Геновестатор

Геновестатор била апликација која се состоела од база на податоци за генски изрази и алатки за анализа на податоците. Постоела во две верзии, биомедицински и растителни, во зависност од видот на основната микрониза и RNAseq, како и податоците за секвенционирање на РНК на една клетка. Била започната во јануари 2004 година од научници од ETH Цирих и моментално била развиена и комерцијализиран од Nebion AG.

Истражувачите и научниците од академијата и индустријата го користеле за да ги идентификувале, карактеризирале и валидирале нови цели на лекови и биомаркери, да идентификувале соодветни истражувачки модели и воопшто да разбереле како генската експресија се менувала со различни третмани.

База на податоци за генски изрази

Базата на податоци Геновестатор содржела трансциптомски податоци од бројни јавни складишта, вклучувајќи ги GEO, Array Express и познати проекти за истражување на ракот како TCGA. Во зависност од договорот за лиценца, таа можела да содржи и податоци од приватни студии за изразување на гени. Сите податоци биле рачно курирани, контролирани со квалитет и збогатени за описи на примероци и експерименти добиени од соодветните научни публикации.

Бројот на видови од каде што биле добиени примероците постојано се зголемувал. Во моментов, биомедицинската верзија содржела податоци од луѓе, глувци и стаорци кои се користеле во биомедицинските истражувања. Студиите за изразување на гени биле од различни истражувачки области, вклучувајќи онкологија, имунологија, неврологија, дерматологија и кардиоваскуларни болести. Примероците опфаќале ткивна биопсија и клеточни линии.

Растителната верзија (повеќе не била достапна) ги содржела и двете, широко користени моделски видови, како што биле arabidopsis и medicago, како и главните видови култури како пченка, ориз, пченица и соја. По стекнувањето на Nebion AG од страна на Immunai Inc. во јули 2021 година, податоците за растенијата почнале постепено да се укинуваат бидејќи биотехнолошката компанија дала приоритет на нивниот фокус на податоците за биофарма. Почнувајќи од 2023 година, податоците за фабриката се одржувале на посебен сервер за преостанатите корисници со лиценца за фабриката верзија на Геновестатор.

Алатки за изразување на гени

Повеќе од 60.000 научници од академијата и индустријата ја користеле Геновестатор за нивната работа во молекуларната биологија, токсикогеномијата, откривањето биомаркери и валидацијата на целта. Оригиналната научна публикација била цитирана над 3.500 пати.

Алатките за анализа биле поделени во три главни групи:

• Алатки за ПРЕБАРУВАЊЕ НА СОСТОЈБА: најдете состојби како што се ткиво, болест, третман или генетска позадина што го регулирале генот(ите) од интерес
• Алатки за ПРЕБАРУВАЊЕ НА ГЕНИТЕ: најдете гени кои биле конкретно изразени во услови(и) од интерес
• Алатки за ПРЕБАРУВАЊЕ СЛИЧНОСТ: најдете гени или услови кои покажувале сличен модел на генска експресија

Наводи

• Prasad A, Suresh Kumar S, Dessimoz C, Bleuler S, Laule O, Hruz T, Gruissem W, and P Zimmermann (2013) Глобална регулаторна архитектура на транскриптомите на ткивото на човекот, глувчето и стаорецот. BMC Genomics 2013, 14:716.
• Hruz T, Wyss M, Lucas C, Laule O, von Rohr P, Zimmermann P, and S Bleuler (2013) A Multilevel Gamma-Clustering Layout Algorithm for Visualization of Biological Networks. Напредоци во биоинформатиката, кн. 2013 година, ИД на член 920325, 10 страници, 2013 година. doi: 10.1155/2013/920325.
• Hruz T, Wyss M, Docquier M, Pfaffl MW, Masanetz S, Borghi L, Verbrugge P, Kalaydjieva L, Bleuler S, Laule O, Descombes P, Gruissem W and P Zimmermann (2011) RefGenes: идентификација на доверлива и специфична референца за состојбата гени за RT-qPCR нормализација на податоците. BMC Genomics 2011, 12:156.
• Hruz T, Laule O, Szabo G, Wessendorp F, Bleuler S, Oertle L, Widmayer P, Gruissem W and P Zimmermann (2008) Genevestigator V3: база на податоци за референтни изрази за мета-анализа на транскриптоми. Напредоци во биоинформатиката 2008, 420747
• Гренан АК (2006) Genevestigator. Олеснување на веб-базирана анализа на генска експресија. Физиологија на растенијата 141 (4): 1164-6
• Laule O, Hirsch-Hoffmann M, Hruz T, Gruissem W, and P Zimmermann (2006) Веб-базирана анализа на транскриптомот на глувчето користејќи Genevestigator. BMC Bioinformatics 7:311
• Zimmermann P, Hennig L and W Gruissem (2005) Анализа на генска експресија и мрежно откривање користејќи Genevestigator. Трендови во науката за растенијата 9 10, 407-409
• Zimmermann P, Hirsch-Hoffmann M, Hennig L and W Gruissem (2004) GENEVESTIGATOR: Arabidopsis Microarray Database and Analysis Toolbox. Физиологија на растенијата 136 1, 2621-2632
• Zimmermann P, Schildknecht B, Garcia-Hernandez M, Gruissem W, Craigon D, Mukherjee G, May S, Parkinson H, Rhee S, Wagner U and L Hennig (2006) MIAME/Plant - додавање вредност на експериментите со микросреди со растенија. Растителни методи 2, 1