ДНК-лигаза
Во молекуларна биологија, ДНК-лигазата е посебен тип на лигаза (со ензимски код 6.5.1.1) која може да се поврзе за две комплементарни ДНК-низи кои се раскинати. Единечната раскината низа се фиксира (спојува) со различен тип на ДНК-лигаза која ја користи комплементарната низа како шаблон, но сепак е потребна ДНК-лигазата за да се создаде конечната фосфодиестерска врска за целосна поправка на ДНК.
| ДНК-лигаза | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 ДНК-лигаза поправа хромозомско оштетување | |||||||||
| Назнаки | |||||||||
| EC-број | 6.5.1.1 | ||||||||
| CAS-број | 9015-85-4 | ||||||||
| Бази на податоци | |||||||||
| IntEnz | IntEnz view | ||||||||
| BRENDA | BRENDA entry | ||||||||
| ExPASy | NiceZyme view | ||||||||
| KEGG | KEGG entry | ||||||||
| MetaCyc | metabolic pathway | ||||||||
| PRIAM | profile | ||||||||
| PDB структури | RCSB PDB PDBj PDBe PDBsum | ||||||||
| Генетска онтологија | AmiGO / EGO | ||||||||
| |||||||||
ДНК-лигазите се употребуваат при поправката на ДНК и при репликацијата на ДНК. Исто така, ДНК-лигазата има широка употреба во лабораториите по молекуларна биологија во експерименти за генетска рекомбинација.
Механизам на дејство уреди
Суштината на механизмот на ДНК-лигазата се состои во формирање на две ковалентни фосфодиестерски врски меѓу 3' хидроксилните краеви на еден нуклеотид со 5' фосфатниот крај на друг нуклеотид. За оваа лигазна реакција е потребен ATP. Дејството на ДНК-лигазата врз молекулата на ДНК се нарекува лигација.
Сликовит приказ за дејството на лигазата може да се даде на следниот начин (со лепливите краеви):
Лигазите ќе дејствуваат и со тапи краеви на ДНК, иако за ова се потребни различни ензимски концентрации и различни реакциони услови.
Лигази кај цицачите уреди
Кај цицачите постојат четири посебни типови на лигази.
- ДНК-лигаза I: врши лигација на насцентна ДНК од неводечките низи откако ДНК-полимераза I ќе го отстрани РНК прајмерот од Оказаки фрагментите.
- ДНК-лигаза II: алтернативно сплајсирана (splice) форма на ДНК-лигаза III која може да се најде кај сите клетки кои не се во делба.
- ДНК-лигаза III: комплекси со белковината за ДНК поправка XRCC1
- ДНК-лигаза IV: комплекси со XRCC4.
Некои форми на ДНК-лигаза кај бактериите (обично поголеми) побаруваат NAD како кофактор, додека други форми (најчесто присутни кај E. coli и обично помали) побаруваат ATP.