Нидлман–Вуншов алгоритам: Разлика помеѓу преработките

[проверена преработка][проверена преработка]
Избришана содржина Додадена содржина
с →‎Избор на систем за бодување: Јазично подобрување, replaced: инсерција → вметнување
с Јазично подобрување, replaced: делеции → бришења (2)
Ред 437:
|1
|}
Секој бод претставува префрлување од една од буквите која ќелијата ја порамнува со другата. На тој начин, ова ги претставува сите можни совпаѓања и делециибришења (за азбука составена од буквите ACGT). Забележете дека сите совпаѓања се наоѓаат по должина на дијагоналата, а, исто така, дека не треба да биде пополнета целата табела, само еден триаголник, бидејќи резултатите се реципрочни. = (Бодот за A → C = Бодот за C → A). Ако го спроведувате правилото Т-Т = 4 од горе, се добива следната матрица на сличност:
{| class="wikitable" style="font-family: monospace; font-size: 150%;" cellpadding="2"
! scope="col" |
Ред 475:
 
=== Казнени бодови за празнина ===
При порамнувањето на секвенци, често се јавуваат празнини (т.е. индели), кои понекогаш можат да бидат доста големи. Од биолошка гледна точка, поголема е веројатноста да една поголема празнина се јави како резултат на една голема делеција, а не како резултат на повеќе мали делециибришења. Затоа, два мали индела треба да имаат полош бод од еден голем индел. Наједноставниот и најчестиот начин да се направи ова е преку голем бод за нов индел и помал бод за продолжување на празнина за секоја буква која го продолжува инделот. На пример, нов индел може да чини -5 бода, а продолжување на индел може да чини -1 бод. На овој начин порамнувањето, како што е:
GAAAAAAT
G--A-A-T