Уве Зелер започнал како играч на [[ФК ХамбургерХамбург]], наследник на неговиот татко [[Ервин Зелер]]. Дебитирал за првиот тим на Хамбургер со само 16 години во 1953 година на натпреварот против Гетинген. Бил познат по атрактивните голови, како и по добрата игра со глава имајќи висина од само 169 центиметри. Во [[Бундеслига на Германија во фудбал|Бундеслига]] постигнал 137 голови на 239 натпревари, а во европските клупски натпреварувања постигнал 21 голови во само 29 натпревари. Со наговиот клуб го освоил првенството на Германија во 1960 година и [[Куп на Германија во фудбал|Куп на Германија]] во 1963 година. Со 30 голови бил је најдобар стрелец во првата сезона во Бундеслига 1963/64, а 3 пати бил прогласуван за најдобар играч на Германија: 1960, 1964 и 1970. Сезоната 1960/61 година заедно со својот брат [[Дитер Зелер|Дитер]], кој је исто така играл во Хамбург, стигнал до полуфиналето на [[Лига шампиони во 1960/61|Лигана шампиони]] каде Хамбург испаднал од [[ФК Барселона|Барселона]]. Сезоната 1967/68 стигнал до финалето [[Куп на победниците во фудбал 1967/68|Куп на победници на куповите]] каде Хамбург изгубил од [[ФК Милан|Милан]].
