Имитација на SWI
ISWI (I mitation SWI tch) е еден од петте главни комплексни типови или подфамилии за ремоделирање на ДНК хроматин, пронајдени во повеќето еукариотски организми.[1] Комплексите за ремоделирање на ISWI ги поставуваат нуклеозомите долж сегментите на ДНК во редовни интервали. Поставувањето на нуклеозомите од протеинските комплекси ISWI обично резултира со замолчување на ДНК бидејќи поставувањето на нуклеозомите спречувало транскрипција на ДНК.[2] ISWI, како и тесно поврзаната подфамилија SWI/SNF, е ремоделатор на хроматин зависен од АТП. Сепак, активностите за ремоделирање на хроматин на ISWI и SWI/SNF се различни и посредуваат во врзувањето на непреклопувачките групи на фактори за транскрипција на ДНК.[3]
Протеинот ISW1 е првата подединица на ATP- аза која е изолирана во фамилијата за ремоделирање на хроматин ISWI во мушичката Drosophila. Овој протеин претставува високо ниво на сличност со семејството за ремоделирање на хроматин SWI/SNF во доменот на ATP-аза. Надвор од доменот ATPase ISWI ја губи сличноста со членот на семејството SWI/SNF, поседувајќи SANT домен наместо бромодоменот. Протеинот ISWI може да комуницира со неколку протеини давајќи три различни комплекси за ремоделирање на хроматин во Drosophila melanogaster: NURF (фактор за ремоделирање на нуклеозомите), CHRAC (комплекс за ремоделирање и склопување на хроматин) и ACF (фактор за ремоделирање и склопување на хроматин што користи ATP).
Ин витро, протеинот ISWI сам може да собере нуклеозоми на линеарната ДНК и може да ги движи нуклеозомите на линеарната ДНК од центарот до екстремитетите. Внатре во комплексот CHRAC, ISWI ја катализира инверзната реакција, придвижувајќи ги нуклеозомите од екстремитетите кон центарот.[4]
Генерирање на јамки во dsDNA
уредиСтудија со единечна молекула користејќи микроскопија со атомска сила (AFM) и движење на врзани честички (TPM) забележала дека ISWI можела да врзе гола ДНК во отсуство на АТП, обвиткувајќи ја ДНК околу протеинот. Во присуство на АТП, протеинот генерирал ДНК јамки додека истовремено генерирал негативни супернамотки во шаблонот.[5] Првата слика во овој труд покажала три AFM слики од каде една ДНК во интеракција со ISWI е депонирана на површините на мика. Во центарот, еден ISWI бил врзан до крајот на шаблонот dsDNA. Десната слика покажала две ДНК јамки генерирани од ISWI. Овие јамки содржеле супернамотки. Студијата TPM наместо тоа покажала дека времетраењето на јамката формирана од ISWI е зависна од ATP.
Наводи
уреди- ↑ „ISWI chromatin remodeling: one primary actor or a coordinated effort?“. Current Opinion in Structural Biology. 24: 150–155. February 2014. doi:10.1016/j.sbi.2014.01.010. PMC 4332870. PMID 24561830.
- ↑ Sanders MF (2019). Genetic analysis : An Integrated Approach (англиски). John L. Bowman (3rd. изд.). NY NY. стр. 488. ISBN 978-0-13-460517-3. OCLC 1008959321.
- ↑ „Mammalian ISWI and SWI/SNF selectively mediate binding of distinct transcription factors“. Nature. 569 (7754): 136–140. May 2019. Bibcode:2019Natur.569..136B. doi:10.1038/s41586-019-1115-5. PMC 6522387. PMID 30996347.
- ↑ „Nucleosome movement by CHRAC and ISWI without disruption or trans-displacement of the histone octamer“. Cell. 97 (7): 843–852. June 1999. doi:10.1016/S0092-8674(00)80797-7. PMID 10399913.
- ↑ „ATP-dependent looping of DNA by ISWI“. Journal of Biophotonics. 1 (4): 280–286. September 2008. doi:10.1002/jbio.200810027. PMC 3428829. PMID 19343651.