Црквата била основана во [[1918]] година кога било создадено [[Кралство Југославија|Кралството Југославија]],{{факт}} и кога помал број од [[Македонци|Македонците]] се преобратиле во [[католицизам|католицизмот]] во познатата Кукушка Унија. <includeonly></includeonly> Егзархатот бил укинат во [[1924]] година.{{факт}} Во [[2001]] година откако Југославија била растурена, [[Ватикан|Светата Столица]] повторно го воспоставила Апостолскиот Егзархат во Македонија. Иако бројот на верници од латинскиот обред на римокатоличката црква е сѐ уште мал - повеќето се [[Албанци]] и припадници на другите народи од поранешните југословенски републики, Светата Столица ги поставувала римокатоличките бискупи на Скопје како поглавари на Апостолскиот Егзархат на Македонија. Денес, македонската грко-католичка црква има околу 11.000 верници.
