Хаплотип-релативен-ризик

Методот на хаплотип-релативен ризик (HRR) е метод заснован на семејството за одредување на асоцијација на генски алели со болест во присуство на вистинска генетска поврзаност. Нуклеарните семејства со едно засегнато дете се земаат со користење на родителските хаплотипови кои не се пренесуваат како контрола. Иако е сличен на релативниот ризик на генотипот (RR), HRR обезбедува решение за проблемот на раслојување на населението само со земање примероци во рамките на семејното трио. Методот HRR првпат е предложен од Рубинштајн во 1981 година, потоа детален во 1987 година од Рубинштајн и Фалк и е важна алатка во студиите за генетска асоцијација.

Оригиналниот метод предложен од Фалк и Рубинстиен паднал под лупа во 1989 година, кога От ја покажал еквивалентноста на HRR со класичниот RR метод демонстрирајќи дека HRR важел само кога постоела нула шанса за рекомбинација помеѓу локусот на болеста и неговите маркери. Сепак, дури и кога факторот на рекомбинација за локус и неговите генетски маркери е >0, проценките за HRR се уште се поконзервативни од проценките на RR.

Додека методот HRR се покажал како ефикасно средство за избегнување на предрасуди на раслојување на популацијата, почесто се користел друг тест за асоцијација базиран на семејство познат како тест за нерамнотежа на преносот, или TDT. Некои истражувања ги користеле и HRR и TDT за нивната способност да се надополнувале еден со друг бидејќи едниот резултат можел да не даде никаква поврзаност додека другиот ќе дал. Позитивна асоцијација резултат и од TDT и од HRR значело дека имало силни докази дека постоела врска и обратно. На пример, и методите HRR и TDT се користени во студија која барала полиморфизам во D2 и D3 допаминските рецептори во врска со шизофренија и ниту еден не нашол докази за поврзаност, правејќи ја вистинската улога на тие гени во етиологијата на ментално растројството уште поневеројатна.

Пресметка

Овој модел претставува случај во кој постои единствен локус каде што сите генотипови може да доведат до изразување на алелот во неговата најпоедноставена дефиниција. Под овие параметри , нерамнотежа на поврзаноста од повеќе од 50% значи дека постои можна врска со генскиот алел и наследството.

$HRR={\frac {P_{1}}{1-P_{1}}}*{\frac {1-P_{2}}{P_{2}}}$

Дава HHR што може да се процени со

$HRR={\frac {a^{'}}{b^{'}}}*{\frac {d^{'}}{c^{'}}}$

a ^' ја означува набљудуваната фреквенција на деца кои се позитивни на генот алел H.

b ^' ја означува набљудуваната фреквенција на деца кои се негативни за генот алел H.

c ^' е набљудуваната фреквенција на семејства со најмалку еден пренесен родителски маркер алел H.

d ^' е набљудуваната фреквенција на семејства без пренесен родителски маркер алел H.

P ₁ е веројатноста дека ова дете е позитивно за алелот од интерес H.

P ₂ е веројатноста дека барем еден од непреносните родителски маркерски алели е еднаков на алелот од интерес H.

H е алел од интерес.