x.2000.00857.x. PMID 11029704.
- ↑ „RAV1, a novel DNA-binding protein, binds to bipartite recognition sequence through two distinct DNA-binding domains uniquely found in higher plants“. Nucleic Acids Res. 27 (2): 470–8. 1999. doi:10.1093/nar/27.2.470. PMC 148202. PMID 9862967.
- ↑ Waltner, J.K.; Peterson, F.C.; Lytle, B.L.; Volkman, B.F. (2005). „Structure of the B3 domain from Arabidopsis thaliana protein At1g16640“. Protein Sci. 14 (9): 2478–83. doi:10.1110/ps.051606305. PMC 2253459. PMID 16081658.
- ↑ „Crystal structure of type IIE restriction endonuclease EcoRII reveals an autoinhibition mechanism by a novel effector-binding fold“. J. Mol. Biol. 335 (1): 307–19. 2004. doi:10.1016/j.jmb.2003.10.030. PMID 14659759.
- ↑ „Structure of the metal-independent restriction enzyme BfiI reveals fusion of a specific DNA-binding domain with a nonspecific nuclease“ (PDF). Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 102 (44): 15797–802. 2005. doi:10.1073/pnas.0507949102. PMC 1266039. PMID 16247004.
Надворешни врски
уреди- DBD database of predicted transcription factors„DBD: a transcription factor prediction database“. Nucleic Acids Res. 34 (Database issue): D74–81. 2006. doi:10.1093/nar/gkj131. PMC 1347493. PMID 16381970. Uses a curated set of DNA-binding domains to predict transcription factors in all completely sequenced genomes (англиски)
- Classification in the "Transcription factors" table according to the Transfac database. (англиски)
- Database of Arabidopsis Transcription Factors (англиски)
- B3 Архивирано на 17 октомври 2019 г., RAV Архивирано на 20 јуни 2018 г., and ARF Архивирано на 17 октомври 2019 г. family at PlantTFDB:Plant Transcription Factor Database Архивирано на 22 април 2016 г. (англиски)