Стогово е млада верижна планина која настанала за време на алпската орогенеза.<ref name=aleksandarstojmilov1>{{цитирана книга|last= Стојмилов|first=Александар|title=Географија на Република Македонија|language=македонски|publisher=Универзитет за туризам и менаџмент |year=2011|pages=64}}</ref> Во геолошкиот состав се сретнуваат филитоиди, зелени шкрилци, карбонати, глинци, рожнаци и сл.<ref name="aleksandarstojmilov" /> За време на плеистоценот планината Стогово била зафатена со глацијација и денеска на неа се јавува глацијаленледнички (леднички) релјеф како циркови, валови и морени.<ref name="aleksandarstojmilov" /> Во цирковите се јавуваат три леднички езера: Горно и Долно Езеро и езерото Маруша.<ref name="aleksandarstojmilov" /> Застапеноста на флората е „по катови“ односно во подножјето се застапени листопадните букови и дабови шуми, кон врвот тие се заменети со боровите зимзелени шуми, а самите каменести врвови се опкружени со високотревнати [[пасишта]] познати под името „алпски пасишта“. Бројни пасишта и бачила има на зарамнетото било на планината наречено Голема и Мала Мегданица која е опркужена со врвовите Голем Рид на запад, Бабин Срт на југ и Стогово на исток. Во [[2012]] година, на источните падини на Стогово во [[Кичевско]] во два наврати биле пронајдени единки на [[рис]], во рамки на истражувањето на рисовите во [[Македонија]].<ref name="Нова Македонија">{{наведена мрежна страница|url= http://novamakedonija.com.mk/DetalNewsInstant.asp?vestInstant=10246|title=Фатен третиот рис на планината Стогово|date=2 ноември 2012 |publisher=[[Нова Македонија]]|accessdate=9 септември 2015|location=Скопје}}</ref>
