Црквата Св.Свeta Софија е подигната по големата мисија на Св.[[Свeти Кирил и Методиј]] врз темелите на стара сакрална градба. Во XI[[11 век]] Света Софија била „Голема Црква“ на [[Охридска архиепископија|Охридската архиепископија]].
Во втората половина на XV15 век црквата била претворена во [[џамија]] и тогаш себиле извршени најголемите измени. Сите фрески биле покриени со вар, куполата на црквата е струшена и срамнета со покривот, додека пак старата олтарна мермерна преграда со пластична декорација била отстранета, и од мермерот во наосот кон југо-запад е подигнат мимбар. а над северозападните кубиња подигнати се минариња.<ref>{{цитирана веб страница