Отвори го главното мени

Белковинска подфамилија

Белковинска подфамилија е на ниво во класификацијата на белковините врз основа на нивните блиски еволутивни односи. Ова ниво се наоѓа под повисоките нивоа на белковинска фамилија и белковинска суперфамилија.[1]

Белковините (протеините) обично споделуваат поголема сличност во аминокиселинската секвенца и функцијата со членовите во склоп на една подфамилија, отколку со членовите во фамилијата.[1][2] На пример, во SCOP системот за класификација, членовите на една подфамилија споделуваат ист интерфејс на интеракција и интеракциски партнери.[3] Овие критериуми се построги отколку кај фамилијата, каде членовите имаат слични структури, но можат да бидат подалечно сродни и да имаат различни интерфејси. Постојат различни методи за назначување на подфамилија, вклучувајќи сличности во секвенцата,[4] секвенциски мотиви поврзани со функцијата,[5] или филогенетски клад.[6][7] Не постои прецизна и конзистентна разлика меѓу белковинска подфамилија и фамилија. Иста група на белковини понекогаш може да биде опишана како фамилија или како подфамилија во зависност од контекстот.

НаводиУреди

  1. 1,0 1,1 What are protein families?“, „EMBL-EBI Train online“, 18 ноември 2011. (на en)
  2. Das, Sayoni; Orengo, Christine A.. Protein function annotation using protein domain family resources. „Methods“ том  93: 24–34. doi:10.1016/j.ymeth.2015.09.029. http://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S104620231530116X. 
  3. Rausell, Antonio; Juan, David; Pazos, Florencio; Valencia, Alfonso (2 февруари 2010 г). Protein interactions and ligand binding: From protein subfamilies to functional specificity. „Proceedings of the National Academy of Sciences“ том  107 (5): 1995–2000. doi:10.1073/pnas.0908044107. http://www.pnas.org/cgi/doi/10.1073/pnas.0908044107. 
  4. Brown, Duncan P.; Krishnamurthy, Nandini; Sjölander, Kimmen (17 август 2007 г). Automated Protein Subfamily Identification and Classification (на en). „PLOS Computational Biology“ том  3 (8): e160. doi:10.1371/journal.pcbi.0030160. ISSN 1553-7358. http://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.0030160. 
  5. Eisen, Jonathan A.; Sweder, Kevin S.; Hanawalt, Philip C. (25 јули 1995 г). Evolution of the SNF2 family of proteins: subfamilies with distinct sequences and functions (на en). „Nucleic Acids Research“ том  23 (14): 2715–2723. doi:10.1093/nar/23.14.2715. ISSN 0305-1048. https://academic.oup.com/nar/article/23/14/2715/1016946. 
  6. Wicker, Nicolas; Perrin, Guy René; Thierry, Jean Claude; Poch, Olivier (1 август 2001 г). Secator: A Program for Inferring Protein Subfamilies from Phylogenetic Trees (на en). „Molecular Biology and Evolution“ том  18 (8): 1435–1441. doi:10.1093/oxfordjournals.molbev.a003929. ISSN 0737-4038. http://academic.oup.com/mbe/article/18/8/1435/993436. 
  7. Mi, Huaiyu; Poudel, Sagar; Muruganujan, Anushya; Casagrande, John T.; Thomas, Paul D. (4 јануари 2016 г). PANTHER version 10: expanded protein families and functions, and analysis tools (на en). „Nucleic Acids Research“ том  44 (D1): D336–D342. doi:10.1093/nar/gkv1194. ISSN 0305-1048. https://academic.oup.com/nar/article/44/D1/D336/2502679. 

Надворешни врскиУреди