Народното предание дека на ова место постои Климентова црква и неговата гробница, било потврдено по првите археолошки ископувања во [[1943]] година, кога проф. [[Димче Коцо]] ги открил темелите на Климентовата црква и во исто време и гробницата на [[CвeтиСвети Климент Охридски]]<ref>[http://www.360macedonia.com/macedonia/mk/vrdetails.php?vr_ID=50 360° Македонија - Плаошник]</ref>. Врз темелите на ранохристијанската базилика, од која се зачувани остатоци, била изградена црква со триконхална форма (лист на детелина), архитектонски облици какви што биле негувани во IX век во [[Византија]]. Црквата била обновена во XII век, а потоа уште еднаш во XIII век. Понатака кон оваа црква биле доградувани капели, а во XIV век припрата и надворешна припрата со камбанарија. Фреските од првобитната Климентова црква од IX век не се зачувани. Фрагментите на пронајдените фрески, во текот на археолошките истражувања, им припаѓаат на три различни периоди на обновувањето и проширувањето на Климентовиот манастир. По доаѓањето на Османлиите, Климентовата црква била претворена во џамија, позната под називот Имарет џамија, која повеќе не постои.
Меѓу археолошките остатоци во Климетовата црква Св. Пантелејмон се наоѓа и гробницата на самиот свети Климент. Според житието на архиепископот Теофилакт за Климент Охридски, големиот словенски просветител оваа гробница ја направил со своја рака и во неа бил погребан во 916 година.
