Покрај големиот број публикации, манифестации и соаработкисоработки со странство, од МАНУ произлегоа неколку контроверзни проекти, како што се: „МАНУ за платформата за решавање на албанското национално прашање“, „За конструкцијата 'Размена на територии'“ и „Македонската енциклопедија“ во два тома.<ref>{{Наведена мрежна страница|url=http://manu.edu.mk/%d1%81%d0%b2%d0%b5%d1%82%d0%bb%d0%b8%d0%bd%d0%b8-%d0%b8-%d1%81%d0%b5%d0%bd%d0%ba%d0%b8/|title=Светлини и сенки – МАНУ|language=en-US|accessdate=2019-01-08}}</ref> Исто така, за работата на МАНУ се реагираше дека „МАНУ да се ослободи од политички канџи“,<ref>{{Наведена мрежна страница|url=https://www.slobodnaevropa.mk/a/24734773.html|title=МАНУ да се ослободи од политички канџи|work=Радио Слободна Европа|language=mk|accessdate=2019-01-08}}</ref> немањето став за повеќе прашања од општествен, културен и политички карактер,<ref>{{Наведена мрежна страница|url=https://www.libertas.mk/svedoshtvo-za-molkot-na-ukim-i-manu/|title=Сведоштво за молкот на УКИМ и МАНУ|date=2016-05-06|work=Либертас|language=en-US|accessdate=2019-01-08}}</ref><ref>{{Наведена мрежна страница|url=https://www.mkd.mk/makedonija/politika/gospodine-kambovski-kako-da-ste-od-druga-planeta|title=Господине Камбовски, како да сте од друга планета!|work=МКД.мк|language=mk|accessdate=2019-01-08}}</ref> непримањето на помлади членови<ref>{{Наведена мрежна страница|url=https://www.slobodnaevropa.mk/a/24734773.html|title=МАНУ да се ослободи од политички канџи|work=Радио Слободна Европа|language=mk|accessdate=2019-01-08}}</ref> и менувањето на ставот на претседателот на Академијата во однос на македонското име и идентитет, со изјавата дека договорот со Грција не е добар но дека е нужно зло“.<ref>{{Наведена мрежна страница|url=https://vecer.mk/makedonija/bunt-vo-manu-akademici-baraat-sostanok-za-imeto-taki-fiti-i-kambovski-gi-ignoriraat|title=Бунт во МАНУ, академици бараат состанок за името, Таки Фити и Камбовски ги игнорираат|work=Вечер|language=mk|accessdate=2019-01-08}}</ref><ref>{{Наведена мрежна страница|url=https://vesnik.com/makedonija/bunt-vo-manu-akademici-baraat-sostanok-za-imeto-taki-fiti-i-kambovski-gi-ignoriraat|title=Бунт во МАНУ, академици бараат состанок за името, Таки Фити и Камбовски ги игнорираат|work=Vesnik.com|language=mk|accessdate=2019-01-08}}</ref>
