Предвидување на структурата на белковините: Разлика помеѓу преработките

[проверена преработка][проверена преработка]
Избришана содржина Додадена содржина
Ред 42:
'''Класа''' е термин кој се користи за класификација на белковинските домени според нивната содржина на секундарни структури и организацијата. Левит и Чотиа (1976) првично навеле четири класи, а подоцна биле додадени уште неколку други во SCOP базата на податоци. CATH базата на податоци наведува три класи: доминантно-α, доминантно-β и α–β класи, со тоа што α–β класата ги вклучува α/β и α+β структурите.
 
'''Јадро''' е дел од склопената протеинска молекула кое се состои од хидрофобна внатрешност на α-завојницаи и β-плочи. Оваа компактна структура ги доведува страничните групи на аминокиселините доволно блиску, така што тие можат да стапуваат во интеракција. Кога се споредуваат структурите на протеините, како што се врши во базата на податоци SCOP, јадрото е регионот кој е заеднички за повеќето структури кои имаат заеднички склоп или кои припаѓаат на истатаистото суперфамилијанатсемејство. Во предвидувањето на структурата, јадрото понекогаш се дефинира како распоредот на секундарните структури кои најверојатно е сочуван за време на еволутивната промена.
 
'''[[Белковински домен|Домен]]''' (во контекст на секвенци) е сегмент од полипептидниот синџир кој може да се склопи во тродимензионална структура без оглед на присуството на други сегменти од синџирот. Посебните домени на даден протеин може да стапуваат екстензивно во интеракција или може да бидат споени преку краток дел од полипептидниот синџир. Протеин со неколку домени (мултидоменски протеин) може да ги користи овие домени за функционални интеракции со различни молекули.
Ред 78:
[[Секундарна структура на белковините|'''Секундарна структура''']] се интеракциите кои се одвиваат помеѓу C, O, и NH групите на аминокиселините во полипептидниот синџир за да формираат α-завојницаи, β-плочи, свиоци, петелки и други форми, и кои го олеснуваат склопувањето во тродимензионална структура.
 
[[Белковинско натсемејство|'''Натсемејство''']] е група на белковински фамилиисемејства кои имаат мала но детектибилна сличност во секвенците. Припадниците на еднаедно суперфамилијанатсемејство имаат заедничко еволутивно потекло. Протеини со неколку идентитети во порамнувањето на секвенците, но со заеднички број на структурни и функционални карактеристики се класифицирани во истатаистото суперфамилијанатсемејство. На ниво на тродимензионална структура, протеините од истаисто суперфамилијанатсемејство споделуваат заеднички структурни карактеристики, како што е заеднички склоп, но може да имаат разлики во бројот и распоредот на секундарните структури. PIR ресурсот го користи терминот хомеоморфни натсемејства за оние натсемејства кои се составени од секвенци кои можат да бидат порамнети од крај до крај, што претставува споделување на единечен секвенциски хомологен домен, регион на сличност кој се протега низ целото порамнување. Овој домен, исто така, може да содржи помали хомологни домени кои се споделуваат со други белковински фамилиисемејства и натсемејства. Иако дадена белковинска секвенца може да содржи домени кои се наоѓаат во неколку натсемејства, што укажува на комплексна еволутивна историја, секвенците ќе бидат доделени само на една хомеоморфнахомеоморфно суперфамилијанатсемејство врз основа на присуството на сличност низ повеќекратното порамнување на секвенци. Порамнувањето кај натсемејствате може да вклучува региони кои не се порамнуваат ниту во средината ниту на краевите на порамнувањето. Спротивно на тоа, секвенците во рамките на иста фамилија добро се порамнуваат по целата должина.
 
'''Суперсекундарна структура''' е термин кој има слично значење со терминот структурен мотив.<ref name="Mount"/>