Бактерии: Разлика помеѓу преработките

'''Бактериите''' се голем [[Домен (биологија)|домен]] на [[Прокариоти|прокариотски]] [[Микроорганизам|микроорганизми]]. Типично се неколку микрометри во должина и се среќаваат во голем број на облици, вклучувајќи сфери, стапчиња и спирали. Бактериите се едни од најстарите животни форми на [[Земја (планета)|планетата]] и може да се најдат во скоро сите [[Хабитат|хабитати]]. Тие ги населуваат [[Океан|океаните]], [[Копно|копното]], [[врели извори|врелите извори]], екстремно кисели води и [[Радиоактивен отпад|радиоактивни отпади]],<ref>{{Наведено списание|last=Fredrickson|first=James K.|last2=Zachara|first2=John M.|last3=Balkwill|first3=David L.|last4=Kennedy|first4=David|last5=Li|first5=Shu-mei W.|last6=Kostandarithes|first6=Heather M.|last7=Daly|first7=Michael J.|last8=Romine|first8=Margaret F.|last9=Brockman|first9=Fred J.|date=2004-07-01|title=Geomicrobiology of High-Level Nuclear Waste-Contaminated Vadose Sediments at the Hanford Site, Washington State|url=http://aem.asm.org/content/70/7/4230|journal=Applied and Environmental Microbiology|language=en|volume=70|issue=7|pages=4230–4241|doi=10.1128/AEM.70.7.4230-4241.2004|issn=0099-2240|pmid=15240306}}</ref> а може да се најдат дури и на големите длабочини на [[Земјина кора|земјината кора]]. Тие исто така живеат во сложените повеќеклеточни организми како што се [[Животно|животните]] и [[Растенија|растенијата]], а со нив формираат [[Симбиоза|симбиотски]] или [[Паразитизам|паразитски]] односи. Повеќето бактерии се уште не се карактеризирани, а само околу половина од сите бактериски [[Колено|колена]] имаат [[Вид (биологија)|видови]] кои може да се одгледуваат[[Култивација|култивираат]] во лабораторија.<ref>{{Наведено списание|last=Rappé|first=Michael S.|last2=Giovannoni|first2=Stephen J.|date=2003-10-01|title=The Uncultured Microbial Majority|url=http://www.annualreviews.org/doi/10.1146/annurev.micro.57.030502.090759|journal=Annual Review of Microbiology|volume=57|issue=1|pages=369–394|doi=10.1146/annurev.micro.57.030502.090759|issn=0066-4227}}</ref> Науката за бактерии се нарекува [[бактериологија]] и претставува гранка на [[Микробиологија|микробиологијата]].

Во еден грам [[почва]] има околу 40 милиони бактериски [[Клетка|клетки]], а во милилитар слатка вода има околу милион бактериски клетки. На [[Земја (планета)|планетата Земја]] има околу 5×10³⁰ бактерии.<ref>{{Наведено списание|last=Whitman|first=William B.|last2=Coleman|first2=David C.|last3=Wiebe|first3=William J.|date=1998-06-09|title=Prokaryotes: The unseen majority|url=http://www.pnas.org/content/95/12/6578|journal=Proceedings of the National Academy of Sciences|language=en|volume=95|issue=12|pages=6578–6583|issn=0027-8424|pmid=9618454}}</ref> Ова формира бактериска [[биомаса]] која е поголема од растителната и животинската биомаса заедно.<ref>{{Наведена мрежна страница|url=https://web.archive.org/web/20110511132823/http://www.eoearth.org/article/Bacteria?topic=49480|title=Bacteria|date=2011-05-11|accessdate=2018-01-13}}</ref> Бактериите се неопходни за многу фази од [[Циклус на нутриенси|циклусот на нутриенсите]] во [[Биосфера|биосферата]], како што есе врзувањето на [[Јаглерод|јаглеродот]] и [[Азот|азотот]] од [[Атмосфера|атмосферата]]. Циклусот на нутриенсите исто така вклучува разградување на телата на мртвите организми, а бактериите се најодговорни за фазата на [[Путрефикација|путрефикацијата]] на овој процес.<ref>{{Наведена книга|url=http://www.crcnetbase.com/doi/10.1201/9781420069921.ch8|title=Decomposition Chemistry in a Burial Environment|last=Forbes|first=Shari|pages=203–223|language=en|doi=10.1201/9781420069921.ch8}}</ref> Во биолошките заедници кои живеат околу [[Хидротермални извори|хидротермалните извори]] или [[Студени извори|студените извори]], [[Екстремофили|екстремофилните бактерии]] ги обезбедуваат виталните нутриенси кои се неопходни да се одржи животот во овие средини; како што е искористувањето на [[метан]] и [[сулфурводород]] за продукција на [[енергија]]. Во 2013 година беше објавена студија според која бактериите може да живеат во [[Маријански ров|Маријанскиот ров]], кој се наоѓа на длабочина од 11 километри, што е најдлабокиот познат регион на [[Океан|океаните]].<ref>{{Наведени вести|url=https://www.livescience.com/27954-microbes-mariana-trench.html|title=Microbes Thrive in Deepest Spot on Earth|work=Live Science|access-date=2018-01-13}}</ref><ref>{{Наведено списание|last=Glud|first=Ronnie N.|last2=Wenzhöfer|first2=Frank|last3=Middelboe|first3=Mathias|last4=Oguri|first4=Kazumasa|last5=Turnewitsch|first5=Robert|last6=Canfield|first6=Donald E.|last7=Kitazato|first7=Hiroshi|date=2013/04|title=High rates of microbial carbon turnover in sediments in the deepest oceanic trench on Earth|url=https://www.nature.com/articles/ngeo1773|journal=Nature Geoscience|language=En|volume=6|issue=4|pages=284–288|doi=10.1038/ngeo1773|issn=1752-0908}}</ref> Други истражувачи објавија резултати според кои бактериите може да живеат внатре во карпи кои се наоѓаат 580 метри под морското дно.<ref>{{Наведени вести|url=https://www.livescience.com/27899-ocean-subsurface-ecosystem-found.html|title=Intraterrestrials: Life Thrives in Ocean Floor|work=Live Science|access-date=2018-01-13}}</ref> Верувањето дека бактериските клетки во човековото тело се побројни од човечките клетки во однос 10:1 е побиено. Има околу 39 трилиони бактериски клетки во [[Микрофлора|човековата микрофлора]] при што како стандард се зема маж со 170 сантиметри висина и 70 килограми телесна тежина, додека вкупниот број на човековите клетки е околу 30 трилиони. Ова значи дека иако бактериските клетки се побројни, тие се побројни за 30%, а не за 900% во однос на човековите клетки.<ref>{{Наведено списание|last=Sender|first=Ron|last2=Fuchs|first2=Shai|last3=Milo|first3=Ron|date=2016-01-06|title=Revised estimates for the number of human and bacteria cells in the body|url=https://www.biorxiv.org/content/early/2016/01/06/036103|journal=bioRxiv|language=en|pages=036103|doi=10.1101/036103}}</ref> Најголемиот број на бактериски клетки кај човекот се наоѓаат во [[Цревна флора|цревната флора]], а втори по бројност се бактериите на [[Кожа|кожата]].<ref>{{Наведено списание|date=2005-10-01|title=A dynamic partnership: Celebrating our gut flora|url=https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1075996405000685|journal=Anaerobe|volume=11|issue=5|pages=247–251|doi=10.1016/j.anaerobe.2005.05.001|issn=1075-9964}}</ref> Најголемиот дел на бактериите кои живеат во човековото тело се сосема безопасни, а тие што живеат во цревната флора се дури и многу корисни. Меѓутоа неколку видови на бактерии се [[Патоген|патогени]] и предизвикуваат [[Инфективни заболувања предизвикани од бактерии|инфективни заболувања]] како што се: [[Чума (болест)|чума]], [[лепра]], [[антракс]], [[сифилис]], [[колера]], [[туберкулоза]] итн. Најсмртоносните бактериски заболувања се [[Респираторни инфекции|респираторните инфекции]] од кои на прво место е туберкулозата која убива околу 2 милиона луѓе годишно главно во [[потсахарска Африка]].<ref>{{Наведена мрежна страница|url=http://www.who.int/healthinfo/bodgbd2002revised/en/|title=WHO {{!}}|work=www.who.int|accessdate=2018-01-13}}</ref> Во [[Развиени земји|развиените земји]] за третман на [[Инфективни заболувања предизвикани од бактерии|бактериските инфекции]] често се користат [[антибиотици]] кои исто така се употребуваат и во [[Сточарство|сточарството]] поради што резистенцијата након антибиотици е во пораст. Во [[Индустрија|индустријата]] бактериите се користат за третман на отпадни води, за разградување на истурена [[нафта]], во [[Прехранбена индустрија|прехрамбената индустрија]] за производство на [[јогурт]] и [[сирење]], во [[Метална индустрија|металната индустрија]], како и во [[Биотехнологија|биотехнологијата]] за производство на антибиотици и други хемикалии.<ref>{{Наведени вести|url=https://www.sciencedaily.com/releases/2010/09/100901191137.htm|title=Metal-mining bacteria are green chemists|work=ScienceDaily|access-date=2018-01-13|language=en}}</ref> <ref>{{Наведено списание|date=2005-04-01|title=Whole organism biocatalysis|url=https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1367593105000165|journal=Current Opinion in Chemical Biology|volume=9|issue=2|pages=174–180|doi=10.1016/j.cbpa.2005.02.001|issn=1367-5931}}</ref>

Порано бактериите се сметаа за [[растенија]] и се класифицираа во [[Класа (биологија)|класата]] ''Schizomycetes.'' Денес бактериите се класифицираат како прокариотски организми кои за разлика од животинските, растителните и другите [[Еукариоти|еукариотски организми]] не поседуваат [[клеточно јадро]] и немаат [[Органела|мембрански органели]]. Иако традиционално терминот "бактерии" се користеше за сите прокариоти, научната класификација се промени одсо почетокот на деведесетите години од дваесетиот век, по откритието дека [[Археи|археите]] се посебна група на прокариоти кои заедно со бактериите еволуирале од заеднички предок. Денес бактериите и археите се класифицирани во два одделни [[Домен (биологија)|домени]] на животот, а третиот го чинат еукариотите.<ref name=":5">{{Наведено списание|last=Woese|first=C. R.|last2=Kandler|first2=O.|last3=Wheelis|first3=M. L.|date=1990-06-01|title=Towards a natural system of organisms: proposal for the domains Archaea, Bacteria, and Eucarya.|url=http://www.pnas.org/content/87/12/4576|journal=Proceedings of the National Academy of Sciences|language=en|volume=87|issue=12|pages=4576–4579|doi=10.1073/pnas.87.12.4576|issn=0027-8424|pmid=2112744}}</ref>

βακτηρ-ία|work=www.perseus.tufts.edu|accessdate=2018-01-13}}</ref> бидејќи првите видови кои биле откриени имале стапчеста форма.<ref>{{Наведена мрежна страница|url=https://www.etymonline.com/word/bacteria|title=bacteria {{!}} Origin and meaning of bacteria by Online Etymology Dictionary|work=www.etymonline.com|language=en|accessdate=2018-01-13}}</ref>

Предокот на денешните бактерии бил [[Едноклеточен организам|едноклеточен]] [[микроорганизам]] и бил еден од првите живи форми кои се појавиле на Земјата пред околу 4 билиони години. Во следните 3 билиони години доминантидоминантните живи организми на Земјата биле едноставни [[прокариоти]] како што се денес бактериите и [[Археи|археите]].<ref>{{Наведено списание|last=Schopf|first=J. W.|date=1994-07-19|title=Disparate rates, differing fates: tempo and mode of evolution changed from the Precambrian to the Phanerozoic|url=http://www.pnas.org/content/91/15/6735|journal=Proceedings of the National Academy of Sciences|language=en|volume=91|issue=15|pages=6735–6742|issn=0027-8424|pmid=8041691}}</ref><ref>{{Наведено списание|last=DeLong|first=Edward F.|last2=Pace|first2=Norman R.|date=2001-08-01|title=Environmental Diversity of Bacteria and Archaea|url=http://www.ingentaconnect.com/content/tandf/usyb/2001/00000050/00000004/art00003?token=00621767838181a3f582f206d3f6a4b4b6e6e42576b39272c5f7b3d6d383a4b3b25706e7b6c7a3f7b425720665d1d99334|journal=Systematic Biology|volume=50|issue=4|pages=470–478|doi=10.1080/10635150118513}}</ref> Иако постојат бактериски фосили од [[Архаик|архајскиот период]], како што се [[Строматолит|строматолитите]], недостатокот на одредена [[Морфологија (биологија)|морфологија]] оневозможува тие да се искористат за проучување на историјата на бактериската [[еволуција]], или да се прецизира времето на потекло на одреден бактериски [[Вид (биологија)|вид]]. Меѓутоа во поново време, [[Секвенционирање|секвенционирањето]] на [[Геном|геномите]] на илјадници видови на организми од сите три [[Домен (биологија)|домени]] на животот, овозможи да резултатите од овие истражувања се користат во [[Филогенетика|филогенетиката]].<ref>{{Наведено списание|last=Caetano-Anollés|first=Gustavo|last2=Caetano-Anollés|first2=Derek|date=July 2003|title=An evolutionarily structured universe of protein architecture|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12840035|journal=Genome Research|volume=13|issue=7|pages=1563–1571|doi=10.1101/gr.1161903|issn=1088-9051|pmid=12840035}}</ref><ref>{{Наведено списание|last=Wang|first=Minglei|last2=Yafremava|first2=Liudmila S.|last3=Caetano-Anollés|first3=Derek|last4=Mittenthal|first4=Jay E.|last5=Caetano-Anollés|first5=Gustavo|date=November 2007|title=Reductive evolution of architectural repertoires in proteomes and the birth of the tripartite world|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17908824|journal=Genome Research|volume=17|issue=11|pages=1572–1585|doi=10.1101/gr.6454307|issn=1088-9051|pmc=PMC2045140|pmid=17908824}}</ref> Најблискиот древен заеднички предок на бактериите и археите веројатно бил [[Хипертермофили|хипертермофилен]] организам и живеел пред околу 2.5-3.2 билиони години.<ref>{{Наведено списание|last=Giulio|first=Massimo Di|date=2003-12-01|title=The Universal Ancestor and the Ancestor of Bacteria Were Hyperthermophiles|url=https://link.springer.com/article/10.1007/s00239-003-2522-6|journal=Journal of Molecular Evolution|language=en|volume=57|issue=6|pages=721–730|doi=10.1007/s00239-003-2522-6|issn=0022-2844}}</ref><ref>{{Наведено списание|last=Battistuzzi|first=Fabia U.|last2=Feijao|first2=Andreia|last3=Hedges|first3=S. Blair|date=2004-11-09|title=A genomic timescale of prokaryote evolution: insights into the origin of methanogenesis, phototrophy, and the colonization of land|url=https://doi.org/10.1186/1471-2148-4-44|journal=BMC Evolutionary Biology|volume=4|pages=44|doi=10.1186/1471-2148-4-44|issn=1471-2148}}</ref> Бактериите исто така влијаеле врз еволуцијата на [[Еукариоти|еукариотите]] и археите. Денешните еукариоти се резултат на [[Ендосимбиотска теорија|ендосимбиотска]] асоцијација помеѓу предокот на еукариотите (т.н. протоеукариот) и [[Алфа протеобактерии|алфапротеобактерија]] која после навлегување во [[Цитоплазма|цитоплазмата]] на протоеукариотот еволуирала во денешните еукариотски органели како што се [[Митохондрија|митохондриите]], а според некои теории и [[Хидрогенозом|хидрогенозомите]].<ref>{{Наведено списание|last=Poole|first=Anthony M.|last2=Penny|first2=David|date=2007-01-01|title=Evaluating hypotheses for the origin of eukaryotes|url=http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/bies.20516/abstract|journal=BioEssays|language=en|volume=29|issue=1|pages=74–84|doi=10.1002/bies.20516|issn=1521-1878}}</ref> <ref>{{Наведено списание|last=Dyall|first=Sabrina D.|last2=Brown|first2=Mark T.|last3=Johnson|first3=Patricia J.|date=2004-04-09|title=Ancient Invasions: From Endosymbionts to Organelles|url=http://science.sciencemag.org/content/304/5668/253|journal=Science|language=en|volume=304|issue=5668|pages=253–257|doi=10.1126/science.1094884|issn=0036-8075|pmid=15073369}}</ref> Подоцна некои еукариоти коишто веќе содржеле митохондрии стапиле во секундарна ендосимбиотска асоцијација со [[цијанобактерии]] што довело до еволуција на [[Хлоропласт|хлоропластите]] во денешните [[алги]] и [[растенија]].<ref>{{Наведено списание|date=1999-12-01|title=Endosymbiosis and evolution of the plant cell|url=https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1369526699000254|journal=Current Opinion in Plant Biology|volume=2|issue=6|pages=513–519|doi=10.1016/S1369-5266(99)00025-4|issn=1369-5266}}</ref>

[[Податотека:Bacterial morphology diagram sr.svg|алт=Дијаграм кој покажува морфологија на бактериите|лево|мини|350x350пкс369x369px|Бактериите покажуваат многу клеточни морфологии и аранжмани.]]

[[Морфологија (биологија)|Морфологијата]] на бактериите покажува голем диверзитет на форми и величини. Бактериските клетки се околу десетина од големината на [[Еукариоти|еукариотските клетки]] и долги се околу 0.5 - 5 микрометри, но има и видови кои се видливи со голо око, како на пример ''[[Thiomargarita namibiensis]]'', која е долга околу 0.5 милиметри,<ref>{{Наведено списание|last=Schulz|first=Heide N.|last2=Jørgensen|first2=Bo Barker|date=2001-10-01|title=Big Bacteria|url=http://www.annualreviews.org/doi/10.1146/annurev.micro.55.1.105|journal=Annual Review of Microbiology|volume=55|issue=1|pages=105–137|doi=10.1146/annurev.micro.55.1.105|issn=0066-4227}}</ref> и ''[[Epulopiscium fishelsoni]]'' која достигнува до 0.7 милиметри должина.<ref name=":0">{{Наведено списание|date=2011-07-16|title=Who are you calling simple?|url=https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0262407911617090|journal=New Scientist|volume=211|issue=2821|pages=38–41|doi=10.1016/S0262-4079(11)61709-0|issn=0262-4079}}</ref> Најмалите бактерии се членови на родот ''[[Mycoplasma]]'', кои имаат должина од само 0.3 микрометри што епретставува величинатавеличина на најголемите [[Вирус|вируси]].<ref>{{Наведено списание|last=Robertson|first=J|last2=Gomersall|first2=M|last3=Gill|first3=P|date=November 1975|title=Mycoplasma hominis: growth, reproduction, and isolation of small viable cells.|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC235991/|journal=Journal of Bacteriology|volume=124|issue=2|pages=1007–1018|issn=0021-9193|pmid=1102522}}</ref> Некои бактерии можат да бидат уште помали, но овие т.н. [[ултрамикробактерии]] се уште не се доволно проучени.<ref>{{Наведено списание|last=Velimirov|first=Branko|date=2001|title=Nanobacteria, Ultramicrobacteria and Starvation Forms: A Search for the Smallest Metabolizing Bacterium|url=https://www.jstage.jst.go.jp/article/jsme2/16/2/16_2_67/_article|journal=Microbes and environments|language=en|volume=16|issue=2|pages=67–77|doi=10.1264/jsme2.2001.67|issn=1342-6311}}</ref>

Најголем број бактериски видови се или сферични по форма, т.н. ''коки'' (еднина: coccus, од грчкиот збор ''kókkos,'' што значи зрно или семе) или се со стапчеста форма, т.н. ''бацили'' (еднина: bacillus, од латинскиот ''baculus'', што значи стап). Некои бактерии наречени ''вибрио'' имаат форма на искривено стапче или запирка; други пак имаат спирална форма и се наречени ''спирила'', а пак други може да се значително свиени и се нарекуваат ''спирохети''.Опишани се и помал број на други невообичаени форми, како на пример ѕвездовидни бактерии.<ref>{{Наведено списание|last=Yang|first=Desirée C.|last2=Blair|first2=Kris M.|last3=Salama|first3=Nina R.|date=2016-03-01|title=Staying in Shape: the Impact of Cell Shape on Bacterial Survival in Diverse Environments|url=http://mmbr.asm.org/content/80/1/187|journal=Microbiology and Molecular Biology Reviews|language=en|volume=80|issue=1|pages=187–203|doi=10.1128/MMBR.00031-15|issn=1092-2172|pmid=26864431}}</ref> Бактерискиот [[Бактериски клеточен ѕид|Бактерискиот клеточен ѕид]] и [[Цитоскелет|цитоскелетот]] го одредуваат овој голем вариетет на форми и тоа е важно затоа што влијае на нивната способност да се снабдуваат со нутриенси, да се прикрепуваат за површини, да пливаат во течности или да избегнат предатори.<ref>{{Наведено списание|last=Cabeen|first=Matthew T.|last2=Jacobs-Wagner|first2=Christine|date=2005/08|title=Bacterial cell shape|url=https://www.nature.com/articles/nrmicro1205|journal=Nature Reviews Microbiology|language=En|volume=3|issue=8|pages=601–610|doi=10.1038/nrmicro1205|issn=1740-1534}}</ref><ref>{{Наведено списание|last=Young|first=Kevin D.|date=2006-09-01|title=The Selective Value of Bacterial Shape|url=http://mmbr.asm.org/content/70/3/660|journal=Microbiology and Molecular Biology Reviews|language=en|volume=70|issue=3|pages=660–703|doi=10.1128/MMBR.00001-06|issn=1092-2172|pmid=16959965}}</ref>

Најголем број на бактериски видови постојат како единечни клетки, додека други може да се групираат во карактеристични форми: ''[[Neisseria]]'' се јавува во парови, ''[[Streptococcus]]'' формира ланци, ''[[Staphylococcus]]'' формира гроздовидни формации или кластери. Бактериите исто така може да се групираат за да формираат поголеми повеќеклеточни структури, на пр. издолжени филаменти кај [[Цијанобактерии|цијанобактериите]] и [[Актинобактерии|актинобактериите]], агрегати како кај [[Миксобактерија|миксобактериите]], или пак комплексни хифи како кај [[Стрептомицети|стрептомицетите]].<ref>{{Наведено списание|last=Claessen|first=Dennis|last2=Rozen|first2=Daniel E.|last3=Kuipers|first3=Oscar P.|last4=Søgaard-Andersen|first4=Lotte|last5=Wezel|first5=Gilles P. van|date=2014/02|title=Bacterial solutions to multicellularity: a tale of biofilms, filaments and fruiting bodies|url=https://www.nature.com/articles/nrmicro3178|journal=Nature Reviews Microbiology|language=En|volume=12|issue=2|pages=115–124|doi=10.1038/nrmicro3178|issn=1740-1534}}</ref> Овие повеќеклеточни структури често се формираат само при посебни услови, на пр. при недостаток на [[Аминокиселина|аминокиселини]] [[Myxobacteria]] комуницира со околните бактерии од својот вид преку процес наречен "[[чувство на кворумот]]" (анг. quorum sensing), при што мигрираат една кон друга и се агрегираат во телца кои се со димензија од околу 500 микрометри и содржат околу 100,000 бактериски клетки.<ref>{{Наведено списание|last=Shimkets|first=Lawrence J.|date=1999-10-01|title=Intercellular Signaling During Fruiting-Body Development of Myxococcus xanthus|url=http://www.annualreviews.org/doi/10.1146/annurev.micro.53.1.525|journal=Annual Review of Microbiology|volume=53|issue=1|pages=525–549|doi=10.1146/annurev.micro.53.1.525|issn=0066-4227}}</ref> Во овие повеќеклеточни телца се јавува функционална поделба меѓу одделните бактериски клетки, на пр. секоја десетта клетка од колонијата мигрира кон површината и таму се диференцира во посебна дормантна (спиечка) форма која се нарекува ''[[миксоспора]]'', и на овој начин прават заштитен слој којшто колонијата ја штити од исушување и други влијанија на околината.<ref>{{Наведено списание|last=Kaiser|first=Dale|date=2004-09-13|title=Signaling in myxobacteria|url=http://www.annualreviews.org/doi/10.1146/annurev.micro.58.030603.123620|journal=Annual Review of Microbiology|volume=58|issue=1|pages=75–98|doi=10.1146/annurev.micro.58.030603.123620|issn=0066-4227}}</ref>

Други видови на бактерии се способни да се прицврстат за површини и да формираат густи агрегати наречени ''[[Биофилм|биофилмови]]''.Овие биофилмови може да варираат во дебелина од неколку микрометри па дури до половина метар, а во нив се населуваат покрај бактериите и разни видови на археи и еукариоти. Бактериите што живеат во биофилмови имаат сложен распоред на клетките и на екстрацелуларните компоненти, формирајќи секундарни структури наречени микроколонии, помеѓу кои има мрежа од канали кои овозможуваат подобра [[дифузија]] на нутриенсите.<ref>{{Наведено списание|last=Donlan|first=Rodney M.|title=Biofilms: Microbial Life on Surfaces|url=https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/8/9/02-0063_article|journal=Emerging Infectious Diseases|language=en-us|volume=8|issue=9|pages=881–890|doi=10.3201/eid0809.020063}}</ref> <ref>{{Наведено списание|last=Donlan|first=Rodney M.|title=Biofilms: Microbial Life on Surfaces|url=https://wwwnc.cdc.gov/eid/article/8/9/02-0063_article|journal=Emerging Infectious Diseases|language=en-us|volume=8|issue=9|pages=881–890|doi=10.3201/eid0809.020063}}</ref> Во природните средини како што есе [[Почва|почвата]], површината на камења, карпи и површината на растенијата, најголем број од бактериите се наоѓаат во површински биофилмови.<ref name=":1">{{Наведено списание|last=Davey|first=Mary Ellen|last2=O'toole|first2=George A.|date=2000-12-01|title=Microbial Biofilms: from Ecology to Molecular Genetics|url=http://mmbr.asm.org/content/64/4/847|journal=Microbiology and Molecular Biology Reviews|language=en|volume=64|issue=4|pages=847–867|doi=10.1128/MMBR.64.4.847-867.2000|issn=1092-2172|pmid=11104821}}</ref> Биофилмовите се важни и во медицината бидејќи овие структури често се среќаваат при хроничните бактериски инфекции или кај инфекции од имплантирани медицински помагала, затоа што бактериите што се наоѓаат во биофилмот многу потешко се уништуваат од изолираните форми.<ref>{{Наведено списание|last=Donlan|first=Rodney M.|last2=Costerton|first2=J. William|date=2002-04-01|title=Biofilms: Survival Mechanisms of Clinically Relevant Microorganisms|url=http://cmr.asm.org/content/15/2/167|journal=Clinical Microbiology Reviews|language=en|volume=15|issue=2|pages=167–193|doi=10.1128/CMR.15.2.167-193.2002|issn=0893-8512|pmid=11932229}}</ref>

Бактериската [[клеточна мембрана]] се состои главно од [[Фосфолипид|фосфолипиди]] и [[Протеин|протеини]]. Таа покрај својата заштитна улога како бариера, врши и многу важна улога во транспортните и енергетските процеси на клетката.<ref name=":2">{{Наведена книга|url=https://www.worldcat.org/oclc/956340090|title=Microbiology : an evolving science.|last=L.|first=Slonczewski, Joan|date=2013|publisher=W W Norton|isbn=9780393123685|location=[S.l.]|oclc=956340090}}</ref> За разлика од [[Еукариоти|еукариотските клетки]] бактериските клетки најчесто не поседуваат мембрански [[Органела|органели]], како што кај еукариотите се: [[Клеточно јадро|јадро]], [[ендоплазматски ретикулум]], [[Голџиев систем]] итн.<ref name=":2" /> Меѓутоа, некои бактерии поседуваат протеински органели во [[Цитоплазма|цитоплазмата]] кои разделуваат различни процеси од бактерискиот [[метаболизам]],<ref>{{Наведено списание|last=Bobik|first=Thomas A.|date=2006-05-01|title=Polyhedral organelles compartmenting bacterial metabolic processes|url=https://link.springer.com/article/10.1007/s00253-005-0295-0|journal=Applied Microbiology and Biotechnology|language=en|volume=70|issue=5|pages=517–525|doi=10.1007/s00253-005-0295-0|issn=0175-7598}}</ref> <ref>{{Наведено списание|last=Yeates|first=Todd O.|last2=Kerfeld|first2=Cheryl A.|last3=Heinhorst|first3=Sabine|last4=Cannon|first4=Gordon C.|last5=Shively|first5=Jessup M.|date=2008/09|title=Protein-based organelles in bacteria: carboxysomes and related microcompartments|url=https://www.nature.com/articles/nrmicro1913|journal=Nature Reviews Microbiology|language=En|volume=6|issue=9|pages=681–691|doi=10.1038/nrmicro1913|issn=1740-1534}}</ref> како што се [[Карбоксизоми|карбоксизомите]].<ref>{{Наведено списание|last=Kerfeld|first=Cheryl A.|last2=Sawaya|first2=Michael R.|last3=Tanaka|first3=Shiho|last4=Nguyen|first4=Chau V.|last5=Phillips|first5=Martin|last6=Beeby|first6=Morgan|last7=Yeates|first7=Todd O.|date=2005-08-05|title=Protein Structures Forming the Shell of Primitive Bacterial Organelles|url=http://science.sciencemag.org/content/309/5736/936|journal=Science|language=en|volume=309|issue=5736|pages=936–938|doi=10.1126/science.1113397|issn=0036-8075|pmid=16081736}}</ref> Дополнително, бактериите имаат мултикомпонентен [[цитоскелет]] кој ја контролира локализацијата на протеините и [[Нуклеинска киселина|нуклеинските киселини]] во цитоплазмата, а исто така учествува и во процесот на [[Клеточна делба|клеточната делба]].<ref>{{Наведено списание|last=Gitai|first=Zemer|date=2005-03-11|title=The New Bacterial Cell Biology: Moving Parts and Subcellular Architecture|url=http://www.cell.com/cell/abstract/S0092-8674(05)00193-5|journal=Cell|language=English|volume=120|issue=5|pages=577–586|doi=10.1016/j.cell.2005.02.026|issn=0092-8674}}</ref><ref>{{Наведено списание|last=Shih|first=Yu-Ling|last2=Rothfield|first2=Lawrence|date=2006-09-01|title=The Bacterial Cytoskeleton|url=http://mmbr.asm.org/content/70/3/729|journal=Microbiology and Molecular Biology Reviews|language=en|volume=70|issue=3|pages=729–754|doi=10.1128/MMBR.00017-06|issn=1092-2172|pmid=16959967}}</ref><ref>{{Наведено списание|last=Norris|first=Vic|last2=Blaauwen|first2=Tanneke den|last3=Cabin-Flaman|first3=Armelle|last4=Doi|first4=Roy H.|last5=Harshey|first5=Rasika|last6=Janniere|first6=Laurent|last7=Jimenez-Sanchez|first7=Alfonso|last8=Jin|first8=Ding Jun|last9=Levin|first9=Petra Anne|date=2007-03-01|title=Functional Taxonomy of Bacterial Hyperstructures|url=http://mmbr.asm.org/content/71/1/230|journal=Microbiology and Molecular Biology Reviews|language=en|volume=71|issue=1|pages=230–253|doi=10.1128/MMBR.00035-06|issn=1092-2172|pmid=17347523}}</ref>

Многу значајни биохемиски процеси како што е складирањето на енергија се одвиваат како резултат на [[Концентрација|концентрациски]] градиенти низ мембраните, со што се создава разлика во потенцијали на ист принцип како во [[Батерија|батериите]]. Недостатокот на внатрешни мембрани кај бактериите значи дека овие процеси, како што е транспортот на [[Електрон|електрони]], треба да се одвиваат низ клеточната мембрана помеѓу внатрешниот простор кој ја сочинува цитоплазмата и надворешниот простор кој ја сочинува [[Периплазма|периплазмата]].<ref>{{Наведено списание|last=Harold|first=F M|date=June 1972|title=Conservation and transformation of energy by bacterial membranes.|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC408323/|journal=Bacteriological Reviews|volume=36|issue=2|pages=172–230|issn=0005-3678|pmid=4261111}}</ref> Меѓутоа, вокај многу [[Фотосинтеза|фотосинтетски]] бактерии клеточната мембрана е значително набрана и завзема голем дел од клеточниот волумен. Вака набраната мембрана гради повеќе слоеви во кои се сместени [[Фотосинтетски комплекси|фотосинтетските комплекси]], а кај [[Зелени сулфурни бактерии|зелените сулфурни бактерии]] може да се најдат посебни фотосинтетски телца оградени со [[Липид|липиди]], наречени [[Хлорозом|хлорозоми]].<ref>{{Наведено списание|last=Bryant|first=Donald A.|last2=Frigaard|first2=Niels-Ulrik|date=2006-11-01|title=Prokaryotic photosynthesis and phototrophy illuminated|url=http://www.cell.com/trends/microbiology/abstract/S0966-842X(06)00226-5|journal=Trends in Microbiology|language=English|volume=14|issue=11|pages=488–496|doi=10.1016/j.tim.2006.09.001|issn=0966-842X|pmid=16997562}}</ref><ref>{{Наведено списание|last=Pšenčík|first=J.|last2=Ikonen|first2=T.P.|last3=Laurinmäki|first3=P.|last4=Merckel|first4=M.C.|last5=Butcher|first5=S.J.|last6=Serimaa|first6=R.E.|last7=Tuma|first7=R.|date=2004-08-01|title=Lamellar Organization of Pigments in Chlorosomes, the Light Harvesting Complexes of Green Photosynthetic Bacteria|url=http://www.cell.com/biophysj/fulltext/S0006-3495(04)73596-1|journal=Biophysical Journal|language=English|volume=87|issue=2|pages=1165–1172|doi=10.1529/biophysj.104.040956|issn=0006-3495}}</ref>

Повеќето бактерии немаат јадро оградено со мембрана, а нивниот [[генетски материјал]] е единечен, циркуларен, бактериски [[хромозом]], лоциран во цитоплазмата во облик на телце со неправилна форма кое се виканарекува ''[[нуклеоид]]''.<ref>{{Наведено списание|last=Thanbichler|first=Martin|last2=Wang|first2=Sherry C.|last3=Shapiro|first3=Lucy|date=2005-10-15|title=The bacterial nucleoid: A highly organized and dynamic structure|url=http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/jcb.20519/abstract|journal=Journal of Cellular Biochemistry|language=en|volume=96|issue=3|pages=506–521|doi=10.1002/jcb.20519|issn=1097-4644}}</ref> Како и сите други живи организми бактериите поседуваат [[Рибозом|рибозоми]], кои се неопходни во процесот на [[синтеза на протеини]]; но структурата на бактериските рибозоми е различна од онаа кај [[Археи|археите]] и [[Еукариоти|еукариотите]].<ref>{{Наведено списание|last=Poehlsgaard|first=Jacob|last2=Douthwaite|first2=Stephen|date=2005/11|title=The bacterial ribosome as a target for antibiotics|url=https://www.nature.com/articles/nrmicro1265|journal=Nature Reviews Microbiology|language=En|volume=3|issue=11|pages=870–881|doi=10.1038/nrmicro1265|issn=1740-1534}}</ref>

Над [[Клеточна мембрана|клеточната мембрана]] се наоѓа [[Клеточен ѕид|клеточниот ѕид]]. Бактерискиот клеточен ѕид е составен од [[Пептидогликан|пептидогликан (муреин)]], кој е изграден од [[Полисахарид|полисахаридни]] ланци кои накрсно се поврзани со [[Пептид|пептиди]] кои содржат [[Д-аминокиселини]].<ref>{{Наведено списание|last=van|first=Heijenoort, Jean|date=2001-03-01|title=Formation of the glycan chains in the synthesis of bacterial peptidoglycan|url=https://academic.oup.com/glycob/article/11/3/25R/677256|journal=Glycobiology|language=en|volume=11|issue=3|doi=10.1093/glycob/11.3.25R|issn=0959-6658}}</ref> Бактериските клеточни ѕидови се разликуваат од растителните и [[Габа|габичните]] клеточни ѕидови кои се изградени од [[целулоза]] и [[хитин]], соодветно.<ref>{{Наведено списание|last=Koch|first=Arthur L.|date=2003-10-01|title=Bacterial Wall as Target for Attack Past, Present, and Future Research|url=http://cmr.asm.org/content/16/4/673|journal=Clinical Microbiology Reviews|language=en|volume=16|issue=4|pages=673–687|doi=10.1128/CMR.16.4.673-687.2003|issn=0893-8512|pmid=14557293}}</ref> [[Археи|Археите]] пак, за разлика од бактериите, имаат клеточен ѕид кој се состои од друг полимер, кој се нарекува [[псевдопептидогликан]]. Клеточниот ѕид е неопходен за преживување на бактериите, а [[Антибиотик|антибиотикот]] [[пеницилин]] ги убива бактериите така што инхибира еден чекор во биосинтезата на пептидогликанот.<ref>{{Наведено списание|last=Koch|first=Arthur L.|date=2003-10-01|title=Bacterial Wall as Target for Attack Past, Present, and Future Research|url=http://cmr.asm.org/content/16/4/673|journal=Clinical Microbiology Reviews|language=en|volume=16|issue=4|pages=673–687|doi=10.1128/CMR.16.4.673-687.2003|issn=0893-8512|pmid=14557293}}</ref>

Грубо кажано, постојат два типа клеточни ѕидови кај бактериите наречени [[Грампозитивни бактерии|Грам-позитивни]] и [[Грамнегативни бактерии|Грам-негативни]]. Имињата потекнуваат од реакција на клетките кон [[Боење по Грам|боењето по Грам]], коешто претставува класичен метод за класификација на бактериски видови.<ref>{{Наведено списание|last=Gram|first=HC|date=1884|title=\"{U}ber die isolierte F\"{a}rbung der Schizomyceten in Schnitt- und Trockenpr\"{a}paraten|url=http://www.citeulike.org/user/MeganBarnett/article/1574067|journal=Fortschritte der Medizin|volume=2|pages=185–89}}</ref>

[[Грампозитивни бактерии|Грам-позитивните бактерии]] поседуваат дебел клеточен ѕид кој содржи повеќе слоеви пептидогликан и [[теихоински киселини]]. За разлика од нив, [[Грамнегативни бактерии|Грам-негативните бактерии]] имаат релативно тенок клеточен ѕид кој се состои од само неколку слоеви пептидогликан, врз кој имаат секундарна липидна мембрана богата со [[липополисахариди]] и [[Липопротеин|липопротеини]]. Повеќето бактериски видови имаат Грам-негативен клеточен ѕид, а само [[Колено|колената]] [[Firmicutes]] и [[Actinobacteria]] имаат Грам-позитивен клеточен ѕид.<ref>{{Наведено списание|last=Hugenholtz|first=Philip|date=2002-01-29|title=Exploring prokaryotic diversity in the genomic era|url=https://doi.org/10.1186/gb-2002-3-2-reviews0003|journal=Genome Biology|volume=3|pages=reviews0003|doi=10.1186/gb-2002-3-2-reviews0003|issn=1474-760X}}</ref> Разликите во структурата на клеточниот ѕид дава и разлика во осетливоста спрема антибиотици, на пр. [[ванкомицин]] може да ги убие само Грам-позитивните бактерии, а не е ефикасен против Грам-негативните бактерии како што се ''[[Haemophilus influenzae]]'' и ''[[Pseudomonas aeruginosa]].''<ref>{{Наведено списание|date=2004-10-01|title=Microbiology and drug resistance mechanisms of fully resistant pathogens|url=https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1369527404001018|journal=Current Opinion in Microbiology|volume=7|issue=5|pages=439–444|doi=10.1016/j.mib.2004.08.007|issn=1369-5274}}</ref> Некои бактерии поседуваат структура на клеточниот ѕид која не е ниту Грам-позитивна ниту Грам-негативна. Овде спаѓаат и некои клинички важни бактерии како што се [[Микобактерии|микобактериите]], кои имаат клеточен ѕид од дебел слој на пептидогликан, слично накако кај Грам-позитивните бактерии, но поседуваат и секундарен надворешен слој од [[Липид|липиди]].<ref>{{Наведено списание|last=Alderwick|first=Luke J.|last2=Harrison|first2=James|last3=Lloyd|first3=Georgina S.|last4=Birch|first4=Helen L.|date=2015-08-01|title=The Mycobacterial Cell Wall—Peptidoglycan and Arabinogalactan|url=http://perspectivesinmedicine.cshlp.org/content/5/8/a021113|journal=Cold Spring Harbor Perspectives in Medicine|language=en|volume=5|issue=8|pages=a021113|doi=10.1101/cshperspect.a021113|issn=2157-1422|pmid=25818664}}</ref>

Кај многу бактерии се среќава и Ѕ-слој од ригидно аранжирани протеински молекули кој ја покрива надворешноста на клетката.<ref>{{Наведено списание|date=1998-12-15|title=Structural Research on Surface Layers: A Focus on Stability, Surface Layer Homology Domains, and Surface Layer–Cell Wall Interactions|url=https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1047847798940709|journal=Journal of Structural Biology|volume=124|issue=2-3|pages=276–302|doi=10.1006/jsbi.1998.4070|issn=1047-8477}}</ref> Овој слој нуди физичка и хемиска заштита на клеточната површина, а делува и како бариера за макромолекуларнатамакромолекуларна дифузија. Ѕ-слоевите имаат разновидни и најчесто слабо проучени функции, но познато е дека делуваат како [[фактори на вирулентност]] кај ''[[Campylobacter]]'', а кај бактеријата ''[[Bacillus stearothermophilus]]'' содржат површински [[Ензим|ензими]].<ref>{{Наведено списание|last=Beveridge|first=T. J.|last2=Pouwels|first2=P. H.|last3=Sára|first3=M.|last4=Kotiranta|first4=A.|last5=Lounatmaa|first5=K.|last6=Kari|first6=K.|last7=Kerosuo|first7=E.|last8=Haapasalo|first8=M.|last9=Egelseer|first9=E. M.|date=June 1997|title=Functions of S-layers|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9276929|journal=FEMS microbiology reviews|volume=20|issue=1-2|pages=99–149|issn=0168-6445|pmid=9276929}}</ref>

[[Гликокаликс|Гликокаликсот]] го продуцираат многу бактерии како заштитна обвивка. Тој може многу да варира во однос на структурната сложеност: од неорганизиран лигав слој од екстрацелуларни [[Полимер|полимерни супстанци]] до високо структурирана капсула. Овие структури можат да ја штитат бактериската клетка од проголтување од страна на еукариотски клетки како [[Макрофаг|макрофагите]].<ref>{{Наведено списание|last=Stokes|first=Richard W.|last2=Norris-Jones|first2=Raymond|last3=Brooks|first3=Donald E.|last4=Beveridge|first4=Terry J.|last5=Doxsee|first5=Dan|last6=Thorson|first6=Lisa M.|date=2004-10-01|title=The Glycan-Rich Outer Layer of the Cell Wall of Mycobacterium tuberculosis Acts as an Antiphagocytic Capsule Limiting the Association of the Bacterium with Macrophages|url=http://iai.asm.org/content/72/10/5676|journal=Infection and Immunity|language=en|volume=72|issue=10|pages=5676–5686|doi=10.1128/IAI.72.10.5676-5686.2004|issn=0019-9567|pmid=15385466}}</ref> МожатТие можат да служат и како [[Антиген|антигени]] и да се инволвирани во [[Клеточно распознавање|клеточното распознавање]] (анг. cell recognition), а може да служат и како прицврстувач на клетката за површини и во формирањето на [[Биофилм|биофилмови]].<ref>{{Наведено списание|date=1999-06-01|title=The capsule of Mycobacterium tuberculosis and its implications for pathogenicity|url=https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0962847998902003|journal=Tubercle and Lung Disease|volume=79|issue=3|pages=153–169|doi=10.1054/tuld.1998.0200|issn=0962-8479}}</ref>

Создавањето на овие екстрацелуларни структури зависи од функционирањето на бактериските секреторни системи. ТиеОвие системи трансферираат протеини од цитоплазмата во периплазмата или директно во надворешноста околу клетката. Познати се многу типови на секрециони системи, а овие структури се често есенцијални за [[Вирулентност|вирулентноста]] на патогените, па затоа и интензивно се проучувани.<ref>{{Наведено списание|last=Finlay|first=B. B.|last2=Falkow|first2=S.|date=June 1997|title=Common themes in microbial pathogenicity revisited|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9184008|journal=Microbiology and molecular biology reviews: MMBR|volume=61|issue=2|pages=136–169|issn=1092-2172|pmid=9184008}}</ref>

Одредени видови на [[Грампозитивни бактерии|Грам-позитивни бактерии]], како што се припадниците на [[Род (биологија)|родовите]] ''[[Bacillus]]'', ''[[Clostridium]]'', ''[[Sporohalobacter]]'', ''[[Anaerobacter]]'', и ''[[Heliobacterium]]'', можат да формираат високо-резистентни, дормантни структури наречени [[ендоспори]].<ref>{{Наведено списание|last=Nicholson|first=Wayne L.|last2=Munakata|first2=Nobuo|last3=Horneck|first3=Gerda|last4=Melosh|first4=Henry J.|last5=Setlow|first5=Peter|date=2000-09-01|title=Resistance of Bacillus Endospores to Extreme Terrestrial and Extraterrestrial Environments|url=http://mmbr.asm.org/content/64/3/548|journal=Microbiology and Molecular Biology Reviews|language=en|volume=64|issue=3|pages=548–572|doi=10.1128/MMBR.64.3.548-572.2000|issn=1092-2172|pmid=10974126}}</ref> Ендоспорите се развиваат внатре во [[Цитоплазма|цитоплазмата]] и главнообично само една ендоспора се развива во секоја поединечна клетка.<ref name=":3">{{Наведено списание|last=McKenney|first=Peter T.|last2=Driks|first2=Adam|last3=Eichenberger|first3=Patrick|date=2013/01|title=The Bacillus subtilis endospore: assembly and functions of the multilayered coat|url=https://www.nature.com/articles/nrmicro2921|journal=Nature Reviews Microbiology|language=En|volume=11|issue=1|pages=33–44|doi=10.1038/nrmicro2921|issn=1740-1534}}</ref>

Ендоспората содржи во центарот [[Нуклеинска киселина|нуклеински материјал]] и [[Рибозом|рибозоми]] кои се обвиткани со заштитен слој, врз кој се развива повеќеслојна ригидна обвивка составена од [[пептидогликан]] и [[Протеин|протеини]].<ref name=":3" /> [[Метаболизам|Метаболизмот]] внатре во ендоспората драстично се забавува, што им овозможува да преживеат екстремни физички и хемиски стресови, високи дози на [[ултравиолетово зрачење]], [[гама-зрачење]], високи и ниски [[Температура|температури]], висок [[притисок]], сушење, [[дезифициенси]] итн.<ref>{{Наведено списание|last=Nicholson|first=Wayne L.|last2=Fajardo-Cavazos|first2=Patricia|last3=Rebeil|first3=Roberto|last4=Slieman|first4=Tony A.|last5=Riesenman|first5=Paul J.|last6=Law|first6=Jocelyn F.|last7=Xue|first7=Yaming|date=2002-12-01|title=Bacterial endospores and their significance in stress resistance|url=https://link.springer.com/article/10.1023/A:1020561122764|journal=Antonie van Leeuwenhoek|language=en|volume=81|issue=1-4|pages=27–32|doi=10.1023/A:1020561122764|issn=0003-6072}}</ref> Во ваква дормантна состојба бактериите можат да преживеат милиони години,<ref>{{Наведено списание|last=Vreeland|first=Russell H.|last2=Rosenzweig|first2=William D.|last3=Powers|first3=Dennis W.|date=2000/10|title=Isolation of a 250 million-year-old halotolerant bacterium from a primary

Понатамошната поделба е на [[Литотроф|литотрофи]], кои користат неоргански донори на електрони, и [[Органотроф|органотрофи]], кои користат органски соединенија како донори на електрони. Хемотрофните бактерии ги користат донорите на електрони во процесите на складирање на енергија (аеробна/анаеробна респирација или [[ферментација]]) и во биосинтетските реакции, додека фототрофните бактерии ги користат само во биосинтетските реакции. Респирирачките бактерии користат разни [[соединенија]] како извор на енергија, со тоа што одземаат [[Електрон|електрони]] од редуцираните супстрати, а потоа ги трансферираат овие електрони на терминален акцептор на елетрони во [[Оксидо-редукциона реакција|реакција на оксидо-редукција]]. Ваквите реакции ослободуваат големо количество на енергија, кое може да биде искористено во синтезата на [[Аденозин трифосфат|аденозин трифосфат (ATP)]]. Кај аеробните организми, терминалниот акцептор на електрони е кислородот, додека кај анаеробните организми оваа улога можат да ја вршат различни неоргански соединенија како што се [[Сулфати|сулфат]], [[Нитрати|нитрат]], јаглерод диоксид итн. Ова води до еколошки значајни процеси како што се редукција на сулфатите, [[Денитрификација|денитрификацијата]] и [[ацетогенеза]], соодветно.<ref>{{Наведено списание|last=Seitzinger|first=S.|last2=Harrison|first2=J. A.|last3=Böhlke|first3=J. K.|last4=Bouwman|first4=A. F.|last5=Lowrance|first5=R.|last6=Peterson|first6=B.|last7=Tobias|first7=C.|last8=Drecht|first8=G. Van|date=2006-12-01|title=Denitrification Across Landscapes and Waterscapes: A Synthesis|url=http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1890/1051-0761(2006)016[2064:DALAWA]2.0.CO;2/abstract|journal=Ecological Applications|language=en|volume=16|issue=6|pages=2064–2090|doi=10.1890/1051-0761(2006)016[2064:DALAWA]2.0.CO;2|issn=1939-5582}}</ref><ref>{{Наведено списание|last=Zumft|first=W. G.|date=December 1997|title=Cell biology and molecular basis of denitrification|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9409151|journal=Microbiology and molecular biology reviews: MMBR|volume=61|issue=4|pages=533–616|issn=1092-2172|pmid=9409151}}</ref> <ref>{{Наведена книга|url=https://link.springer.com/book/10.1007/978-1-4615-1777-1|title=Acetogenesis {{!}} SpringerLink|language=en-gb|doi=10.1007/978-1-4615-1777-1}}</ref><ref>{{Наведено списание|last=Drake|first=Harold L.|last2=Daniel|first2=Steven L.|last3=Küsel|first3=Kirsten|last4=Matthies|first4=Carola|last5=Kuhner|first5=Carla|last6=Braus-Stromeyer|first6=Susanna|date=1997-01-01|title=Acetogenic bacteria: what are the in situ consequences of their diverse metabolic versatilities?|url=http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/biof.5520060103/abstract|journal=BioFactors|language=en|volume=6|issue=1|pages=13–24|doi=10.1002/biof.5520060103|issn=1872-8081}}</ref>

[[Податотека:Iron bacteria in runoff.JPG|лево|мини|331x331пкс|[[Железни бактерии]] во извор.]]

[[Податотека:Contrasting-mechanisms-of-growth-in-two-model-rod-shaped-bacteria-ncomms15370-s8.ogv|мини|220x220пкс|Проста делба на клетки на [[E. coli]].]]

Бактериите растат до одредена големина, а потоа се [[Размножување на микроорганизмите|размножуваат]] по пат на бинарна делба, што е форма на [[бесполово размножување]].<ref>{{Наведено списание|last=Koch|first=Arthur L.|date=2002-01-01|title=Control of the Bacterial Cell Cycle by Cytoplasmic Growth|url=https://doi.org/10.1080/1040-840291046696|journal=Critical Reviews in Microbiology|volume=28|issue=1|pages=61–77|doi=10.1080/1040-840291046696|issn=1040-841X}}</ref> При оптимални услови бактериите може да растат и да се делат исклучително брзо, а бактериските популации може да се дуплираат во големина зана секои 9.8 минути.<ref>{{Наведено списание|last=Eagon|first=R. G.|date=April 1962|title=PSEUDOMONAS NATRIEGENS, A MARINE BACTERIUM WITH A GENERATION TIME OF LESS THAN 10 MINUTES|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC279347/|journal=Journal of Bacteriology|volume=83|issue=4|pages=736–737|issn=0021-9193|pmid=13888946}}</ref> При оваа проста делба се создаваат две идентични клетки - [[Клонирање (биологија)|клонови]]. Некои бактерии кои се размножуваат бесполово формираат комплексни репродуктивни структури кои помагаат за диспергирање на новосоздадените ќерки-клетки-ќерки. Примери се: плодоносното тело кај ''[[Myxobacteria]]'' и воздушните хифи кај ''[[Streptomyces]]''. Начин на бесполова репродукција е и [[Пупење|пупењето]], кога кај родителската клетка се формира израсток (пупка) кој потоа се откинува и ја дава ќеркатаклетката-клеткаќерка.

[[Податотека:Staphylococcus aureas bacteria toxin growing on a blood agar Wellcome V0036241EL.jpg|лево|мини|271x271пкс|[[Стафилококи|Стафилококни]] колонии на [[агарна почаплоча]].]]

Во лабораторија, бактериите главно се [[Култивација|култивираат]] во цврсти или течни медиуми. Цврстите медиуми за раст ги вклучуваат [[Агарни плочи|агарните плочи]] и се користат да се изолира чиста култура на одреден бактериски [[Вид (биологија)|вид]]. Течните медиуми за раст се користат кога е потребно мерење на растот или кога се потребни поголеми волумени на клетки. Растот во течни медиуми кои се мешаат создава рамномерна [[суспензија]] на клетки што овозможува културите лесно да се раздвојат и трансферираат на друга подлога. Сепак, изолацијата само на еден бактериски вид од течниот медиум е тешка. Употребата на селективни медиуми во кои има додаток или недостаток на специфични нутриенси или [[антибиотици]] може да помогне да се идентифицираат специфични бактерии.<ref>{{Наведено списание|date=2001-12-01|title=LABORATORY DIAGNOSIS OF CENTRAL NERVOUS SYSTEM INFECTIONS|url=https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0891552005701860|journal=Infectious Disease Clinics of North America|volume=15|issue=4|pages=1047–1071|doi=10.1016/S0891-5520(05)70186-0|issn=0891-5520}}</ref>

Повеќето лабораториски техники за [[култивација]] на бактериите користат високи нивоа на нутриенси за да продуцираат големи количини на клетки брзо и евтино. Меѓутоа, во природните средини нутриенсите се ограничени што значи дека бактериите не можат бесконечно да се размножуваат. Овој лимит на нутриенси довел до еволуција на различни стратегии за раст (види [[r/K селекциона теорија]]). Некои бактерии може да растат исклучително брзо при достапност на нутриенси, како што е на пример цветањето на [[Цијанобактерии|цијанобактериите]] на езерски површини во летните месеци. Други бактерии развиле [[Адаптација (биологија)|адаптација]] на сурови средини, како што се средини со ''[[Streptomyces]]'' видови кои излачуваат голем број на разни антибиотици за да го инхибираат развојот на околните компетитивни бактерии.<ref>{{Наведено списание|last=Challis|first=Gregory L.|last2=Hopwood|first2=David A.|date=2003-11-25|title=Synergy and contingency as driving forces for the evolution of multiple secondary metabolite production by Streptomyces species|url=http://www.pnas.org/content/100/suppl_2/14555|journal=Proceedings of the National Academy of Sciences|language=en|volume=100|issue=suppl 2|pages=14555–14561|doi=10.1073/pnas.1934677100|issn=0027-8424|pmid=12970466}}</ref> Во природата најголем број бактерии живеат во заедници наречени [[Биофилм|биофилмови]] кои овозможуваат стабилно снабдување со нутриенси и заштита од факторите на околината.<ref name=":1" /> Меѓусебните односи внатре во заедницата може да бидат есенцијални за растот на специфични организми или групи на организми (тип на [[симбиоза]] што се нарекува [[синтрофија]]).<ref>{{Наведено списание|last=Kooijman|first=S. a. L. M.|last2=Auger|first2=P.|last3=Poggiale|first3=J. C.|last4=Kooi|first4=B. W.|date=2003-08-01|title=Quantitative steps in symbiogenesis and the evolution of homeostasis|url=http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1017/S1464793102006127/abstract|journal=Biological Reviews|language=en|volume=78|issue=3|pages=435–463|doi=10.1017/S1464793102006127|issn=1469-185X}}</ref>

Бактерискиот раст се одвива во четири фази. Кога бактериска популација првпат стапува во контакт со високо-хранлива средина, најпрво потребно е клетките да се адаптираат на новата средина. Првата фаза од растот е наречена [[Лаг-фаза|''лаг-фаза'']], што претставува период на бавен раст кога клетките се адаптираат на новата средина и се подготвуваат за раст. Во лаг-фазата е забележана зголемена брзина на [[Метаболизам|метаболизмот]], а клетката продуцира разни [[Протеин|протеини]] и [[Ензим|ензими]] неопходни воза следната фаза на брз раст.<ref>{{Наведено списание|date=2006-08-21|title=Individual-based modelling of bacterial cultures to study the microscopic causes of the lag phase|url=https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0022519306000427|journal=Journal of Theoretical Biology|volume=241|issue=4|pages=939–953|doi=10.1016/j.jtbi.2006.01.029|issn=0022-5193}}</ref> Втората фаза на раст е ''[[Лог-фаза|лог-фазата]]'' ([[Логаритам|логаритамска]] или [[Експоненцијал|експоненцијална]] фаза) која се карактеризира со експоненцијален раст. Брзината со којашто клетките растат во текот на оваа фаза е позната како ''брзина на раст (k)'', додека времето што им е потребно да се дуплираат во број се нарекува ''генерациско време (g)''. Во текот на лог-фазата нутриенсите се метаболизираат со максимална брзина се додека еден од нутриенсите не почне да се троши и со тоа да го лимитира растотпонаташниот раст. Третата фаза на растот се вика ''стационарна фаза'' и е предизвикана од потрошување на нутриенсите. Клетките почнуваат да ја редуцираат метаболната активност и да разградуваат некои неесенцијални клеточни протеини. Стационарната фаза е транзиција од брз раст во состојба на одговор кон стрес, како што е зголемена експресија на [[Ген|гени]] инволвирани во репарација на [[ДНК]], гени на [[Антиоксиданти|антиоксидативниот]] метаболизам и гени за транспорт на нутриенси.<ref>{{Наведено списание|date=2001-01-01|title=General stress response of Bacillus subtilis and other bacteria|url=https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0065291101440112|volume=44|pages=35–91|doi=10.1016/S0065-2911(01)44011-2|issn=0065-2911}}</ref> Последната фаза е фаза на смрт, кога бактериите целосно ги исцрпуваат нутриенсите по што умираат.

До септември 2016 година, [[Секвенционирање|секвенционирани]] се [[Геном|геномите]] на илјадници бактериски видови се [[Секвенционирање|секвенционирани]], од кои околу 9000 се комплетирани, а повеќе од 42,000 се во драфт форма.<ref>{{Наведена мрежна страница|url=https://gold.jgi.doe.gov/index|title=JGI GOLD {{!}} Home|work=gold.jgi.doe.gov|accessdate=2018-01-14}}</ref>

За разлика од трансдукцијата и коњугацијата, '''трансформацијата''' е зависна од мноштво продукти на бактериските [[Ген|гени]] кои стапуваат во специфична интеракција за да го изведат овој сложен процес.<ref>{{Наведено списание|last=Chen|first=Inês|last2=Dubnau|first2=David|date=2004/03|title=DNA uptake during bacterial transformation|url=https://www.nature.com/articles/nrmicro844|journal=Nature Reviews Microbiology|language=En|volume=2|issue=3|pages=241–249|doi=10.1038/nrmicro844|issn=1740-1534}}</ref> За да може бактеријата да врзе, да прими и да рекомбинира донорска ДНК во својот хромозом, најпрво мора да влезе во специјална [[Физиологија|физиолошка]] состојба наречена [[природна компетентност]]. Кај ''[[Bacillus subtilis]]'' потребни се околу 40 гени за да се развие компетентност.<ref>{{Наведено списание|date=1996-04-01|title=Who's competent and when: regulation of natural genetic competence in bacteria|url=https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/0168952596100147|journal=Trends in Genetics|volume=12|issue=4|pages=150–155|doi=10.1016/0168-9525(96)10014-7|issn=0168-9525}}</ref> Должината на ДНК молекулата која се трансферира во тек на трансформацијата на ''Bacillus subtilis'' може да биде од третина на хромозом, па до цел хромозом.<ref>{{Наведено списание|last=AKAMATSU|first=Takashi|last2=TAGUCHI|first2=Hisataka|date=2001-01-01|title=Incorporation of the Whole Chromosomal DNA in Protoplast Lysates into Competent Cells of Bacillus subtilis|url=https://doi.org/10.1271/bbb.65.823|journal=Bioscience, Biotechnology, and Biochemistry|volume=65|issue=4|pages=823–829|doi=10.1271/bbb.65.823|issn=0916-8451|pmid=11388459}}</ref> Се претпоставува дека трансформацијата е честа во бактерискиот свет и до сега се идентификувани најмалку 60 видови кои ја имаат природната способност да станат компетентни за трансформација.<ref>{{Наведено списание|date=2007-12-01|title=Natural genetic transformation: prevalence, mechanisms and function|url=https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0923250807001817|journal=Research in Microbiology|volume=158|issue=10|pages=767–778|doi=10.1016/j.resmic.2007.09.004|issn=0923-2508}}</ref> Развојот на компетентноста во природата често е поврзан со услови на околината кои предизвикуваат стрес, и се чини дека таа е адаптација која ја олеснува репарацијата на оштетената ДНК во клетките-реципиенти.

При обични услови трансдукцијата, коњугацијата и трансформацијата вклучуваат трансфер на ДНК меѓу бактерии од ист [[Вид (биологија)|вид]], но во одредени случаи трансферот може да се случи и меѓу единки од различни видови.<ref>{{Наведено списание|date=2008-05-01|title=Adaptive value of sex in microbial pathogens|url=https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S156713480800004X|journal=Infection, Genetics and Evolution|volume=8|issue=3|pages=267–285|doi=10.1016/j.meegid.2008.01.002|issn=1567-1348}}</ref> Во овие случаи примањето на гени од други бактерии или од околината е наречен '''[[хоризонтален трансфер на гени]]''' и во одредени природни услови може да биде многу чест.<ref>{{Наведено списание|date=1999-09-01|title=Genetic Exchange between Bacteria in the Environment|url=https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0147619X9991421X|journal=Plasmid|volume=42|issue=2|pages=73–91|doi=10.1006/plas.1999.1421|issn=0147-619X}}</ref> Трансферот на гени е особениособено значаен за стекнување на резистентност кон [[антибиотици]], бидејќи овозможува брз трансфер на гени кои нудат резистентност помеѓу различни патогени.<ref>{{Наведено списание|last=Hastings|first=P. J.|last2=Rosenberg|first2=Susan M.|last3=Slack|first3=Andrew|date=2004-09-01|title=Antibiotic-induced lateral transfer of antibiotic resistance|url=http://www.cell.com/trends/microbiology/abstract/S0966-842X(04)00160-X|journal=Trends in Microbiology|language=English|volume=12|issue=9|pages=401–404|doi=10.1016/j.tim.2004.07.003|issn=0966-842X|pmid=15337159}}</ref>

[[Податотека:Flagellum base diagram en.svg|мини|450x450пкс|КамшичеСтруктура на камшиче кај [[Грамнегативна бактерија|Грам-негативна бактерија]].]]

Многу бактерии може да се движат користејќи различни механизми: [[Камшиче|камшичињата]] се користат за пливање во течност; [[бактериско лизгање|бактериското лизгање]] и [[трепкачки моталитет|трепкачкиот моталитет]] служат за движење по површини; а промените во [[Пловност|пловноста]] овозможуваат вертикално движење во течност.<ref name=":6">{{Наведено списание|last=Bardy|first=Sonia L.|last2=Ng|first2=Sandy Y. M.|last3=Jarrell|first3=Ken F.|date=2003|title=Prokaryotic motility structures|url=http://mic.microbiologyresearch.org/content/journal/micro/10.1099/mic.0.25948-0|journal=Microbiology|volume=149|issue=2|pages=295–304|doi=10.1099/mic.0.25948-0}}</ref>

Најголем број на бактерии имаат два различни начина на движење; ''праволиниско движење'' (пливање) и ''свртување''. Свртувањето им овозможува да се реориентираат, што го прави нивното севкупно движење тродимензиомално ''[[случајно шетање]]''.<ref>{{Наведено списание|last=Wu|first=Mingming|last2=Roberts|first2=John W.|last3=Kim|first3=Sue|last4=Koch|first4=Donald L.|last5=DeLisa|first5=Matthew P.|date=2006-07-01|title=Collective Bacterial Dynamics Revealed Using a Three-Dimensional Population-Scale Defocused Particle Tracking Technique|url=http://aem.asm.org/content/72/7/4987|journal=Applied and Environmental Microbiology|language=en|volume=72|issue=7|pages=4987–4994|doi=10.1128/AEM.00158-06|issn=0099-2240|pmid=16820497}}</ref> Флагелата кај [[Спирохета|спирохетите]] е сместена меѓу двете мемббранимембрани во периплазматскиот простор. Тие имаат уникатна форма на спирала, а движењето е како сврдло.<ref name=":6" /> Мобилните бактерии се движат кон или од одредени стимуланси, а овие однесувања збирно се нарекуваат ''такси'': [[хемотакса]], [[фототакса]], [[магнетотакса]] и енергетска-такса.<ref>{{Наведено списание|last=Lux|first=Renate|last2=Shi|first2=Wenyuan|date=2016-12-01|title=Chemotaxis-guided Movements in Bacteria|url=http://journals.sagepub.com/doi/10.1177/154411130401500404|journal=Critical Reviews in Oral Biology & Medicine|language=en|volume=15|issue=4|pages=207–220|doi=10.1177/154411130401500404}}</ref>

Неколку видови на ''[[Listeria]]'' и ''[[Shigella]]'' се движат внатре во клетката на домаќинот така што го узурпираат нејзиниот [[Цитоскелет|цитоскелетотцитоскелет]], кој нормално се користи за движење на [[Органела|органелите]]. Со тоа што поттикнуваат полимеризација на [[актин]] на едниот пол од сопствената клетка тие можат да формираат опавче со кое се движат низ цитоплазмата на домаќинот.<ref>{{Наведено списание|last=Goldberg|first=Marcia B.|date=2001-12-01|title=Actin-Based Motility of Intracellular Microbial Pathogens|url=http://mmbr.asm.org/content/65/4/595|journal=Microbiology and Molecular Biology Reviews|language=en|volume=65|issue=4|pages=595–626|doi=10.1128/MMBR.65.4.595-626.2001|issn=1092-2172|pmid=11729265}}</ref>

Бактериите често секретираат различни [[Супстанца|супстанци]] во околината со цел да ја модифицираат во нивна полза. Секретираните [[Соединенија|соедниненија]] често се [[Протеин|протеини]] кои може да служат како [[Ензим|ензими]] за дигестија за некои хранливи материи во околината.

Бактериите често функционираат како повеќеклеточни агрегати наречени [[биофилмови]], во кои тие разменуваат молекуларни сигнали за [[меѓуклеточна комуникација]] што води до координирано повеќеклеточно однесување.<ref>{{Наведена мрежна страница|url=https://web.archive.org/web/20110717183759/http://www.sci.uidaho.edu/newton/math501/Sp05/Shapiro.pdf|title=Wayback Machine|date=2011-07-17|accessdate=2018-01-14}}</ref><ref>{{Наведено списание|last=Costerton|first=J W|last2=Lewandowski|first2=Z|last3=Caldwell|first3=D E|last4=Korber|first4=D R|last5=Lappin-Scott|first5=H M|date=1995-10-01|title=Microbial Biofilms|url=http://www.annualreviews.org/doi/10.1146/annurev.mi.49.100195.003431|journal=Annual Review of Microbiology|volume=49|issue=1|pages=711–745|doi=10.1146/annurev.mi.49.100195.003431|issn=0066-4227}}</ref> Бенефитите на заедницата при мултицелуларната кооперација вклучуваат: поделба на трудот, пристап до ресурси кои не можат ефикасно да ги искористат единечните клетки, колективна одбрана од антагонисти и оптимизација на преживување на популацијата со диференцијација во различни типови на клетки. На пр. бактериите во биофилмови може да покажат за повеќе од 500 пати зголемена [[резистентност]] кон антибактериски агенси отколку индивидуални (планктонски) бактерии од ист вид.

[[Класификација на живиот свет|Класификацијата]] има за цел да го опише диверзитетот на бактериските [[Вид (биологија)|видови]] со нивно именување и организирање во групи на основа на сличности. Бактериите може да се класифицираат на основа на нивната клеточна структура, [[метаболизам]] или разлики во клеточните компоненти како што се [[ДНК]], [[РНК]], [[Масна киселина|масни киселини]], [[пигменти]], [[Антиген|антигени]], [[Хинон|хинони]] итн. Додека овие критериуми овозможија идентификација и класификација на типови на бактерии, не беше јасно дали овие разлики претставуваат варијација помеѓу различни видови или помеѓу подгрупи кои припаѓаат на истот вид. Оваа несигурност се должеше на недостатокот на својствени структури кај повеќето бактерии како и на [[Хоризонтален трансфер на гени|хоризонталниот трансфер на гени]] помеѓу несродни видови.<ref>{{Наведено списание|last=Boucher|first=Yan|last2=Douady|first2=Christophe J.|last3=Papke|first3=R. Thane|last4=Walsh|first4=David A.|last5=Boudreau|first5=Mary Ellen R.|last6=Nesbø|first6=Camilla L.|last7=Case|first7=Rebecca J.|last8=Doolittle|first8=W. Ford|date=2003-11-28|title=Lateral Gene Transfer and the Origins of Prokaryotic Groups|url=http://www.annualreviews.org/doi/10.1146/annurev.genet.37.050503.084247|journal=Annual Review of Genetics|volume=37|issue=1|pages=283–328|doi=10.1146/annurev.genet.37.050503.084247|issn=0066-4197}}</ref> Како резултат на хоризонталниот трансфер на гени, блиску сродни бактерии можат да имаат многу различна [[Морфологија (биологија)|морфологија]] и типови на метаболизам. За да се надмине оваа несигурност, модерните бактериски класификации се засновани на [[молекуларна систематика]], за која се употребуваат генетски техники, како што се одредувањето на односот [[гванин]]:[[цитозин]], [[геном-геном хибридизација]], како и [[Секвенционирање|секвенционирање на гените]] кои не подлегнале на екстензивен хоризонтален трансфер на гени, како што е генот на [[Рибозомална РНК|рибозомалната РНК]].<ref>{{Наведено списание|last=Olsen|first=G. J.|last2=Woese|first2=C. R.|last3=Overbeek|first3=R. A.|date=1996-03-01|title=The Winds of (evolutionary) Change: Breathing New Life into Microbiology|url=https://www.osti.gov/scitech/biblio/205047-xNbftD/webviewable/|language=English}}</ref> Класификацијата на бактериите се одредуваофицијализира со објавување во ''[[International Journal of Systematic Bacteriology]]'' и ''[[Bergey's Manual of Systematic Bacteriology]]''. ''[[International Committee on Systematic Bacteriology (ICSB)]]'' ги одржува интернационалните правила за именување на бактериите и таксономските категории и за нивно рангирање во ''[[International Code of Nomenclature of Bacteria]]''.

Терминот "бактерии" традиционално ги опфаќаше сите микроскопски едноклеточни [[прокариоти]]. Меѓутоа молекуларните систематики покажаа дека [[Прокариоти|прокариотскиот]] свет се состои од два одделни [[Домен (биологија)|домени]], оригинално наречени ''еубактерии'' и ''архебактерии'', но денес тие се нарекуваат ''бактерии'' и ''археи'', кои еволуирале независно од еден заеднички предок.<ref name=":5" /> Моментално најупотребуваниот класификационен систем во [[Биологија|биологијата]] е т.н. [[систем на трите домени]], според кој бактериите, [[Археи|археите]] и [[Еукариоти|еукариотите]] се разгледуваат како три основни групи на живи организми на [[Земја (планета)|планетата]].<ref>{{Наведено списание|last=Gupta|first=Radhey S.|date=2000-01-01|title=The Natural Evolutionary Relationships among Prokaryotes|url=https://doi.org/10.1080/10408410091154219|journal=Critical Reviews in Microbiology|volume=26|issue=2|pages=111–131|doi=10.1080/10408410091154219|issn=1040-841X}}</ref> Како резултат на релативно скорешното воведување на молекуларната систематика и постојаниот раст во бројот на секвенционирани геноми кои се достапни, бактериската класификација се уште останува поле на истражување кое е променливо и се шири.<ref>{{Наведено списание|date=2005-06-01|title=Evolutionary aspects of whole-genome biology|url=https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0959440X05000801|journal=Current Opinion in Structural Biology|volume=15|issue=3|pages=248–253|doi=10.1016/j.sbi.2005.04.001|issn=0959-440X}}</ref>

Идентификацијата на бактериите во лабораторија е од посебно значење за [[Медицина|медицината]] бидејќи одредувањето на точната терапија зависи од бактерискиот вид кој е причинител на [[Инфекција|инфекцијата]]. [[Боење според Грам|Боењето според Грам]], откриено во 1884 година од [[Ханс Кристијан Грам]], ги карактеризира бактериите според структурата на нивниот [[клеточен ѕид]]. Дебелите слоеви наод [[пептидогликан]] кај [[Грампозитивни бактерии|Грам-позитивниот]] [[клеточен ѕид]] се обојуваат пурпурно, додека тенките слоеви од пептидогликан кај [[Грамнегативни бактерии|Грам-негативниот]] клеточен ѕид се обојуваат розево. Со комбинација на морфологијата и Грам обојувањето, повеќето бактерии може да се класифицираат во 4 групи: ''Грам-позитивни коки'', ''Грам-позитивни бацили'', ''Грам-негативни коки'' и ''Грам-негативни бацили''. Некои бактерии најдобро се идентификуваат со обојувања различни од она на Грам, особено [[Микобактерии|микобактериите]] и ''[[Nocardia]]'' кои се бојат по [[Ziehl–Neelsen]] или слични обојувања.<ref>{{Наведено списание|last=Woods|first=G L|last2=Walker|first2=D H|date=July 1996|title=Detection of infection or infectious agents by use of cytologic and histologic stains.|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC172900/|journal=Clinical Microbiology Reviews|volume=9|issue=3|pages=382–404|issn=0893-8512|pmid=8809467}}</ref> Некои бактерии може да се идентификуваат само врз основа на нивниот раст во специјални медиуми или со употреба на техники како што е [[Серологија|серологијата]].

Техниките со култура се дизајнирани да го поттикнат растот на одредени бактерии додека се забавува растот на други бактерии во примерокот, што помага за идентификација. Често овие техники се дизајнирани за специфични примероци, како на пр. примерок од плунка ќе биде третиран за идентификација на причинителот на [[пневмонија]], додека примероци од [[измет]] се култивираат на селективни медиуми за да се идентифицира причинителот на [[дијареа]], додека во исто време се спречува растот на непатогени бактерии. Примероците кои треба да бидат [[Стерилно|стерилни]], како што се [[Крв|крвта]], [[ликвор]], [[урина]], се култивираат во посебни услови дизајнирани да се овозможи раст на сите можни [[Микроорганизам|микроорганизми]].<ref>{{Наведено списание|last=Weinstein|first=M. P.|date=March 1994|title=Clinical importance of blood cultures|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/8181237|journal=Clinics in Laboratory Medicine|volume=14|issue=1|pages=9–16|issn=0272-2712|pmid=8181237}}</ref> Штом ќе се изолира патоген микроорганизам се пристапува кон негова идентификација врз основа на морфологијата, карактеристики во растот, обојубање, хемолитички особини итн.

Во идентификацијата на бактериите се почесто се користат молекуларните методи. Дијагностиката базирана на [[ДНК]] методи, како што е [[Полимераза верижна реакција|полимераза верижната реакција]] се се попопуларни како резултат на нивната специфичност и брзина.<ref>{{Наведено списание|last=Louie|first=Marie|last2=Louie|first2=Lisa|last3=Simor|first3=Andrew E.|date=2000-08-08|title=The role of DNA amplification technology in the diagnosis of infectious diseases|url=http://www.cmaj.ca/content/163/3/301|journal=Canadian Medical Association Journal|language=en|volume=163|issue=3|pages=301–309|issn=0820-3946|pmid=10951731}}</ref> Овие методи овозможуваат детекција и идентификација на виабилни бактерии кои не може да се култивираат, кои се метаболно активни но не се делат.<ref>{{Наведено списание|last=Oliver|first=James D.|date=February 2005|title=The viable but nonculturable state in bacteria|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/15765062|journal=Journal of Microbiology (Seoul, Korea)|volume=43 Spec No|pages=93–100|issn=1225-8873|pmid=15765062}}</ref> Меѓутоа, дури и со употреба на овие модерни методи, вкупниот број на бактериски видови е непознат и не може со сигурност да се одреди. Според денешните класификации има нешто помалку од 9300 познати видови на [[прокариоти]], вклучувајќи ги бактериите и археите,<ref>{{Наведена мрежна страница|url=https://web.archive.org/web/20120119210136/http://www.bacterio.cict.fr/number.html|title=Number of published names|date=2012-01-19|accessdate=2018-01-14}}</ref> но проценките за вистинскиот број на бактерискиот диверзитет се движи во рамките на 10⁷ - 10⁹ бактериски видови, иако постојат мислења дека и овие цифри го потценуваат вистинскиот диверзитет на бактерискиот свет.<ref>{{Наведено списание|last=Curtis|first=Thomas P.|last2=Sloan|first2=William T.|last3=Scannell|first3=Jack W.|date=2002-08-06|title=Estimating prokaryotic diversity and its limits|url=http://www.pnas.org/content/99/16/10494|journal=Proceedings of the National Academy of Sciences|language=en|volume=99|issue=16|pages=10494–10499|doi=10.1073/pnas.142680199|issn=0027-8424|pmid=12097644}}</ref><ref>{{Наведено списание|last=Schloss|first=Patrick D.|last2=Handelsman|first2=Jo|date=2004-12-01|title=Status of the Microbial Census|url=http://mmbr.asm.org/content/68/4/686|journal=Microbiology and Molecular Biology Reviews|language=en|volume=68|issue=4|pages=686–691|doi=10.1128/MMBR.68.4.686-691.2004|issn=1092-2172|pmid=15590780}}</ref>

Некои видови на бактерии убиваат и конзумираат други [[Микроорганизам|микроорганизми]] и тие се наречени предаторски бактерии.<ref>{{Наведено списание|last=Martin|first=Mark O.|date=September 2002|title=Predatory prokaryotes: an emerging research opportunity|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12432957|journal=Journal of Molecular Microbiology and Biotechnology|volume=4|issue=5|pages=467–477|issn=1464-1801|pmid=12432957}}</ref> Пример за ова е ''[[Myxococcus xanthus]],'' која формира роеви од клетки кои убиваат и дигестираат било кој друг вид на бактерии.<ref>{{Наведено списание|last=Velicer|first=Gregory J.|last2=Stredwick|first2=Kristina L.|date=2002-12-01|title=Experimental social evolution with Myxococcus xanthus|url=https://link.springer.com/article/10.1023/A:1020546130033|journal=Antonie van Leeuwenhoek|language=en|volume=81|issue=1-4|pages=155|doi=10.1023/A:1020546130033|issn=0003-6072}}</ref> Има предатори кои се прицврстуваат за нивниот плен со цел да го дигестираат и да му ги апсорбираат нутриенсите, како што е бактеријата ''[[Vampirovibrio chlorellavorus]]'', додека пак други ја инвадираат клетката и се делат во нејзината [[цитоплазма]], како што прави ''[[Daptobacter]]''.<ref>{{Наведено списание|last=Guerrero|first=Ricardo|last2=Pedrós-Alió|first2=Carlos|last3=Esteve|first3=Isabel|last4=Mas|first4=Jordi|last5=Chase|first5=David|last6=Margulis|first6=Lynn|date=1986-04-01|title=Predatory prokaryotes: Predation and primary consumption evolved in bacteria|url=http://www.pnas.org/content/83/7/2138|journal=Proceedings of the National Academy of Sciences|language=en|volume=83|issue=7|pages=2138–2142|issn=0027-8424|pmid=11542073}}</ref> Овие предаторски бактерии се смета дека [[Еволуција|еволуирале]] од [[детривори]] кои конзумираат мртви микроорганизми, преку адаптации кои им овозможиле да фаќаат и убиваат живи микроорганизми.

Ако бактериите формираат паразитска асоцијација со други организми тие се сметаат за патогени. Тие се причинители на голем број [[Болест|болести]] кај човекот како што се: [[туберкулоза]], [[тетанус]], [[дифтерија]], [[тифус]], [[сифилис]], [[колера]], [[лепра]], [[Лајмска болест]] итн. Патогената инфективна причина кај некои болести може да се открие години по појавата на болеста, како што е случајот со ''[[Helicobacter pylori]]'', предизвикувачот на [[пептички чир]]. Бактериските болести се значајни и во земјоделството каде бактериите се причинители на разни растителни заболувања, а исто така и на заболувања кај [[Домашни животни|домашните животни]].

Секој вид патогена бактерија има карактеристичен спектар на интеракции со својот домаќин. Некои бактерии како што се [[Стафилококи|стафилококите]] и [[Стрептококи|стрептококите]] можат да предизвикаат: кожни инфекции, [[респираторни инфекции]], [[Менингитис|менингит]], [[сепса]] итн. Сепак овие видови можат да бидат дел од нормалната [[човекова флора]] и тогаш живеат на кожата или во носот без да предизвикаат болест. Други бактерии безусловно предизвикуваат болести кај човек како на пр. [[Рикеција|рикецијата]] која е облигатен интрацелуларен паразит, способна да расте и да се размножува само во клетка на домаќинот. Други облигатно интрацелуларни паразити се [[Хламидии|хламидиите]] кои можат да предизвикаат пневмонија, инфекции на уринарниот и гениталниот систем, а може да се инволвирани и во коронарна артериска болест.<ref>{{Наведено списание|last=Belland|first=Robert J.|last2=Ouellette|first2=Scot P.|last3=Gieffers|first3=Jens|last4=Byrne|first4=Gerald I.|date=2004-02-01|title=Chlamydia pneumoniae and atherosclerosis|url=http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1046/j.1462-5822.2003.00352.x/abstract|journal=Cellular Microbiology|language=en|volume=6|issue=2|pages=117–127|doi=10.1046/j.1462-5822.2003.00352.x|issn=1462-5822}}</ref> Видовите како ''[[Pseudomonas aeruginosa]]'', ''[[Burkholderia cenocepacia]]'' и ''[[Mycobacterium avium]]'' се патогени опортунисти и причинуваат болест главно кај луѓе кои имаат имуносупресија или [[цистична фиброза]].<ref>{{Наведено списание|last=Heise|first=E R|date=February 1982|title=Diseases associated with immunosuppression.|url=https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1568899/|journal=Environmental Health Perspectives|volume=43|pages=9–19|issn=0091-6765|pmc=PMC1568899|pmid=7037390}}</ref><ref>{{Наведено списание|last=Saiman|first=Lisa|date=2004-01-01|title=Microbiology of early CF lung disease|url=http://www.prrjournal.com/article/S1526-0542(04)90065-6/pdf|journal=Paediatric Respiratory Reviews|language=English|volume=5|doi=10.1016/S1526-0542(04)90065-6|issn=1526-0542}}</ref>