Хаплотип-релативен-ризик

Методот на хаплотип-релативен ризик (HRR) бил метод заснован на семејството за одредување на асоцијација на генски алели со болест во присуство на вистинска генетска поврзаност. Нуклеарните семејства со едно засегнато дете се земале со користење на родителските хаплотипови кои не се пренесувале како контрола. Иако бил сличен на релативниот ризик на генотипот (RR), HRR обезбедувал решение за проблемот на раслојување на населението само со земање примероци во рамките на семејните трио. Методот HRR првпат бил предложен од Рубинштајн во 1981 година, потоа детален во 1987 година од Рубинштајн и Фалк и бил важна алатка во студиите за генетска асоцијација.

Оригиналниот метод предложен од Фалк и Рубинстиен паднал под лупа во 1989 година, кога От ја покажал еквивалентноста на HRR со класичниот RR метод демонстрирајќи дека HRR важел само кога постоела нула шанса за рекомбинација помеѓу локусот на болеста и неговите маркери. Сепак, дури и кога факторот на рекомбинација за локус и неговите генетски маркери бил >0, проценките за HRR се уште биле поконзервативни од проценките на RR.

Додека методот HRR се покажал како ефикасно средство за избегнување на предрасуди на раслојување на популацијата, почесто се користел друг тест за асоцијација базиран на семејство познат како тест за нерамнотежа на преносот, или TDT. Некои истражувања ги користеле и HRR и TDT за нивната способност да се надополнувале еден со друг бидејќи едниот резултат можел да не даде никаква поврзаност додека другиот ќе дал. Позитивна асоцијација резултат и од TDT и од HRR значело дека имало силни докази дека постоела врска и обратно. На пример, и методите HRR и TDT биле користени во студија која барала полиморфизам во D2 и D3 допаминските рецептори во врска со шизофренија и ниту еден не најдол докази за поврзаност, правејќи вистинска улога на тие гени во етиологијата на менталниот растројството било уште поневеројатно.

Пресметка

Овој модел претставувал случај во кој постои единствен локус каде што сите генотипови можеле да доведат до изразување на алелот во неговата најпоедноставена дефиниција. Под овие параметри , нерамнотежа на поврзаноста од повеќе од 50% значела дека постоела можна врска со генскиот алел и наследството.

$HRR={\frac {P_{1}}{1-P_{1}}}*{\frac {1-P_{2}}{P_{2}}}$

Давало HHR што можело да се процени со

$HRR={\frac {a^{'}}{b^{'}}}*{\frac {d^{'}}{c^{'}}}$

a ^' ја означувала набљудуваната фреквенција на деца кои биле позитивни на генот алел H.

b ^' ја означувала набљудуваната фреквенција на деца кои биле негативни за генот алел H.

c ^' била набљудуваната фреквенција на семејства со најмалку еден пренесен родителски маркер алел H.

d ^' била набљудуваната фреквенција на семејства без пренесен родителски маркер алел H.

P ₁ била веројатноста дека ова дете било позитивно за алелот од интерес H.

P ₂ била веројатноста дека барем еден од непреносните родителски маркерски алели бил еднаков на алелот од интерес H.

H бил алел од интерес.