Белковинска подфамилија

Белковинска подфамилија е на ниво во класификацијата на белковините врз основа на нивните блиски еволутивни односи. Ова ниво се наоѓа под повисоките нивоа на белковинска фамилија и белковинска суперфамилија.[1]

Белковините (протеините) обично споделуваат поголема сличност во аминокиселинската секвенца и функцијата со членовите во склоп на една подфамилија, отколку со членовите во фамилијата.[1][2] На пример, во SCOP системот за класификација, членовите на една подфамилија споделуваат ист интерфејс на интеракција и интеракциски партнери.[3] Овие критериуми се построги отколку кај фамилијата, каде членовите имаат слични структури, но можат да бидат подалечно сродни и да имаат различни интерфејси. Постојат различни методи за назначување на подфамилија, вклучувајќи сличности во секвенцата,[4] секвенциски мотиви поврзани со функцијата,[5] или филогенетски клад.[6][7] Не постои прецизна и конзистентна разлика меѓу белковинска подфамилија и фамилија. Иста група на белковини понекогаш може да биде опишана како фамилија или како подфамилија во зависност од контекстот.

НаводиУреди

  1. 1,0 1,1 "What are protein families?". EMBL-EBI Train online (англиски). 2011-11-18. Посетено на 2018-03-08.
  2. Das, Sayoni; Orengo, Christine A. "Protein function annotation using protein domain family resources". Methods. 93: 24–34. doi:10.1016/j.ymeth.2015.09.029.
  3. Rausell, Antonio; Juan, David; Pazos, Florencio; Valencia, Alfonso (2010-02-02). "Protein interactions and ligand binding: From protein subfamilies to functional specificity". Proceedings of the National Academy of Sciences. 107 (5): 1995–2000. doi:10.1073/pnas.0908044107.
  4. Brown, Duncan P.; Krishnamurthy, Nandini; Sjölander, Kimmen (2007-08-17). "Automated Protein Subfamily Identification and Classification". PLOS Computational Biology (англиски). 3 (8): e160. doi:10.1371/journal.pcbi.0030160. ISSN 1553-7358.
  5. Eisen, Jonathan A.; Sweder, Kevin S.; Hanawalt, Philip C. (1995-07-25). "Evolution of the SNF2 family of proteins: subfamilies with distinct sequences and functions". Nucleic Acids Research (англиски). 23 (14): 2715–2723. doi:10.1093/nar/23.14.2715. ISSN 0305-1048.
  6. Wicker, Nicolas; Perrin, Guy René; Thierry, Jean Claude; Poch, Olivier (2001-08-01). "Secator: A Program for Inferring Protein Subfamilies from Phylogenetic Trees". Molecular Biology and Evolution (англиски). 18 (8): 1435–1441. doi:10.1093/oxfordjournals.molbev.a003929. ISSN 0737-4038.
  7. Mi, Huaiyu; Poudel, Sagar; Muruganujan, Anushya; Casagrande, John T.; Thomas, Paul D. (2016-01-04). "PANTHER version 10: expanded protein families and functions, and analysis tools". Nucleic Acids Research (англиски). 44 (D1): D336–D342. doi:10.1093/nar/gkv1194. ISSN 0305-1048.

Надворешни врскиУреди