Прашумата била формирана за време на [[Еоцен|еоценската ера]] како резултат на глобалното опаѓање на тропските температури кога [[Атлантски Океан|Атлантскиот Океан]] се прошири доволно за да обезбеди топла и влажна клима во Амазонскиот басен. Тропската шума постои најмалку 55 милиони години. Претходно, биотопот на регионот бил тип на [[савана]]. По завршувањето на [[креда]]-[[терцијар]]<nowiki/>от, пред 65 милиони години, исчезнувањето на диносаурусите и повлажната клима овозможиле тропската шума да се развие низ целиот континент. За време на [[олигоцен]]от, шумата се протегала на релативно тесен појас, главно сместен над напоредникот 15 ° северно. Таа постепено се проширувала за време на средниот [[миоцен]], пред повторно да се намали за време на последното [[Ледено време|ледено доба]]. Сепак во текот на целиот тој долг период, се развил и преживеал голем диверзитет на видови. Постојат докази дека имало значителни промени во вегетацијата на дождовната шума во Амазон во текот на последните 21.000 години во тек на последното ледено доба и последователното размрзнување. Анализите на [[Седиментна карпа|седиментарните депозити]] покажуваат дека врнежите во басенот за време на леденото доба биле пониски отколку во сегашноста, а тоа речиси сигурно се поврзувало со намалената влажна [[Тропска дождовна шума|тропска вегетациска покривка]] во басенот. Меѓутоа, постои дебата околу тоа колку широко било ова намалување. Некои научници тврдат дека [[Дождовна шума|дождовната шума]] била сведена на мала, изолирана рефугија одделена од отворена шума и тревни површини други научници тврдат дека прашумата останала во голема мера недопрена, но не се ширела многу кон север, југ и исток како што се гледа денес.
