Предвидување на структурата на белковините: Разлика помеѓу преработките

[проверена преработка][проверена преработка]
Избришана содржина Додадена содржина
→‎Надворешни врски: clean up, replaced: листа на → список на using AWB
Ред 30:
 
=== Термини кои се користат за класификација на белковинските структури и секвенци ===
Најчесто користените термини за еволутивни и структурни односи помеѓу протеините се наведени подолу. Разни дополнителни термини се користат за различни видови на структурни карактеристики кои се среќаваат кај протеините. Описи на такви термини можат да се најде на [[CATH]] веб-сајтотмрежното место, [[структурна класификација на белковините]] (SCOP) веб-сајтотмрежното место, и Glaxo-Wellcome туторијалот на Swiss bioinformatics Expasy веб-сајтотмрежното место.
 
'''[[Активно место]]''' е локализирана комбинација на аминокиселински странични групи во рамките на [[Терцијарна структура на белковините|терцијарната]] (тродимензионална) или [[Квартерна структура на белковините|квартерна]] (протеинска подединица) структура која може да стапува во интеракција со хемиски специфичен [[супстрат]] и која ја дава биолошката активност на протеинот. Протеините со многу различни аминокиселински секвенци може да се склопат во структура со исто активно место.
Ред 52:
Со 50% идентична секвенца, протеините имаат иста тродимензионална структура, а идентичните атоми во порамнувањето на секвенците би се поклопиле за приближно 1 Å во структурниот модел. На тој начин, ако структурата на еден член од фамилијата е позната, може да се направи веродостојно предвидување на структурата на втор член на истата фамилија. Што е поголема идентичноста во секвенцата, тоа е поверодостојно предвидувањето на структурата.
 
'''Фамилија''' (во контекст на структура) е, како што се користи во FSSP базата на податоци (од анг. Families of Structurally Similar Proteins - Фамилии на структурно слични белковини) и на DALI/FSSP веб-сајтотмрежното место, две структури кои имаат значително ниво на структурна сличност, но не мора да имаат значителна сличност во секвенците.
 
'''Склопот''' е сличен на структурниот мотив, вклучува поголема комбинација на единици на секундарната структура во истата конфигурација. На тој начин, протеините кои го споделуваат истиот склоп имаат иста комбинација на секундарни структури кои се поврзани со слични петелки. Еден пример е [[Розманов склоп|Розмановиот склоп]], кој се состои од неколку наизменични α-хеликси и паралелни β-нишки. Во базите на податоци SCOP, CATH и FSSP, познатите протеински структури се класифицирани во хиерархиски нивоа на структурна комплексност, каде склопот е основното ниво на класификација.