Предвидување на структурата на белковините: Разлика помеѓу преработките
| [проверена преработка] | [проверена преработка] |
Избришана содржина Додадена содржина
с Јазична исправка, replaced: секвенца → низа (18), секвенци → низи (44), Секвенци → Низи, низионирање → секвенционирање, низиска → низна (3) |
с →Термини кои се користат за класификација на белковинските структури и низи: Јазична исправка, replaced: атрикс → атрица (3) |
||
Ред 38:
'''Склоп''' е тип на архитектура која има сочувана структура и на петелките.
'''Блок''' е сочувана шема на аминокиселинска низа во семејство на белковини. Шемата вклучува серија на можни совпаѓања на секоја позиција во претставените низи, но нема вметнати или избришани позиции (вметнувања или бришења) во шемата или во низите. Спротивно на тоа, низните профили се тип на бодувачка
'''Класа''' е термин кој се користи за класификација на белковинските домени според нивната содржина на вторични структури и организацијата. Левит и Чотиа (1976) првично навеле четири класи, а подоцна биле додадени уште неколку други во SCOP базата на податоци. CATH базата на податоци наведува три класи: доминантно-α, доминантно-β и α–β класи, со тоа што α–β класата ги вклучува α/β и α+β структурите.
Ред 64:
[[Структурен мотив|'''Мотив''']] (во контекст на структура) е комбинација на неколку елементи на вторичната структура создадени со склопување на соседни делови од полипептидниот синџир во специфична тридимензионална конфигурација. Еден пример е мотивот завојница-петелка-завојница. Структурните мотиви се нарекуваат и супервторични структури и склопови.
'''Матрица за бодување специфична за позиција''' (во контекст на низа) претставува сочуван регион во повеќекратно порамнување на низи без празнини. Секоја
'''Матрица за бодување специфична за позиција—3D''' (во контекст на структура) претставува аминокиселинската варијација во порамнувањето на белковините кои спаѓаат во истата структурна класа.
'''[[Првична структура на белковините|Првична структура]]''' е линеарната аминокиселинска низа на белковината, која од хемиска гледна точка е полипептидна низа составена од аминокиселини врзани со пептидни врски.
'''Профил''' (во контекст на низа) е бодувачка матрица која претставува повеќекратно порамнување на низите на семејство на белковини. Профилот обично се добива од добро сочуван регион во повеќекратното порамнување. Профилот е во форма на матрица, каде секоја колона претставува позиција во порамнувањето, а секој ред е една од аминокиселините.
'''Профил''' (во контекст на структура) е бодувачка матрица која претставува кои аминокиселини треба добро да се вклопат и кои треба да се вклопат лошо во низни позиции на позната белковинска структура. Колоните на профилот претставуваат низни позиции во структурата, а редовите на профилот ги претставуваат 20-те аминокиселини. Како и со низниот профил, структурниот профил се поместува по целната низа за да го пронајде највисокиот можен бод за порамнување, со алгоритам за динамичко програмирање. Празнините може да бидат вклучени и добиваат казнени бодови. Резултирачката оцена дава индикација за тоа дали целната белковина може да има таква структура или не.
| |||