Џонс пристигнал во Академијата на [[ФК Блекбурн Роверс|Блекбурн]] во 2002 година. Тој бил префрлен во првиот тим на [[ФК Блекбурн Роверс|Роверс]] пред почетокот на сезоната 2009-2010 во [[Премиер лига]]та,откако потпишал двегодишен професионален договор и го зел дресот со број 28. Тој дебитирал за [[ФК Блекбурн Роверс|Блекбурн Роверс]] во официјален натпревар на 22-ри септември 2009 против [[Нотингем Форест]] во [[Лига Куп]]от. Во фебруарифевруари 2010 тој потпишал нов договор,сега на пет години со излезна клаузула од 16 милиони фунти.Џонс својот прв старт во [[Премиер лига]]та го имал на 21 март 2010 во ремито на [[ФК Блекбурн Роверс|Блекбурн]] против [[Челзи]] на [[Ивуд Парк]]. Сезоната 2009-2010 тој ја завршил со 9 настапи во лигата.Наредната сезона почнала доста амбициозно за Фил откако тој се најде во стартниот состав на [[ФК Блекбурн Роверс|Роверси]] на отворањето на сезоната против [[ФК Евертон|Евертон]].Тој играше и во катастрофата на неговиот тим на [[Олд Трафорд]] каде [[ФК Манчестер Јунајтед|Манчестер Јунајтед]] го победи [[ФК Блекбурн Роверс|Блекбурн]] со 7:1. Џонс и при тој резултат се однесувал многу пристојно и се борел докрај за секоја топка спречувајќи ги напаѓачите на [[ФК Манчестер Јунајтед|Манчестер Јунајтед]] да постигнат уште голови. Со таа своја борбеност тој го имресионирал менаџерот на Јунајтед [[Алекс Фергусон|Сер Алекс Фергусон]] кој сакал да го доведе во јануари, но трансферот не успеал. Сепак во продолжението од сезоната Џонс неуспеал во целост да ги покаже својте квалитети бидејќи се соочил со тешка повреда. Тој ги скинал лигаментите на коленото во декември во натпреварот против [[ФК Вест Хем Јунајтед|Вест Хем Јунајтед]] поради што го морал да пропушти поголемиот дел од сезоната, а по некој првични проценки се сметало дека сезоната за него ќе биде завршена. Сепак, тој се вратил во тимот кон крајот на март во ремито 2-2 против [[ФК Блекпул|Блекпул]]. Со својата одлична игра во одбрана тој му помагнал на својот тим да опстане во лигата во сезоната 2010-2011.
