Шпанците пристигнале во оваа област во 1524 год. и го покориле кралството на Индијанците Куѕатлан и Пипил до 1539 год. Земјата била поделена на две облстиоблaсти:Сан Салвадор и Сонсонат кои биле присоединети кон Гватемала. Со крајот на шпанското владеење во 1821 год., Сан Салвадор станал дел од Мексиканската Империја. Со пропаѓање на оваа империја во 1823 год. Сонсонат и Сан Салвадор се здружиле и формирале нова држава Ел Салвадор во рамките на Обединетите Покраини на Средна Америка. Земјата се здобила со независност во 1841 год. Од нејзиното основање Ел Салвадор има долга историја на политичка нестабилност. Моќните економски интереси ја контролирале земјата во текот на XIX и почетокот и почетокот на XX век, но биле заменети со воена диктатура, која траела од 1931 до 1979 год. Новата влада била формирана по изборите кои се одржале во 1982 год., и иако новиот Устав бил усвоен во 1983 год. граѓанската војна продолжила во текот на 80-тите години на XX век. Спогодбата од 1992 год. донела мир, но насилството станало голем проблем. И покрај обидите за економски реформи, земјата во XXI век влезе во голема инфлација и невработеност.
