Verrucomicrobia: Разлика помеѓу преработките

* [[Verrucomicrobiae]]|subdivision_ranks=Класи|synonyms=* Verrucomicrobaeota <small>Oren et al. 2015</small>|color=YellowGreen}}'''Verrucomicrobia''' е [[колено]] на [[бактерии]]. Ова колено содржи само неколку опишани [[Вид (биологија)|видови]] (коленото е именувано според видот ''[[Verrucomicrobium spinosum]]''). Досега идентификуваните видови се изолирани од слатководни средини, почви, а присутни се и во човечкиот измет. Голем број на видови кои сесѐ уште не се култивирани утврдено е дека стапуваат во разни асоцијации со [[Еукариоти|еукариотски]] домаќини како [[протисти]] и [[Цевчести црви|нематоди]]. Додека терминот ''verrucae'' е име за брадавици кои се јавуваат по рацете и нозете, ова бактериско колено не е именувано бидејќи е предизвикувачки агенс за брадавици, туку поради нивната [[Морфологија (биологија)|морфологија]] која потсетува на брадавици.

Постојат докази дека Verrucomicrobia се наоѓаат во изобилство во животната средина, особено во [[Почва|почвите]]. Ова колено се смета дека има две сестрински колена: [[Хламидии|Chlamydiae]] и [[Lentisphaerae]], кои заедно се групираат во т.н. [[PVC група]].<ref>{{cite journal|vauthors=Cho J, Vergin K, Morris R, Giovannoni S|title=Lentisphaera araneosa gen. nov., sp. nov, a transparent exopolymer producing marine bacterium, and the description of a novel bacterial phylum, Lentisphaerae|journal=Environ Microbiol|volume=6|issue=6|pages=611–21|year=2004|pmid=15142250|doi=10.1111/j.1462-2920.2004.00614.x}}</ref> Коленото Verrucomicrobia може да се разликува од соседните колена во рамките на PVC групата со неколку CSIs ([[Англиски јазик|анг.]] Conserved signature inserts and deletions (CSIs)]].<ref name="Gupta2012">{{cite journal|vauthors=Gupta RS, Bhandari V, Naushad HS|title=Molecular Signatures for the PVC Clade (Planctomycetes, Verrucomicrobia, Chlamydiae, and Lentisphaerae) of Bacteria Provide Insights into Their Evolutionary Relationships|journal=Front Microbiol|volume=3|issue=|pages=327|year=2012|pmid=23060863|pmc=3444138|doi=10.3389/fmicb.2012.00327|url=}}</ref> Овие CSIs претставуваат единствени, [[Синапоморфизам|синапоморфични]] карактеристики кои сугерираат заедничко потекло на членовите во рамките на Verrucomicrobia, а истовремено ги разграничуваат од останатите бактерии.<ref name="pmid27279642">{{cite journal|vauthors=Gupta RS|title=Impact of genomics on the understanding of microbial evolution and classification: the importance of Darwin's views on classification|journal=FEMS Microbiol Rev|volume=40|issue=4|pages=520–53|date=2016|pmid=27279642|doi=10.1093/femsre/fuw011|url=http://femsre.oxfordjournals.org/content/early/2016/06/07/femsre.fuw011.abstract}}</ref> Неколку CSIs се уникатно споделувани помеѓу колената Verrucomicrobia и Chlamydiae.<ref>{{cite journal|vauthors=Griffiths E, Gupta RS|title=Phylogeny and shared conserved inserts in proteins provide evidence that Verrucomicrobia are the closest known free-living relatives of chlamydiae|journal=Microbiology|volume=153|issue=Pt 8|pages=2648–54|year=2007|pmid=17660429|doi=10.1099/mic.0.2007/009118-0}}</ref> Овие CSIs се доказ дека ''Chlamydiae'' се најблиску сродни со ''Verrucomicrobia'', и дека тие се посродни една со друга, отколку што било која од нив е со ''[[Планктомицети|Planctomycetes]]''.

[[CavalierТомас Кавалир-SmithСмит]] има хипотизирано дека Verrucomicrobia припаѓаат на таксонот Planctobacteria, кој пак е дел на поголемиот таксон Gracilicutes. Податоците добиени од [[16S rRNAрибозомна РНК|16S рРНК]] го потврдуваат ова гледиште.<ref>{{cite journal|last1=Wagner|first1=M|last2=Horn|first2=M|title=The Planctomycetes, Verrucomicrobia, Chlamydiae and sister phyla comprise a superphylum with biotechnological and medical relevance|journal=Current Opinion in Biotechnology|volume=17|issue=3|pages=241–9|year=2006|pmid=16704931|doi=10.1016/j.copbio.2006.05.005}}</ref> Во 2008 година, целиот [[геном]] на ''[[Methylacidiphilum infernorum]]'' (2.3 Mbp) беше објавен. Неговиот единечен кружен [[хромозом]] кодира околу 2473 [[Протеин|протеини]], од кои 731 немаат познати хомолози. Овие анализи открија и многу можни хомологии со [[Протеобактерии|Proteobacteria]].<ref>{{cite journal|last1=Hou|first1=S|last2=Makarova|first2=KS|last3=Saw|first3=JH|last4=Senin|first4=P|last5=Ly|first5=BV|last6=Zhou|first6=Z|last7=Ren|first7=Y|last8=Wang|first8=J|last9=Galperin|first9=MY|last10=Omelchenko|first10=Marina V|last11=Wolf|first11=Yuri I|last12=Yutin|first12=Natalya|last13=Koonin|first13=Eugene V|last14=Stott|first14=Matthew B|last15=Mountain|first15=Bruce W|last16=Crowe|first16=Michelle A|last17=Smirnova|first17=Angela V|last18=Dunfield|first18=Peter F|last19=Feng|first19=Lu|last20=Wang|first20=Lei|last21=Alam|first21=Maqsudul|title=Complete genome sequence of the extremely acidophilic methanotroph isolate V4, Methylacidiphilum infernorum, a representative of the bacterial phylum Verrucomicrobia|journal=Biology direct|volume=3|pages=26|year=2008|pmid=18593465|pmc=2474590|doi=10.1186/1745-6150-3-26}}</ref><ref>{{Cite journal|author=Ludwig, W., Euzéby, J., & Whitman W.B.|year=2008|title=Bergey's Taxonomic Outlines: Volume 4 - Draft Taxonomic Outline of the Bacteroidetes, Planctomycetes, Chlamydiae, Spirochaetes, Fibrobacteres, Fusobacteria, Acidobacteria, Verrucomicrobia, Dictyoglomi, and Gemmatimonadetes|journal=Bergey's Manual Trust|volume=|issue=|pages=15|url=http://bergeys.org/outlines/Bergeys_Vol_4_Outline.pdf|doi=|postscript=<!-- Bot inserted parameter. Either remove it; or change its value to "." for the cite to end in a ".", as necessary. -->{{inconsistent citations}}}}CS1 maint: Multiple names: authors list ([//en.wikipedia.org/wiki/Category:CS1_maint:_Multiple_names:_authors_list link])

[[Филогенија|Филогенијата]] е врз основа на работата на проектот [[Проектот "Животно дрво на сите видови" (анг. The All-Species Living Tree]] Project).<ref>{{cite web|url=http://www.arb-silva.de/fileadmin/silva_databases/living_tree/LTP_release_123/LTPs123_SSU_tree.pdf|title=16S rRNA-based LTP release 123 (full tree)|publisher=[[Silva Comprehensive Ribosomal RNA Database]]|accessdate=2016-03-20}}</ref>{{Клад|{{clade

Моментално прифатената [[таксономија]] се заснова на [[''Листата на имиња на прокариотите со евиденција во номенклатурата'' (анг. List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LSPN- LPSN)]]<ref>{{cite web|author=J.P. Euzéby|url=http://www.bacterio.net/-classifphyla.html#Verrucomicrobia|title=Verrucomicrobia|publisher=[[List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature]] (LPSN)|accessdate=2016-03-20}}</ref> и [[''Националниот центар за биотехнолошки информации'' (анг. National Center for Biotechnology Information (- NCBI)]].<ref name="NCBI">{{cite web|author=Sayers|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?mode=Undef&id=74201&lvl=6&lin=f&keep=1&srchmode=1&unlock|title=Verrucomicrobia|publisher=[[National Center for Biotechnology Information]] (NCBI) taxonomy database|accessdate=2016-03-20|display-authors=etal}}</ref>

♠  Видот се наоѓа во [[National Center for Biotechnology Information (NCBI)]], но го нема во [[Бактериолошкиот Код]] (1990 година и последователните ревизии), како што е наведено во [[List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN)]].