Т7 РНК полимераза
| Т7 РНК полимераза | |||||
|---|---|---|---|---|---|
 Т7 РНК полимераза (сина) која произведува mRNA (светло-сина) од двоверижна ДНК шаблон (портокалова).
| |||||
| Идентификатори | Организам | ||||
| Симбол | 1 | ПДБ | 1 MSW | UniProt | P00573 |
| РНК полимераза насочена кон ДНК, тип на фаг | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Назнаки | |||||||||
| Симбол | РНК_пол | ||||||||
| Pfam | PF00940 | ||||||||
| InterPro | IPR002092 | ||||||||
| SCOP | 1msw | ||||||||
| SUPERFAMILY | 1msw | ||||||||
| |||||||||
Т7 РНК полимераза е РНК полимераза од бактериофагот Т7 кој го катализира образувањето на РНК од ДНК во насока 5'→ 3'.[1]
Активност
уредиТ7 полимеразата е екстремно специфична за промоторот и транскрибира само ДНК низводно од промоторот Т7.[2] T7 полимеразата, исто така, бара двоверижна ДНК шаблон и Mg 2+ јон како кофактор за синтеза на РНК. Има многу ниска стапка на грешка. Т7 полимеразата има молекуларна тежина од 99 kDa.
Промотор
уредиПромоторот е препознаен за врзување и иницирање на транскрипцијата. Консензусот во Т7 и сродните фаги е:[2]
5' * 3'
T7 TAATACGACTCACTATAGGGAGA
T3 AATTAACCCTCTCACTAAAGGGAGA
K11 AATTAGGGCAACACTATAGGGAGA
SP6 ATTTACGACACACACTATAGAAGAA
врзи-------------
-----------во тоа
Транскрипцијата започнува на гуанинот означен со ѕвездичка.[2]
Структура
уредиТ7 полимеразата е кристализирана во неколку форми и структурите се сместени во ПДБ. Тие објаснуваат како Т7 полимеразата се врзува за ДНК и ја транскрибира. N-терминалниот домен се движи наоколу додека се формира комплексот на издолжување. ssRNAP има ДНК-РНК хибрид од 8 bp.[3] Јамка за специфичност на бета-фиба (остатоци 739-770 во Т7) го препознава промоторот; заменувајќи го со оној што се наоѓа во T3 RNAP прави полимеразата наместо тоа да ги препознава промоторите на T3.[2]
Слично на другите полимерази на вирусна нуклеинска киселина, вклучително и Т7 ДНК полимераза од истиот фаг, конзервираниот Ц-терминал на T7 ssRNAP користи набор чија организација е споредена со обликот на десната рака со три поддомени наречени прсти, дланка и палец.[4] N-терминалот е помалку зачуван. Формира промотор-врзувачки домен (PBD) со спирални снопови во фагите ssRNAPs,[5] карактеристика што не се наоѓа во митохондријалните ssRNAPs.[6]
Поврзани протеини
уредиТ7 полимеразата е репрезентативен член на фамилијата RNAP (ssRNAP) зависна од ДНК со една подединица. Други членови вклучуваат РНК полимерази на фагот T3 и SP6, митохондријалната РНК полимераза (POLRMT) и хлоропластичната ssRNAP.[7][8] Семејството ssRNAP е структурно и еволутивно различно од семејството на повеќе подединици на РНК полимерази (вклучувајќи бактериски и еукариотски под-фамилии). За разлика од бактериските РНК полимерази, Т7 полимеразата не е инхибирана од антибиотикот рифампицин. Ова семејство е поврзано со реверзна транскриптаза со една подединица и со ДНК полимераза.[9]
Нанесување
уредиВо биотехнолошките апликации, T7 RNA полимеразата вообичаено се користи за транскрипција на ДНК што е клонирана во вектори кои имаат два (различни) фагни промотори (на пр., T7 и T3, или T7 и SP6) во спротивна ориентација. РНК може селективно да се синтетизира од која било нишка на вметната ДНК со различни полимерази. Ензимот е стимулиран од спермидин и ин витро активноста се зголемува со присуството на протеински носители (како што е BSA).[10][11]
Со овој систем може да се генерира хомогено означена едноверижна РНК. Транскриптите можат да бидат нерадиоактивно обележани со висока специфична активност и со одредени означени нуклеотиди.
Т7 РНК полимеразата се користи во синтезата на mRNA и sgRNA.[12]
Поврзано
уредиНаводи
уреди
- ↑ „T7 RNA Polymerase (20 U/µL)“. www.thermofisher.com (англиски). Посетено на 2023-01-19.
- ↑ 2,0 2,1 2,2 2,3 „Promoter specificity determinants of T7 RNA polymerase“. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 95 (2): 515–9. January 1998. Bibcode:1998PNAS...95..515R. doi:10.1073/pnas.95.2.515. PMC 1845. PMID 9435223.
- ↑ „Structure of a T7 RNA polymerase elongation complex at 2.9 A resolution“. Nature. 420 (6911): 43–50. November 2002. Bibcode:2002Natur.420...43T. doi:10.1038/nature01129. PMID 12422209.
- ↑ „Structure of the RNA-dependent RNA polymerase of poliovirus“. Structure. 5 (8): 1109–22. August 1997. doi:10.1016/S0969-2126(97)00261-X. PMID 9309225.
- ↑ „The structure of a transcribing T7 RNA polymerase in transition from initiation to elongation“. Science. 322 (5901): 553–7. October 2008. Bibcode:2008Sci...322..553D. doi:10.1126/science.1163433. PMC 2892258. PMID 18948533.
- ↑ „Structural Basis of Mitochondrial Transcription Initiation“. Cell. 171 (5): 1072–1081.e10. November 2017. doi:10.1016/j.cell.2017.10.036. PMC 6590061. PMID 29149603.
- ↑ „The phage RNA polymerases are related to DNA polymerases and reverse transcriptases“. Molecular Microbiology. 10 (1): 1–6. October 1993. doi:10.1111/j.1365-2958.1993.tb00897.x. PMID 7526118.
- ↑ „Mitochondrial and chloroplast phage-type RNA polymerases in Arabidopsis“. Science. 277 (5327): 809–11. August 1997. doi:10.1126/science.277.5327.809. PMID 9242608.
- ↑ „On the evolution of the single-subunit RNA polymerases“. Journal of Molecular Evolution. 45 (6): 671–81. December 1997. Bibcode:1997JMolE..45..671C. CiteSeerX 10.1.1.520.3555. doi:10.1007/PL00006271. PMID 9419244.
- ↑ „Characterization of T7-specific ribonucleic acid polymerase. 1. General properties of the enzymatic reaction and the template specificity of the enzyme“. The Journal of Biological Chemistry. 248 (6): 2235–44. March 1973. doi:10.1016/S0021-9258(19)44211-7. PMID 4570474.
- ↑ „Effects of solution conditions on the steady-state kinetics of initiation of transcription by T7 RNA polymerase“. Biochemistry. 33 (22): 6918–24. June 1994. doi:10.1021/bi00188a022. PMID 7911327.
- ↑ „T7 RNA Polymerase | NEB“. www.neb.com. Посетено на 2023-01-19.