Чи секвенца

Локација Чи или Чи секвенца е краток дел од ДНК во геномот на бактерија во близина на која е поверојатно да се случи хомолошка рекомбинација отколку во просек низ геномот. Чи секвенците служат како стимулатори за поправка на двојна нишка на ДНК кај бактериите, кои можат да произлезат од зрачење или хемиски третмани, или како резултат на кршење на репликација на ДНК за време на репликацијата на ДНК. Нуклеотидна низа на местото Чи е единствена за секоја група на тесно поврзани организми; во Ешерихија коли.

и други ентерични бактерии, како што е салмонела, јадрото секвенца е Насоченост5' -GCTGGTGG- 3' плус важни нуклеотиди околу 4 до 7 нуклеотиди на 3' страната на јадрената секвенца. Постоењето на места Чи првично било откриено во геномот на бактериофагот ламбда, вирус кој го инфицира Ешерихија коли

, но сега е познато дека се јавува околу 1000 пати во геномот на Ешехирија коли.

Чи секвенцата служи како сигнал до RecBCD хеликаза- нуклеаза која предизвикува голема промена во активностите на овој ензим. По средбата со Чи секвенцата додека ја одмотува ДНК, RecBCD ја пресекува ДНК неколку нуклеотиди на 3' страната на Чи, во рамките на важните секвенци наведени погоре; во зависност од условите на реакцијата, ова засекување е или обична штипка на праменот со 3' краеви или промена на активноста на нуклеазата од сечење на праменот со 3' до сечење на праменот со 5' краеви. Во секој случај, добиената 3' едноверижна ДНК (ssDNA) е врзана со повеќе молекули на протеинот RecA кои ја олеснуваат „инвазијата на жицата“, во која едната нишка од хомологната двоверижна ДНК е поместена од ssDNA поврзаната со RecA. Инвазијата на жиците формира заедничка ДНК молекула наречена Д-јамка. Се смета дека резолуцијата на Д-јамката се случува со репликација, применета со 3'-крајот генериран на Chi (во Д-јамката). Алтернативно, Д-јамката може да се претвори во Холидеј-спој со сечење на Д-јамката и втора размена на ДНК нишки; Холидеј-спојот може да се конвертира во линеарна дуплексна ДНК со сечење на Холидеј-спојот и врзување на резултантните прекари. Било кој тип на резолуција може да генерира рекомбинантна ДНК молекули ако двете ДНК кои се во интеракција се генетски различни, како и да ја поправат првично скршената ДНК.

Чи-секвенците понекогаш се нарекуваат „жешки точки на рекомбинација“. Името „Чи“ е кратенка од c. Во однос на Ешехирија коли фаг ламбда, терминот понекогаш се пишува како „χ-локалитет“, користејќи ја грчката буква чи ; за Ешехирија коли и други бактерии, терминот „Чи“ е соодветен.

Наводи

Амундсен СК, Шарп ЏВ, Смит ГР (2016) Мутантите на ензимот „Chi Recognition“ RecBCD ги препознаваат жариштата за рекомбинација на Чи во десниот контекст на ДНК. Генетика 204 (1): 139-52. PMID 27401752
Тејлор АФ, Амундсен СК, Смит ГР (2016) Неочекуваната ДНК контекст-зависност идентификува нова детерминанта на жариштата за рекомбинација на Чи. Nucleic Acids Res. 44 (17): 8216-28.PubMed (англиски)PMID 27330137
Смит ГР. (2012). Како RecBCD ензимот и Chi промовираат поправка и рекомбинација на прекин на ДНК: гледиште на молекуларен биолог. Microbiol Mol Biol Rev. 76 (2): 217-28.PubMed (англиски)PMID 22688812
Dillingham MS, Kowalczykowski SC. (2008). Ензимот RecBCD и поправка на двоверижна ДНК се распаѓа. Microbiol Mol Biol Rev. 72 (4): 642-671.PubMed (англиски)PMID 19052323
Амундсен СК, Тејлор АФ, Реди М, Смит ГР. (2007). Сигнализирање меѓу подединицата во ензимот RecBCD, комплексна протеинска машина регулирана со Чи жаришта. Genes Dev 21 (24): 3296-3307.PubMed (англиски)PMID 18079176
Стал ФВ. (2005). Чи: Мала секвенца контролира голем ензим. Генетика 170 (2): 487-493.PubMed (англиски)PMID 15980270

Надворешни врски

Интерактивна анимација на хомологна рекомбинација, онлајн уметничко дело од Trun N и Trempy J, Fundamental Bacterial Genetics .